我做一个AI驱动文献和笔记管理的工作流—

我做一个AI驱动文献和笔记管理的工作流——实现解放双手

Zotero里躺着300篇文献，Obsidian里有零散的笔记，PDF批注散落各处。你知道答案就在某个地方，但就是找不到。

这不是你的问题。这是工具的问题。

我花了两天时间，开发了一个完整的学术研究工作流 skill。它做一件事：让文献管理变得自动化、结构化、可追溯。

整个流程如下：

自动根据用户需求进行多源搜索论文 → 自动下载PDF和元数据
使用MIneru 解析PDF → 提取表格、公式、图片
（如果zotero有PDF）会读取你的zotero批注 → 按颜色分类整理
生成结构化笔记 → 自动嵌入图表和引用链接

1. 多源文献搜索

一条命令，搜索5个数据库：

Semantic Scholar（计算机/AI领域）
PubMed（生物医学）
arXiv（预印本）
bioRxiv / medRxiv（生物医学预印本）
Google Scholar（全学科）

找到论文后，自动下载PDF到你的Obsidian仓库。文件名不是乱码，而是规范的 Chen2024_Low_Valence_Platinum_Single_Atoms_on_Covalent_Organic_Frameworks.pdf。

2. MinerU智能PDF解析

这是关键技术。

普通PDF工具只能提取文字。MinerU能做到：

提取表格：保留原始格式，转为Markdown表格
识别公式：LaTeX格式，可直接复制
分离图片：每张图单独保存，带编号
解析结构：自动识别Abstract、Methods、Results、Discussion各部分

支持200+页的长文档。扫描版PDF也能OCR识别。

3. Zotero集成：Better Notes 8色标注系统

如果你用Zotero的Better Notes插件做PDF批注，这个工作流会自动识别你的颜色系统：

🟡 黄色 → 背景/文献综述
🔴 红色 → 理论框架
🟢 绿色 → 数据/实验结果
🔵 蓝色 → 研究假设
🟣 紫色 → 实验方法
🩷 品红 → 结论
🟠 橙色 → 分析/讨论
⚪ 灰色 → 重要标注

这是我根据zotero8 的style 插件默认内置的，你当然可以根据情况自己改，直接告诉AI来改就行

你的批注会按颜色自动分类，整理到Obsidian笔记的对应章节。

4. Obsidian自动生成结构化笔记

生成的笔记不是简单的模板填充。它会：

从MinerU提取内容：

研究背景（Introduction部分）
研究方法（Methods部分）
主要结果（Results部分）
讨论与结论（Discussion部分）

嵌入图表：

![Figure 1: Scaling curves](../mineru-output/Kaplan2024_Scaling_Laws/figure_1.png)*Loss vs compute for different model sizes*

整合你的批注：把你的🟡黄色批注放在"研究背景"下，🟣紫色批注放在"研究方法"下，🟢绿色批注放在"主要结果"下。

自动创建链接：提取关键概念，生成wikilink：[[单原子催化剂]]、[[光催化析氢]]。

5. 知识图谱构建

批量处理Zotero文献集合时，自动：

提取论文间的引用关系
识别共同的研究主题
生成Obsidian Canvas知识图谱

你能看到15篇论文如何相互关联，哪些是核心文献，哪些是方法学参考。

使用流程演示

场景：你想研究"CRISPR基因编辑"

第1步：搜索论文

"搜索CRISPR基因编辑相关论文"

AI自动搜索PubMed和Semantic Scholar，返回10篇高引用论文。

第2步：下载并解析

"下载Doudna 2014年那篇，并解析"

PDF下载到 Zotero Notes/Doudna2014_CRISPR_Cas9_Gene_Editing.pdf
MinerU解析，提取23张图表
输出到 mineru-output/Doudna2014_CRISPR_Cas9_Gene_Editing.md

第3步：提取Zotero批注

"提取我在Zotero里的批注"

你之前用🔴红色标注了理论部分，🟢绿色标注了实验数据，🩷品红标注了结论。AI自动读取这些批注。

第4步：生成笔记

"生成文献笔记"

30秒后，Literature/Papers/Doudna2014_CRISPR_Cas9_Gene_Editing.md 生成完毕。

打开一看：

完整的元数据（作者、年份、DOI、PDF链接）
你的批注按颜色分类整理
MinerU提取的研究背景、方法、结果、讨论
23张图表全部嵌入，带标题
自动生成的概念链接：[[Guide RNA]]、[[Cas9 Protein]]

安装配置指南

前置要求

Claude Code CLI（AI助手）或者opencode等
Obsidian（笔记软件）
Zotero（文献管理）
MinerU CLI（PDF解析工具）

5分钟快速配置

第1步：安装MinerU CLI

Windows用户：

irm https://cdn-mineru.openxlab.org.cn/open-api-cli/install.ps1 | iex

Mac & Linux用户：

curl -fsSL https://cdn-mineru.openxlab.org.cn/open-api-cli/install.sh | bash

验证安装：

mineru-open-api --version

配置MinerU MCP服务器（用于AI客户端集成）：

{"mcpServers": {"mineru": {"command": "uvx","args": ["mineru-open-mcp"],"env": {"MINERU_API_TOKEN": "your-token"      }    }  }}

获取MinerU API Token：

访问 https://mineru.net/apiManage/token
创建免费token（每月有免费额度）
将token填入上述配置的 MINERU_API_TOKEN 字段

