学术工具现争议:CellChat 被指免疫分析存假阳性,多篇论文受影响

2024 年，武汉大学苏钦金团队联合美国加州大学欧文分校研究者，在国际知名期刊《Nature Protocols》发表了 CellChat 工具的使用指南（论文标题：CellChat for systematic analysis of cell–cell communication from single-cell transcriptomics，DOI:10.1038/s41596-024-01045-4）。这款用于单细胞转录组数据分析的工具，因能系统推断细胞间通讯网络，很快被学界广泛应用。

然而时隔一年多，2026 年 3 月，一名化名 Testudodinium maedaense 的匿名评论者在该期刊评论区 PubPeer 发声，对 CellChat 工具提出严重质疑。评论者在分析人类皮肤非感染性炎症数据时发现，CellChat 预测 CD8+ T 细胞内部存在极强的通讯信号，其中近一半权重来自 CD8A/CD8B 与 HLA-I 类分子的互作。

这一结果在生物学上存在明显矛盾。评论者指出，CD8 与 MHC-I 的稳定结合必须依赖 T 细胞受体识别特定抗原肽，在无外源抗原或自身免疫证据的情况下，T 细胞不可能相互攻击，因此该预测大概率是假阳性信号。

深入分析后，评论者找到了问题根源：CellChat 模型仅依赖基因表达丰度和先验互作数据库，却未纳入免疫学特异性因素，比如抗原呈递、共刺激信号等关键条件。更值得关注的是，评论者核查了两篇近期引用 CellChat 的论文（DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 和 DOI:10.1111/acel.70044），发现它们都存在同样问题，且部分核心结论正是建立在这一假阳性信号之上。

针对这一争议，评论者向苏钦金团队提出三点明确质询：是否承认无抗原刺激下预测的 CD8-MHC-I 互作为假阳性？用户是否应常规过滤 CD8-HLA 这类 “通用” 免疫互作对？团队是否有计划更新工具，纳入免疫学背景以避免误判？

截至目前，苏钦金团队尚未公开回应该评论。这一争议也引发学界关注，毕竟 CellChat 作为常用科研工具，其分析结果的可靠性直接影响相关研究的科学性，后续回应与工具优化进展值得期待。

https://pubpeer.com/publications/C292D34D0FE42588F836E9614131BC#0

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