关于服务器上面安装R,应该是比本地要难一点的,前面我写过一些安装帖子:
现在我们要顺应AI时代,积极拥抱AI,就让AI给我们配置吧!
手动浅浅的配置了一下
一开始我想着不浪费token,我可以先手动安装一下。
先创建一个R4.6的环境,如果还没有conda,直接微信找我给你安装代码 jzhang0527
conda create -n R4.6 python=3.12conda activate R4.6# 搜一下R的版本conda search r-base最新版本已经有了4.6了

安装它:
conda指定版本安装:
conda install -y r-base=4.6# 安装一个harmony v2版本提升速度# 检索到conda里面的最新版本是2.0.2conda install -y r-harmony=2.0.2但是报错了:
这个版本不支持R 4.6版本。
我去github上面下载了harmony的最新版本,但是由于是新环境,harmony本地安装的时候有很多依赖不能自动解决,安装起来比较费劲。
于是,我决定让codex给我配置好了。
使用codex给我安装
安装需要配置codex:让codex帮我配置新买的一台生信人专属的Mac电脑,效果如何呢?
Windows版本我有个word,联系我 jzhang0527。
需要服务器免密登录:设置codex连接服务器使用专线下载蛋白数据(服务器不需要安装codex)
准备好了后,终端打开,输入codex激活。
提示词如下:
在服务器上面给我配置conda环境中的R包harmony,下载好的在这里: /nas2/zhangj/biosoft/harmony-master。安装在conda环境R4.6中。服务器登录方式:ssh -p 22 zhangj@192.168.19.100 它走了官网镜像源,我纠正一下:

还有一个问题就是一次安装多个R会很慢,所以我再次给它调整了一个方向:
那你一个一个依赖安装,这样比较快。纵享丝滑!

安装一个包肯定是不够的,所以我决定让它安装跟我本地电脑一样的那1000+个包。
codex给新macbook一口气安装1400+的R包:不费吹灰之力!
给服务器配置这1000+个包
提示词如下:
使用bioinfor-newmac在服务器上面给我配置conda环境R4.6中的R包,包的列表在这里"/Users/scorpio/002-biotrainee/23-生信AI使用/06-codex/4-安装1000个R包/all_packages.Rdata"。服务器登录方式:ssh -p 22 zhangj@192.168.19.100 顺利安装中,这里我突然想起前面大家大力推荐的包pak,然后我对codex说了一句:
你安装的时候试试pak包安装呢?先学习一下pak包的用法。
学习记录。
安装过程中我又指导了一句:
你安装包的时候应该激活在conda环境中安装,应该不会遇到编译问题了吧
因为安装包的时间比较长,懒得等待,合上了笔记本后就去睡觉了,早上起来一看,也没有中断,安装了1200+啦!


有几个包我还是需要给它提供一下安装源:
CellChat:https://github.com/jinworks/CellChat
BayesPrism:https://github.com/Danko-Lab/BayesPrism
copynumber:https://github.com/ShixiangWang/copynumber
CytoTRACE2:https://github.com/digitalcytometry/cytotrace2
aPEAR:https://github.com/kerseviciute/aPEAR
iTALK:https://github.com/Coolgenome/iTALK

最终效果
完成率93.2%!!!

能不能来个新手实践一下?
看看是不是新手友好的教程啊?
我感觉还是需要有点基础,基础教程不基础?
不行就找我指导好了!
今天分享到这里~
AI加持,全新改版!生信入门&数据挖掘线上直播课6月班,系统的生信入门课
夜雨聆风