“
有token才能提取表格和公式。没有token只能提取纯文本。

第2步：配置ai4scholar MCP

安装ai4scholar MCP服务器：

pip install ai4scholar-mcp

如果已安装，升级到最新版本：

pip install --upgrade ai4scholar-mcp

验证安装成功：

python -m ai4scholar_mcp.server --help

获取API Key：

访问 https://ai4scholar.net/ 注册账号
在个人中心获取免费API Key

配置MCP服务器（根据你使用的AI客户端选择）：

Claude Code用户：（推荐cc-switch工具进行配置）

{"mcpServers": {"ai4scholar": {"command": "python","args": ["-m", "ai4scholar_mcp.server"],"env": {"AI4SCHOLAR_API_KEY": "<your-api-key>"      }    }  }}

OpenCode用户：在OpenCode设置中添加上述配置到MCP服务器列表。

“
注意：本地模式（stdio）将MCP服务器运行在你的电脑上，相比云端SSE模式有两大优势：
PDF下载：可以直接下载PDF到你的电脑
校园网限制：在校园网环境下，可以利用学校IP下载付费论文（Springer、Nature、Wiley、Elsevier、IEEE等），无需额外付费

第3步：配置Zotero MCP（xxx需要改为你实际的端口），在设置-zoteroMCP插件里面复制即可

claude mcp add --transport http zotero-mcp http://127.0.0.1:xxx/mcp

第4步：设置Obsidian路径（这里AI第一次使用时会提示你）

export OBSIDIAN_VAULT_PATH="/path/to/your/vault"

第4步：创建文件夹（选择MinerU解析文件输出文件夹和zotero笔导出位置）

mkdir -p "$OBSIDIAN_VAULT_PATH"/{mineru-output,Zotero\ Notes,Literature/{Papers,Concepts},Canvases}

第5步：获取MinerU API Token（可选，但强烈推荐）

访问 https://mineru.net/apiManage/token
创建免费token
设置环境变量：export MINERU_API_TOKEN="your-token"（电脑系统不同可能命令有所区别）

有token才能提取表格和公式。没有token只能提取纯文本。

安装skill

下载skill文件夹，放到 ~/.claude/skills/academic-research-workflow/

重启Claude Code，输入：

"搜索机器学习相关论文"

如果返回搜索结果，说明配置成功。

效果展示

这里我用opencode进行演示：

键盘输入：WIN+R，弹出命令框，然后输入cmd出现命令行窗口（黑色的那个），复制粘贴下面的命令：

npm i -g opencode-ai

等待安装完成后，输入opencode

“
可能有时需要重新启动命令行窗口，即重复前面的步骤

接着，就配置自己的模型，我这里以订阅的kimi coding plan计划套餐为例

其他API提供商类似，都是在官网新建一个API key复制下来

回到opencode，输入/connect

输入kimi后，选择Kimi for code模型

配置好模型后，就是安装好skills，不会安装的可以直接发送一下命令给Kimi：请你帮我安装下面的skills，地址如下：

https://github.com/luffysolution-svg/academic-workflow-skills

配置好skills就可以直接使用了，前提是zotero MCP配置好，然后ai4scholar API，MinerU及其API也配置好才可以进行使用

“
这里我不细讲ai4scholar MCP的配置，因为这个自己申请免费semantic API和使用免费crossref API、PubMedAPI，也能力的甚至web of science和Elsevier的API也可以配置，不过配置比较繁琐，有需要的可以自行问AI，然后根据你的文献源修改我这份skills，因为我闲麻烦，我就使用ai4scholar作为文献检索平台，这里是官网：https://ai4scholar.net/search，因为本文主要是介绍skills的用法和功能，这里不着重讲MinerU和数据库API的配置

然后下面是我自己使用这份skills的效果：

感觉还行，其实skills还可以再让AI继续迭代优化，不过作为初版效果还是比较出色的

后面我的github项目会持续更新，补充更多个人开发的实用科研skills

今天分享就到这里吧，麻烦点个赞留下吧，你的支持就是我持续创作的动力😄

资源参考

核心工具

MinerU: https://mineru.net/ - PDF智能解析工具，支持表格、公式、图片提取
MinerU API管理: https://mineru.net/apiManage/token - 获取免费API Token
ai4scholar: https://ai4scholar.net/ - 学术文献检索平台，整合多个数据库
OpenCode: https://github.com/opencodeai/opencode - 开源AI编程助手
Claude Code: https://claude.ai/code - Anthropic官方AI编程助手

文献数据库

Semantic Scholar: https://www.semanticscholar.org/ - AI驱动的学术搜索引擎
PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ - 生物医学文献数据库
arXiv: https://arxiv.org/ - 预印本论文库
bioRxiv: https://www.biorxiv.org/ - 生物学预印本
medRxiv: https://www.medrxiv.org/ - 医学预印本
Google Scholar: https://scholar.google.com/ - 全学科学术搜索

辅助工具

Zotero: https://www.zotero.org/ - 开源文献管理软件
Obsidian: https://obsidian.md/ - 本地知识管理工具
Better Notes: https://github.com/windingwind/zotero-better-notes - Zotero批注增强插件
Zotero MCP: https://github.com/zotero/zotero-mcp - Zotero的MCP服务器

项目地址

Academic Workflow Skills: https://github.com/luffysolution-svg/academic-workflow-skills - 本文介绍的工作流技能包