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《环境工程微生物学（第四版）》共分三篇，第一篇为微生物学基础，介绍微生物的个体、群体特征及特征识别；生理生化特性；生长特征、遗传变异等分子生物学和分子遗传学基本原理；重点介绍对环境工程极有意义的古菌、极端环境微生物。介绍先进的分子生物学、分子遗传学技术在环境保护与环境工程中的应用。第二篇为微生物生态及环境生态工程中的微生物作用，介绍在环境与工程中各种生物处理方法的微生物机理，重点介绍关系水体富营养化的硝化、反硝化、除磷机理新概念和新工艺选择；应用微生物学的基础知识分析和解决工程中发现和出现的问题；介绍固定化微生物、微生物絮凝剂、沉淀剂等的开发与应用及微生物能源的开发与应用。第三篇为实验，介绍微生物细胞的计数和测量等。