工具介绍1：SMILES批处理、结构识别

我之前做模拟的时候，分子结构总是各个平台倒来倒去，有时候只有SMILES，有时候希望xyz文件转化为SMILES，起码好几个软件。

虽然ChemOrchestra平台本身是设计来做分子设计与模拟的，但提供的分子输入模块也能作为分子结构处理工具。访问地址：

https://www.quantabricks.xyz

如果结构转换或者可视化不需要走后端服务器，则无需登录，直接就可以操作。如果遇到需要提交到服务器的情况，需要点击右侧控制面板的run按钮。我把功能与费用做成表格供大家参考：

功能	批量处理	需要登录 / 运行	费用
SMILES → .xyz	是	是	0.1 Tokens（转化200个）
.xyz（.sdf）→ SMILES	否	是	0.0 Token
PDB → 序列	否	否	–
获取 PDB	否	否	–
SMILES → 图片（及 xlsx）	是	否	–
图片 → SMILES	否	是	0.3 Tokens
可视化 .xyz（.sdf）	是	否	–
可视化 SMILES	是	否	–
PDB 精修	否	是	0.1–0.2 Tokens
手绘分子 → SMILES	否	否	–

由于每个新注册用户有5个token，所以可以转化很多个结构，分享平台或者提出bug，也可也获得额外token。

课堂使用、开源工作者可以免费获得几百个Token，基本能覆盖日常科研、教学需求。

分子图片识别

之前有老师课堂使用时候，说把教材里的结构拿出来很麻烦，有机化学课一堂习题课就有几十个分子。我直接安排一个分子图片识别节点。Build Structures-> From Picture 拍照之后上传分子图片，或者Control+V (CMD+V)贴上去。点run 就识别了，识别成SMILES。

我当时尝试几个分子识别软件，都不太灵，后续就买API了。所以一次识别是0.3 token，这个识别极个别情况会把手性键弄错，用户点Draw可以直接修改。识别之后，SMILES也顺便转成xyz格式3D可视化。

xyz或sdf文件读取，转化为SMILES

有左侧Menu第一个Build Structures找到Load，把这个节点拖到画布上，这个是大家用的最多的Module。它负责读入外部文件，目前支持xyz，sdf，pdb和SMILES列表。

Visualization -> Mol. Preview 提供了一个可视化的窗口。这一步无需登录就可以直接用。如果要把你的3D结构转化为SMILES结构则需要点击run，您的文件传到后端解析为SMILES。Visualization -> SMILES Preview模块可以把你的SMILES显示出来。

单个SMILES转化为xyz 3D结构

把Build Structures -> SMILES Input模块拖到画布上，你可以直接在上面贴SMILES字符串，下面2D分子结构会实时更新。连上Mol. Preview module之后，需要点击Run，才能把SMILES转化为3D结构。

这部分必须送回服务器处理，因为我发现一些工具例如OpenBabel有些时候会把一些分子弄成平面，导致用户后续计算出现错误。

SMILES 批处理

Load可以载入有SMILES字符串的文件，一个SMILES放单独一行，例如：

  COc1ccc(C(=O)NC(C)(CNC(=O)OC(C)(C)C)c2ccccc2)cc1
  Cc1conc1C(=O)NC[C@@H](C)CNC(=O)CCC1CCCC1
  Cc1ccccc1C(=O)N1CCC[C@H](CNC(=O)CC(C)(C)C)C1
  CCc1[nH]ccc1C(=O)NCC1(O)CC[NH+](Cc2ccc(C)cc2)CC1
  O=C(CCC1CC1)NC1CCC1
  CCc1ccc(C[NH2+]C[C@@H]2CC[NH+](Cc3ccccc3)C2)o1
  Cc1ccc(OC2CCN(C(=O)[C@@H]3CCCN(C(=O)OC(C)(C)C)C3)CC2)cc1C
  Cc1[nH]ccc1C(=O)N1CC(CNC(=O)c2ccc(F)cc2)C1

载入之后连接一个Visualization -> SMILES Preview，可以看到你的SMILES转化的分子结构式。点击Export All可以把SMILES和转化的分子结构式图片做成excel表格（这一步无需登录/点Run）：

接入一个Visualization -> Mol. Preview ，识别出来的xyz文件都可以显示为3D结构，点击Download All就可以全部结构打包为zip文件。

手绘分子

ChemOrchestra也能让用户直接化结构式，类似ChemDraw。这里通过的是一个开源包叫ketcher，用户拖动Build Structures -> Molecular Draw模块，点击Draw就能画分子，画完了点Save&close这个分子就在节点里面显示出来了。

如果要转3D结构，一样需要登录，挂上一个Mol. Preview节点，点Run.

ChemOrchestra核心设计是把这些结构单元（节点）串联成一个整体进行复杂模拟，因此还能进行结构优化、分子对接，虚拟筛选等常规方法，也有AI分子生成，binder设计、Folding等，欢迎大家体验。更多的节点是个别用户提出的（比如大环化合物和PROTAC的AI生成、BoltzGen/Boltz2等等、RNA二级结构预测），测试完整后向大家交付。您有什么需求可以随时提出。