单细胞上游分析系列|软件下载-夜雨聆风

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单细胞上游分析系列|软件下载

大家好！今天给大家带来两个非常重要的单细胞分析软件的下载与安装教程。分别是 10X Genomics 官方的 Cellranger和数据比对的 STAR。这些工具在单细胞数据分析中超重要，赶紧收藏！
1️⃣ Cellranger 下载与安装
步骤：
1. 进入官网：
打开浏览器，搜索 10X Genomics，进入官方支持页面。
2. 点击下载：
在支持页面找到 Cellranger，点击进去。填写一下邮箱（第一次下载的话）后，会跳转到下载页面。
3. 下载 Cellranger：
在下载页面复制适合你系统的 wget下载命令，或者直接点击下载链接。
4. 创建安装文件夹：
在 Linux 中，打开终端，创建一个新文件夹来存放 Cellranger：
mkdir ~/cellranger
cd ~/cellranger
5. 创建 Conda 环境：
为了避免后续的依赖冲突，使用 Conda 创建一个隔离环境：
conda create -n cellranger
conda activate cellranger
6. 下载并解压：
使用 wget命令行下载：
wget
解压:
tar -xzvf cellranger-x.y.z.tar.gz
7. 配置系统路径：
为了随时使用，可以把安装路径加入到系统路径里：
vim ~/.bashrc
在末尾加入：
export PATH=/home/your user name/cellranger-x.y.z:$PATH
保存并退出。
8. 验证安装：
更新配置后，执行下面的命令，检查 Cellranger 是否安装成功：
source ~/.bashrc
cellranger –version
2️⃣ STAR 下载与安装
步骤：
1. 访问 GitHub：
打开 STAR GitHub 页面，找到最新版本的下载链接。
2. 创建安装文件夹：
新建一个文件夹，准备放 STAR:
mkdir ~/STAR
cd ~/STAR
3. 创建 Conda 环境：
同样，使用 Conda 创建一个隔离的环境：
conda create -n STAR
conda activate STAR
4. 下载与解压：
使用 wget下载压缩包：
wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.11b.tar.gz
解压：
tar -xzf 2.7.11b.tar.gz
5. 编译源码：
进入 source 文件夹，使用 make 进行源码编译：
cd 2.7.11b
make STAR
6. 检查安装：
编译完成后，输入以下命令来检查是否安装成功：
STAR –version
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单细胞上游分析系列|软件下载

wang

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