夜雨聆风
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AlphaFold3源码正式开源！DeepMind也是没招了
AlphaFold 3 在 6 月 9 日发了 v3.0.3。release notes 里 "支持 Python 3.14"、"mmCIF 解析快 4%"、几个糖链原子的 bug 修复。
中间像贴便利贴一样塞了一句：“AlphaFold 3 代码许可证从 CC BY-NC-SA 4.0 改成 Apache 2.0。”
没有官方博客，没有新闻稿，没有推文，DeepMind 把这件 19 个月以来 AlphaFold 系列最重要的政策变化，处理得像一次手误更正。
这种刻意的低调本身就是信号。要看懂这次 release 真正在讲什么，得把它和过去 19 个月里发生的事放在一起读。
先把事说清楚，免得被"AF3 完全开源"那种标题带偏。这次只动了源代码协议，权重还锁得死死的。模型参数只允许大学、非营利、研究所、新闻和政府机构申请使用，商业 biotech 和药企一律不准，给商业组织打工的学者也不准，更不准用 AF3 的输出去训练同类结构预测模型。代码自由了，模型还是关着门。
那为什么是现在改？
回头看 2024 年 11 月 AF3 放出代码时的算盘很清楚：用 CC BY-NC-SA 这个有"传染性"的非商业协议把代码圈起来，让任何想做衍生开发的人被协议绑死，逼大家去走 Isomorphic Labs 那条收费的商业路。社区没买账。MIT 和 Recursion 联手的 Boltz-1 直接用 MIT 协议把训练代码、推理代码、模型权重、数据集和 benchmark 全部开了；Chai Discovery 拿 Apache 2.0 放出 Chai-1；字节跳动用 Apache 2.0 砸下 Protenix，学术商业全免费；百度有 HelixFold3；哥伦比亚大学 AlQuraishi Lab 牵头的 OpenFold3 也以 Apache 2.0 协议把目标定为"AlphaFold 3 的逐位复现"，学术商业都能用。这 19 个月里 AF3 在 GitHub 上是孤岛，周围长出一圈完全可商用的复制品。
真正捅穿护城河的是 Boltz-2。2025 年 6 月 6 日由 MIT 和 Recursion 联合发布，MIT 协议，第一次把结构预测和小分子结合亲和力预测放进同一个 co-folding 模型，在标准 benchmark 上逼近自由能微扰（FEP）这个金标准，速度快 1000 倍，权重、训练代码、推理代码全部开源，学术和商业都能用。药企真正关心的下游能力——亲和力预测，开源版做出来了，而公开 AF3 没有。DeepMind 自己有更强的内部版本，锁在 Isomorphic 不对外。这一刻起，对绝大多数商业药企来说，AF3 公开版的能力已经全面落后于开源生态。
到 2026 年整个领域的话术变了。"单一冠军"时代结束，"多模型组合使用"成为标准，模型选型能力——根据基准和内部需求挑选并组合合适模型——变成计算化学家和结构生物学家的新核心技能。AF3 在这个新格局里被压缩成"那个不能商用的参考模型"：精度基线被反复对齐，独有能力被一个个补齐，可商用这一关又过不去。
这时候再看 Apache 2.0 这件事就明白了。代码协议从 CC BY-NC-SA 换到 Apache 2.0，对 DeepMind 几乎是零成本的让步——真正赚钱的通道从来不在 GitHub 上。Isomorphic Labs 和大药企那种数十亿美元级别的合作，卖的是定制的内部强化版模型、专属数据、计算资源和团队服务，根本不靠那份推理 pipeline。代码松开可以一次性修复 19 个月里积累的社区怨气，挽回一点学术口碑；权重攥得更紧，真正值钱的东西反而保护得更死。
但这里有个 DeepMind 可能没好好算的代价。Apache 2.0 没有"传染性"，意味着从今天起，AF3 的源代码可以被任何开源项目合法吸收。Boltz、Chai、Protenix、OpenFold3 现在可以光明正大地把 AF3 实现里那些精巧的工程细节搬进自己的 codebase，反过来加速变得更像 AF3。DeepMind 等于给所有竞争对手送了一份开源大礼。
所以再回到那个低调到几乎是悄悄发布的 release notes。代码协议改 Apache 2.0 这件事 DeepMind 自己心里明白——表面写着善意，内里却是：代码这条战线已经守不住，留着 NC 协议除了招黑没别的用处，不如顺水推舟。Apache 2.0 是承认现实，不是改变现实。
我看 DeepMind 也是真没招了。
