转录组组装软件trinity的安装及使用

如果你有转录组测序的原始数据，想要自己进行有参或无参的组装，那么可以使用trinity

trinity的安装：

conda create --name trinity -c bioconda trinity

trinity的使用

激活环境：conda activate trinity

查看帮助信息：trinity -h

根据你有无参考基因组，可以选择进行有参或者无参的组装

无参组装：

nohup Trinity --seqType fq \

--SS_lib_type RF \

--max_memory 100G \

--left 样本名_R1.fq.gz \

--right 样本名_R2.fq.gz \

--CPU 8 \

--output 结果的输出目录（最后一级目录中要包含‘trinity’如trinity_wucan，否则会报错）&

由于运行时间较长建议使用nohup &挂在后台运行

--seqType指定输入的文件是'fa' 还是 'fq'

--SS_lib_type链特异性RNA-Seq读取方向。如果是成对末端：RF 或 FR，如果是单端：F 或 R。与你的测序平台有关

--left和--right是用于成对末端读取，单端读取的要用--single，多个文件可以使用--samples_file输入制表符分隔的txt文件，还可以指明生物学重复关系，具体格式如下

cond_A cond_A_rep1  A_rep1_left.fq  A_rep1_right.fq

cond_A cond_A_rep2  A_rep2_left.fq  A_rep2_right.fq

cond_B cond_B_rep1  B_rep1_left.fq  B_rep1_right.fq

cond_B cond_B_rep2  B_rep2_left.fq  B_rep2_right.fq

结果会在你指定的的输出目录的上一级目录输出（你指定的输出的目录名）.Trinity.fasta即是无参组装的结果

有参组装：

有参组装需要先用hisat2对参考基因组建立索引，并将转录组数据比对到索引上生成bam文件

hisat2安装

conda create --name hisat2-c bioconda hisat2

激活环境

conda activate hisat2

建立索引

hisat2-build 参考基因组.fa ./输出结果名_index

比对

hisat2 --dta -p 20 -x ./输出结果名_index \

     -1 _R1.fq.gz \

     -2 _R2.fq.gz \

     -S 样本名.sam

再使用samtools生成bam文件

samtools安装

conda create --name samtools-c bioconda samtools

激活环境

conda activate samtools

生成bam

samtools sort -@ 20 样本名.sam -o 样本名_sorted.bam

trinity有参组装

nohup Trinity --seqType fq \

--SS_lib_type RF \

--max_memory 200G \

--genome_guided_max_intron 10000 \

--CPU 8 \

--genome_guided_bam 样本名_sorted.bam \

--output 结果的输出目录（最后一级目录中要包含‘trinity’如trinity_wucan，否则会报错） &

结果目录中的Trinity-GG.fasta即是有参组装的转录本