零基础搞定分子对接①|搞定数据下载,后续操作少走 80% 弯路

前期准备：下载所需数据

只需要两类核心数据：受体蛋白结构、配体小分子结构，步骤如下：

下载受体蛋白（以EGFR为例）

1.打开数据库：RCSB PDB（https://www.rcsb.org），这是最权威的蛋白晶体结构数据库，免费可用。

2.搜索目标蛋白：在搜索框输入“EGFR”（表皮生长因子受体），点击搜索。

3.筛选最优结构：优先选「分辨率＜3Å、含天然配体、无大量突变」的结构，本文选PDB ID：1M17。

4.下载结构：点击1M17进入详情页，找到“Download Files”，选择“Legacy PDB Format(gz)”，下载后保存为“1M17.pdb”，放在单独文件夹。

补充：若搜索不到目标蛋白的晶体结构，用AlphaFold DB（官网：https://alphafold.ebi.ac.uk），输入蛋白UniProt ID（如EGFR的ID：P00533），下载预测结构，步骤和上述一致，直接保存为PDB格式即可。

下载配体小分子

核心前提：多数分子对接场景，都是已知受体、筛选适配配体，先通过权威渠道找到能与受体结合的配体，再下载结构，新手按以下4种方法操作，命中率拉满：

▷ 方法1：从受体晶体结构中提取（最靠谱，零踩坑）

若受体是从PDB下载的晶体结构（如本文EGFR的1M17），大概率自带原配体（实验验证过能结合），步骤如下：

1. 进入受体PDB详情页，下拉找到“Ligands”（配体）板块，查看原配体名称（1M17的原配体是厄洛替尼，对应配体ID：AQ4）；

2.点击配体名称，进入配体详情页，下载配体结构，或直接用AutoDockTools从受体PDB文件中提取。

▷ 方法2：用ChEMBL查受体的已知活性配体（批量筛选）

1. 打开ChEMBL数据库

   （官网：https://www.ebi.ac.uk/chembl）

搜索框输入受体名称（如“EGFR”），点击搜索；

2.筛选条件：左侧点击“Custom Filtering”

activity_comment:"Active" AND standard_value:<1000 AND standard_type:"IC50"

把上面的代码复制，粘贴到左侧黄色的 “Enter a query string” 输入框里点击下方的 “APPLY” 按钮，等待页面刷新筛选完成后，就能看到所有和 EGFR 结合的强活性配体了；

3.选择配体：点击目标配体进入详情页，复制SMILES号，用于后续在PubChem下载结构。

▷ 方法3：用DrugBank查受体的已批准药物（适合药物研发）

1.打开DrugBank数据库（官网：https://go.drugbank.com），输入受体名称（如“EGFR”），筛选“Approved”（已批准药物）；

2.这类配体不仅能与受体结合，还具备成药性，直接点击药物名称，下载SDF格式结构即可。

▷ 方法4：PubChem下载配体结构（通用步骤，适配所有配体）

无论用哪种方法找到的配体，都可通过PubChem下载SDF格式，以厄洛替尼为例：

1.打开数据库：PubChem（官网：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov），免费且化合物种类全，适合新手。

2.搜索小分子：在搜索框输入“Erlotinib”，点击搜索。

3.下载结构：进入厄洛替尼详情页，点击右上角“Download”，选择“3D Conformer” 下的 “SDF” 格式，保存为“Erlotinib.sdf”。

小提醒：文件夹建议命名为“分子对接实操”，文件命名用英文/数字（如1M17.pdb），避免中文导致软件报错。

好啦，今天的分子对接实操第一步就圆满结束啦。我们不仅精准搞定了1M17 受体蛋白和 AQ4 配体的正确下载，能顺利拿到适配后续操作的.pdb和.sdf文件，已经成功迈出了最关键的第一步！

下一期我们会立刻进入「结构预处理」核心环节，手把手教你给蛋白 “去杂去水”、给配体 “优化构象”，还会解决大家问得最多的「预处理报错」「格式转换失败」等问题，保证让你跟着就能操作！