夜雨聆风
免费软件-用 mask2 的 ROI 筛选 mask1(去脂:去背景:保留感兴趣区域)
这个功能用于按另一个掩膜（mask2）定义的 ROI 区域，对目标掩膜（mask1）进行筛选：
·ROI 内：保留 mask1 原有标签值
·ROI 外：全部置 0（清空）
常见用途：用肌肉 ROI 把脂肪/背景从器官分割里剔除、只保留某一解剖区域内的标签等。
一、功能原理（你会得到什么）
对每个同名文件（.nii / .nii.gz），计算：
其中 ROI(mask2) 由“前景规则”决定（见下文）。
二、输入输出（运行前你需要准备什么）
1）输入目录
·mask1_dir：要被筛选的掩膜目录（输出主要看它）。 例：器官/分区标签（1-8 等）
·mask2_dir：提供 ROI 的掩膜目录（作为“筛选模板”）。 例：肌肉区域、针灸区域、某个器官粗分割等
·out_dir：输出目录（生成与 mask1 同名的 NIfTI 文件）
2）匹配规则（非常重要）
·本功能采用目录平铺文件名匹配：只看文件名是否相同。 例如：mask1_dir/A.nii.gz 会去找 mask2_dir/A.nii.gz
·只处理 mask1_dir 下的 .nii/.nii.gz 文件。
·如果 mask2 缺文件或两者 shape 不一致，会跳过该病例并在日志提示。
三、参数说明
1）mask2 前景规则（决定 ROI）
支持三类写法（和“多mask交集/共识”那一页一致）：
·gt0（默认）：mask2 > 0 视为 ROI 适合二值 mask 或“非零即前景”的多标签 mask
·1：只把 mask2 == 1 当 ROI 适合只想用某一个标签当 ROI
·{1,2,3} 或 1,2,3：把多个标签当 ROI（集合） 适合 ROI 分布在多个 label 中的情况
例子：
·肌肉 mask 是二值：用 gt0
·肌肉 mask 只有 label=1 是肌肉：用 1
·ROI 是 label 2/4/7：用 {2,4,7}
2）keep_range（可选：限制 mask1 输出标签范围）
·留空：不限制，ROI 内 mask1 是多少就保留多少
·填 1-8：只保留输出中 ([1,8]) 的标签，其余置 0
什么时候用：
·你的 mask1 可能含有异常值/噪声标签，想强制只保留 1–8。
四、操作步骤（GUI）
1.打开工具，进入 Tab：(6) mask2筛选mask1
2.依次选择/填写：
omask1_dir
omask2_dir
oout_dir
3.设置 mask2 前景规则（如 gt0 或 {1,2,3}）
4.（可选）设置 keep_range（如 1-8）
5.点击 运行 mask2筛选mask1
6.在“日志”窗口查看进度与跳过原因（缺文件、shape 不一致等）。
五、常见问题与注意事项
1）为什么会跳过？
·mask2 没有同名文件：[SKIP] mask2 missing
·两个 mask 尺寸不一致：[SKIP] shape mismatch
o这通常意味着两者不在同一空间/分辨率，需要先重采样或配准到一致。
2）这个功能会改变 affine/header 吗？
·输出会沿用 mask1 的 affine/header（空间信息以 mask1 为准）。
3）适合什么场景？
·去脂：用“肌肉 ROI”筛选器官/组织标签
·去背景：用“人体/体表 ROI”筛选目标分割
·多阶段分割：先粗分割得到 ROI，再用 ROI 约束精分割标签
六、示例配置（可直接照抄）
·去脂示例：
omask1_dir：acupuncture_mask（多标签 1–8）
omask2_dir：acupuncture_muscle（肌肉区域，非零为前景）
omask2 前景规则：gt0
okeep_range：1-8（可选）
oout_dir：acupuncture_no_fat
关注并私信“旋进智影科研”，回复“masktools”即可获得下载地址
