夜雨聆风
糖链组成预测小工具分享——GlycoMod
GlycoMod是Expasy 平台中专注于寡糖组成预测的工具，核心解决糖链质量与组成不匹配的问题，糖链因单糖种类多、连接方式复杂，常规工具难以直接通过质量推断组成，而 GlycoMod 通过预计算糖链组成质量库和实验参数约束，精准缩小可能组成范围。
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https://web.expasy.org/glycomod/
使用流程
第一步 ：Experimental masses 实验质量
1.空白处输入或提交实验质量列表（要求每行一个质量值）。
2.明确质量类型：所有质量均值是平均质量（average）或单同位素质量（monoisotopic）。高分辨质谱可考虑选择单同位素质量，低分辨质谱可考虑选择平均质量。
3.设置质量容差：±Dalton/ppm。低分辨质谱推荐默认的±0.2Dalton，高分辨质谱分析时可根据检测精度设置为±5-20ppm。
第二步：Ion mode and adducts 离子模式与加合物
正离子模式：多数糖肽/游离糖链首选此模式。
负离子模式：适用于含硫酸盐/磷酸盐的酸性糖链可分析。
中性离子模式：仅适用于无电荷的糖链质量分析。
第三步：Glycan form 糖链形式
1.N – 连接寡糖（N-linked oligosaccharides）或O – 连接寡糖（O-linked oligosaccharides）
2.N – 连接寡糖形式（下拉菜单选择）：
①Free/PNGase released oligosaccharides：游离寡糖 / 肽 – N – 糖苷酶释放的寡糖
②ENDO H or ENDO F released oligosaccharides：内切糖苷酶 H或内切糖苷酶 F释放的寡糖
③Reduced oligosaccharides：还原态寡糖
④Derivatized oligosaccharides：衍生化寡糖
⑤Glycopeptides(motif N-X-S/T/C)(X not P) will be used)：糖肽（将使用基序 N-X-S/T/C（X≠脯氨酸 ））
3.As you selected Glycopetides, please specify either（如选择糖肽，则需要指定糖肽信息）
①在空白处输入蛋白质序列或UniProt知识库登录号/ID
②酶的选择
③最大漏切位点数
④半胱氨酸处理方法（无处理（还原态）/碘乙酸/碘乙酸胺/4-乙烯吡啶）
⑤勾选半胱氨酸的丙烯酰胺加合物和甲硫氨酸氧化
第四步：Monosaccharide residues present（if known）存在的单糖残基（如果已知）
1.单糖残基类型：
①未衍生化（underivatized）
②全甲基化（permethylated）
③全乙酰化（peracetylated）
2.单糖类型
己糖（Hexose，如甘露糖 Man、半乳糖 Gal）
己糖胺（HexNAc，如葡萄糖胺 GlcNAc、半乳糖胺 GalNAc）
脱氧己糖（Deoxyhexose，如岩藻糖 fucose）
乙酰神经氨酸（NeuAc，如唾液酸 sialic acid）
羟乙酰神经氨酸（NeuGc）
戊糖（Pentose，如木糖 xylose）
硫酸盐（Sulphate）
磷酸盐（Phosphate）
2 – 酮 – 3 – 脱氧壬酮糖酸（KDN）
己糖醛酸（HexA，如葡萄糖醛酸 glucuronic acid）
第五步：Output parameter输出参数
勾选可单独列出GlyConnect数据库中报道的组成。
第六步：参数提交
点击“Start GlycoMod”提交参数，系统自动跳转至结果页面。
结果解读
1.蛋白相关信息
·蛋白质（Protein）：GLHA_HUMAN (P01215)
·描述（Description）：
糖蛋白激素 α 链前体（Anterior pituitary glycoprotein hormones common subunit alpha）绒毛膜促性腺激素 α 链（CG-α）
卵泡刺激素 α 链（FSH-α）
黄体生成素 α 链（LH-α）
促甲状腺激素 α 链（TSH-α）
·物种（Organism）：智人（Homo sapiens，人类）
2.单糖残基
3.Other parameters 其他参数
·酶（Enzyme）：胰蛋白酶（Trypsin）
·最大漏切位点数（MC）：0
·半胱氨酸处理方式：所有半胱氨酸处于还原态
·甲硫氨酸处理方式：甲硫氨酸未被氧化
4. 含 “N-X-S/T/C（X≠P）基序” 的肽段
5.输入质量匹配结果
用户输入质量（User mass）：1235.4407
加合物（Adduct ([M+H]+)）：1.00727
结果：未找到结构（No structure found）