夜雨聆风
产前诊断遗传咨询（六）软件
受限于字数接着上一篇写。整个（六）是我作为一个“自学”业余的观点，未必正确。这篇单讲预测软件。
预测软件分为两类，预测外显子的和预测内含子的。预测外显子的会给出内含子分数（我觉得意义不大），而预测内含子的则完全不适用于外显子（你不会在报告里看到它）。
预测软件还是分两类。AI技术的，和多标准决策分析的（医学上有另一个词，但我印象里就是这意思）。AI技术是最常见的分类，比如随机森林。它也是最好用的分类技术。
公众号文章说，对于内含子，如果预测软件认为影响剪接，遗传咨询专家会很感兴趣。（实际上的确如此。在预测软件之上，还有生物实验，比如minigene，rnaseq等）。
此外，预测软件基于相同的数据训练，因此横向比较没有意义，也就是说一个软件说致病 另一个软件说不致病，不意味着致病概率就是50％（我在论文里看到这段话）。不管是什么预测软件，结果都不能作为单一证据。目前最准确的预测软件，也只有90％准确率。除了大名鼎鼎的软件外，我也搜到了一些其他的，它们都是以论文+软件的形式出现。小红书上有一对咨询的夫妻，外显子用了谷歌的AI预测模型，对于外显子突变预测，那个帖子提供了可操作的方法（是不是诺奖的那个模型）。不知道现在还能否访问（下面的评论揪着人家自称高材生不放猛烈批评）。
对于违反直觉的“特殊的”突变，我试用过的所有软件都给出错误的结果（包括前文提到的准确率很高的中文网站）。真的是太特殊了，我猜发现了就是一篇大论文。比如有一个深度内含子突变，不影响剪接，但是影响转录，进而影响表达。我后来搜了它区域附近的突变，好几个是致病的。也就是说，不是“就它特殊”，它那一片都特殊。
预测软件分为两类，预测外显子的和预测内含子的。预测外显子的会给出内含子分数（我觉得意义不大），而预测内含子的则完全不适用于外显子（你不会在报告里看到它）。
预测软件还是分两类。AI技术的，和多标准决策分析的（医学上有另一个词，但我印象里就是这意思）。AI技术是最常见的分类，比如随机森林。它也是最好用的分类技术。
公众号文章说，对于内含子，如果预测软件认为影响剪接，遗传咨询专家会很感兴趣。（实际上的确如此。在预测软件之上，还有生物实验，比如minigene，rnaseq等）。
此外，预测软件基于相同的数据训练，因此横向比较没有意义，也就是说一个软件说致病 另一个软件说不致病，不意味着致病概率就是50％（我在论文里看到这段话）。不管是什么预测软件，结果都不能作为单一证据。目前最准确的预测软件，也只有90％准确率。除了大名鼎鼎的软件外，我也搜到了一些其他的，它们都是以论文+软件的形式出现。小红书上有一对咨询的夫妻，外显子用了谷歌的AI预测模型，对于外显子突变预测，那个帖子提供了可操作的方法（是不是诺奖的那个模型）。不知道现在还能否访问（下面的评论揪着人家自称高材生不放猛烈批评）。
对于违反直觉的“特殊的”突变，我试用过的所有软件都给出错误的结果（包括前文提到的准确率很高的中文网站）。真的是太特殊了，我猜发现了就是一篇大论文。比如有一个深度内含子突变，不影响剪接，但是影响转录，进而影响表达。我后来搜了它区域附近的突变，好几个是致病的。也就是说，不是“就它特殊”，它那一片都特殊。
