夜雨聆风关于服务器上面安装R，应该是比本地要难一点的，前面我写过一些安装帖子：
现在我们要顺应AI时代，积极拥抱AI，就让AI给我们配置吧！
手动浅浅的配置了一下
一开始我想着不浪费token，我可以先手动安装一下。
先创建一个R4.6的环境，如果还没有conda，直接微信找我给你安装代码 jzhang0527
conda create -n R4.6 python=3.12conda activate R4.6# 搜一下R的版本conda search r-base最新版本已经有了4.6了
安装它：
conda指定版本安装：
conda install -y r-base=4.6# 安装一个harmony v2版本提升速度# 检索到conda里面的最新版本是2.0.2conda install -y r-harmony=2.0.2但是报错了：
这个版本不支持R 4.6版本。
我去github上面下载了harmony的最新版本，但是由于是新环境，harmony本地安装的时候有很多依赖不能自动解决，安装起来比较费劲。
于是，我决定让codex给我配置好了。
使用codex给我安装
安装需要配置codex：让codex帮我配置新买的一台生信人专属的Mac电脑，效果如何呢？
Windows版本我有个word，联系我 jzhang0527。
需要服务器免密登录：设置codex连接服务器使用专线下载蛋白数据（服务器不需要安装codex）
准备好了后，终端打开，输入codex激活。
提示词如下：
在服务器上面给我配置conda环境中的R包harmony，下载好的在这里： /nas2/zhangj/biosoft/harmony-master。安装在conda环境R4.6中。服务器登录方式：ssh -p 22 zhangj@192.168.19.100 它走了官网镜像源，我纠正一下：
还有一个问题就是一次安装多个R会很慢，所以我再次给它调整了一个方向：
那你一个一个依赖安装，这样比较快。纵享丝滑！
安装一个包肯定是不够的，所以我决定让它安装跟我本地电脑一样的那1000+个包。
codex给新macbook一口气安装1400+的R包：不费吹灰之力！
给服务器配置这1000+个包
提示词如下：
使用bioinfor-newmac在服务器上面给我配置conda环境R4.6中的R包，包的列表在这里"/Users/scorpio/002-biotrainee/23-生信AI使用/06-codex/4-安装1000个R包/all_packages.Rdata"。服务器登录方式：ssh -p 22 zhangj@192.168.19.100 顺利安装中，这里我突然想起前面大家大力推荐的包pak，然后我对codex说了一句：
你安装的时候试试pak包安装呢？先学习一下pak包的用法。
学习记录。
安装过程中我又指导了一句：
你安装包的时候应该激活在conda环境中安装，应该不会遇到编译问题了吧
因为安装包的时间比较长，懒得等待，合上了笔记本后就去睡觉了，早上起来一看，也没有中断，安装了1200+啦！
有几个包我还是需要给它提供一下安装源：
CellChat：https://github.com/jinworks/CellChat
BayesPrism：https://github.com/Danko-Lab/BayesPrism
copynumber：https://github.com/ShixiangWang/copynumber
CytoTRACE2：https://github.com/digitalcytometry/cytotrace2
aPEAR：https://github.com/kerseviciute/aPEAR
iTALK：https://github.com/Coolgenome/iTALK
最终效果
完成率93.2%！！！
能不能来个新手实践一下？
看看是不是新手友好的教程啊？
我感觉还是需要有点基础，基础教程不基础？
不行就找我指导好了！
今天分享到这里~
AI加持，全新改版！生信入门&数据挖掘线上直播课6月班，系统的生信入门课
