Spike Sorting可以用哪些软件

在体多通道电生理应该是很常见的神经科学实验方法了，前面写过一系列方法类合集：

神经科学方法-教你手搓电极

神经科学方法-教你植入电极手术

神经科学方法-教你使用Open Ephys

古早时期会用pynapple（我自己就用过），现在实验室的大伙比较推荐SpikeInterface，好处是它就是interface，融合了各种SpikeSorting的工具，还可以比较结果。

SpikeInterface, a unified framework for spike sorting

https://github.com/spikeinterface

Youtube上面也很容易搜到教程：

https://www.youtube.com/watch?v=GHwLEFusIaI

比如，Spikeinterface可以使用和比较这些工具：HS = HerdingSpikes2, KS = Kilosort2, IC = IronClust, TDC = Tridesclous, SC = SpyKING Circus, HDS = HDSort

Github上面还有一个spikesorting工具的合集：

GitHub – openlists/SpikeResources: An open list of tools & resources for ‘spikes’: recordings of single-unit neural activity (action potentials).

https://github.com/openlists/SpikeResources

放两个关于Spike Sorting的综述文章，它们的图都挺漂亮的：

• https://doi.org/10.1016/j.brainresbull.2015.04.007

• A comprehensive review of spike sorting algorithms in neuroscience

https://zentimepublishing.com/upload/asset/20240628/d9b4db3370005c8f34102dacc6fa2e3fe25b6cb8.pdf

最近看到两个新的工具：

RT-sort可以realtime spike sorting，同时有跟ground truth比较的数据。

RT-Sort: An action potential propagation-based algorithm for real time spike detection and sorting with millisecond latencies

Spike sorting AI agent

https://doi.org/10.1101/2025.02.11.637754

这个还挺激动人心的，融合了LLM和spike sorting的工具谁不想用呢。