SignalP 6.0 极简安装指南：5分钟搞定分泌蛋白预测

适用于真菌基因组注释，新手友好版

📌 一句话介绍

SignalP 6.0 是预测分泌蛋白的行业标准工具。本文提供最简安装方法，无需复杂配置。

一、准备工作

1. 获取下载链接

• • 访问 SignalP 6.0官网
• • 邮箱注册 → 收到4小时有效链接 → 立即下载

2. 环境要求

• • Linux服务器
• • 20GB硬盘空间
• • Conda已安装

二、安装（两种方法任选）

🔵 一：下载依赖及安装

# 1. 创建环境
conda create -n signalp python=3.9 -y
conda activate signalp

# 2. 安装依赖
conda install -c conda-forge -c pytorch \
    "numpy>=1.19.2,<2.0" \
    "pytorch>=1.7.0,<2.0" \
    matplotlib tqdm -y

# 3. 安装SignalP
tar -xzf signalp-6.0i_slow_sequential.Linux.tar.gz
cd signalp-6-package
pip install .

🟢 二：直接运行（新手推荐⭐）

无需配置，解压即用！

# 解压后直接运行，用 --model_dir 指定模型路径
signalp6 \
    --fastafile 你的蛋白.fasta \
    --output_dir ./结果 \
    --organism eukarya \
    --mode slow-sequential \
    --model_dir /你的路径/signalp-6-package/models

💡 优势：不用复制模型文件，不用配置环境变量，绝对路径一指定就能跑！

三、运行预测

# 基础命令
signalp6 \
    --fastafile proteins.fasta \
    --output_dir results \
    --organism eukarya \
    --format txt \
    --mode slow-sequential

# 后台运行（推荐大批量数据）
nohup signalp6 ... > run.log 2>&1 &

参数说明

四、结果解读

输出文件

• • prediction_results.txt ← 主要结果

预测类型

提取分泌蛋白

awk 'NR>1 && $2=="SP" {print $1}' results/prediction_results.txt > secreted.txt
wc -l secreted.txt  # 查看数量

五、下一步

分泌蛋白 → 效应子预测（EffectorP）→ CAZymes → PHI-base

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📎 引用

Teufel, F., et al. (2022). Nature Biotechnology.

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