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免费软件-头尾裁剪:按物理 SI 方向,用两个 label 定义裁剪上下界(通用版)
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这个功能用于批量裁剪 NIfTI 图像及其 mask：在 mask 中指定两个标签（label A 与 label B），程序会自动识别影像的物理上下（SI）方向，然后沿 SI 轴把体数据裁到“上界 label 的顶端 → 下界 label 的底端”的范围，并可在上下端增加体素级 padding。 不局限于椎体：只要 mask 里存在你指定的两个 label（肿瘤/器官/血管/骨骼/任意ROI 都可以），都能用来做头尾裁剪。
1. 你需要准备什么
·images_dir：待裁剪的影像目录（.nii/.nii.gz，平铺文件名）
·masks_dir：对应的 mask 目录（平铺文件名）
·文件名必须一一对应：例如 case001.nii.gz 在两个目录都要存在
·mask 中需要有两个标签值（整数）：
olabel_l2：这里可以理解为 label_top（上界标签）
olabel_l5：这里可以理解为 label_bottom（下界标签）
界面字段名仍叫 label_l2/label_l5，但含义已是“上界标签/下界标签”，与具体解剖结构无关。
2. 参数怎么填（通用解释）
·label_l2（=label_top）：用来确定裁剪的“上边界”的标签值
·label_l5（=label_bottom）：用来确定裁剪的“下边界”的标签值
边界的取法是按 SI 方向的极值：
上界：取 label_top 在 SI 轴上的最上端位置（再加 pad_vox_top）
下界：取 label_bottom 在 SI 轴上的最下端位置（再加 pad_vox_bottom）
pad_vox_top：向更“头侧/上方”额外保留的体素数
pad_vox_bottom：向更“足侧/下方”额外保留的体素数
padding 单位是“体素(voxel)”，不是毫米。
3. 功能做了什么（处理逻辑）
对每个同名文件对（CT 与 mask）：
1.读取影像与 mask，检查尺寸一致；
2.在 mask 中分别找到 label_top 与 label_bottom 的所有体素；
3.根据 NIfTI affine 自动判断哪一轴对应物理 SI，以及 SI 的正负方向（避免不同存储方向导致上下颠倒）；
4.计算裁剪索引范围（含 padding）；
5.同步裁剪影像与 mask；
6.更新 affine 平移，保证裁剪后仍在正确物理坐标；
7.输出到 out_images_dir/out_masks_dir，文件名不变。
4. 常见用法举例
·用器官上/下端做裁剪：例如 label_top=肝脏、label_bottom=肾脏（或同一器官的两个不同标注）
·用血管/管腔范围做裁剪：例如上界用胰管、下界用胆管（视你的标注而定）
·用肿瘤与某结构限定范围：例如上界用肿瘤、下界用某解剖标志（只要两者都存在）
5. 日志里“跳过”的主要原因
·找不到同名 mask
·影像与 mask 尺寸不一致
·mask 中缺少任一指定 label（label_top 或 label_bottom）
·计算出的裁剪范围异常（通常是标签分布异常或标签填错）
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