弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）异质性极高，存在GCB/ABC细胞起源、LymphGen/2‑S多套分子分型体系；但大量功能实验依赖细胞系，既往缺少对常用DLBCL细胞系的标准化多组学注释，不同文献报道的突变、FISH结果经常互相矛盾，干扰体外实验结果解读。本研究整合FISH荧光原位杂交、免疫组化IHC、靶向DNA测序、3'‑RNA转录组测序、PCA无监督聚类、ssGSEA通路打分、DoRothEA调控子TF分析五层分析体系，系统刻画29株DLBCL细胞系的基因组、表型、转录全景；对比2‑S、LymphGen、DLBclass三套分型工具一致性，发现部分无MYC/BCL2断裂的DLBCL‑NOS细胞却具备DHIT/DZsig高分级分子特征；为DLBCL体外模型选择提供公开参考数据集，血液淋巴瘤临床/基础医生可直接复用的三区完整发文框架！

解码弥漫性大B细胞淋巴瘤的异质性：B细胞淋巴瘤细胞系的全面基因组、转录组和表型分析

研究思路解构

1. 细胞系样本制备：29株DLBCL细胞系，制备FFPE细胞沉淀组织芯片TMA；完成MYC/BCL2/BCL6 FISH断裂探针检测，IHC（CD10‑BCL6‑MUM1）Hans起源分型；
2. 靶向DNA测序：B细胞淋巴瘤驱动基因panel测序，统计体细胞突变，和CCLE/COSMIC公共数据库做一致性比对；
3. 多工具分子分型：2‑S、LymphGen、DLBclass三套算法完成细胞系遗传亚型划分，计算Kappa一致性系数；
4. 转录组起源与特征打分：gneSeqCOO判断细胞起源；DHIT/DZsig基因特征打分，区分高分级分子特征；
5. 转录通路解析：PCA全局转录分布，ssGSEA淋巴瘤特征通路打分，GSEA对比MCD/EZB/MYC+亚型通路差异；
6. 调控子TF解析：DoRothEA计算各亚型转录因子活性，挖掘MCD、EZB/MYC+亚型核心TF网络；
7. 数据集输出：构建交互式Shiny网页DLBCL Cell Line Explorer，公开全部注释资源。

主要结果

图1 29株DLBCL细胞系FISH+靶向DNA测序突变全景图谱

上部分展示代表性细胞MYC/BCL2/BCL6的FISH荧光图片；Oncoplot瀑布图汇总全部细胞系驱动基因突变，同时标注FISH重排结果、三套分型工具输出结果。统计TP53、CREBBP、BCL2、KMT2D高频突变；和公共数据库比对，91%变异和外部数据集保持一致，少数细胞系存在较高突变不一致。本图完成全部细胞基因组本底刻画，同时提示部分细胞FISH重排结果和既往文献报道存在出入。

图2 IHC蛋白表型 + 转录组COO细胞起源、DHIT/DZsig特征热图

A面板展示代表株CD10、BCL6、MUM1免疫组化染色图片；Hans IHC和gneSeqCOO转录两套起源分型结果对比，部分细胞出现蛋白与转录起源结果不一致。DHIT/DZsig基因集Z‑score热图，区分DHIT‑pos /中间 / DHIT‑neg分组；有意思的是，部分无MYC断裂的DLBCL‑NOS细胞系呈现DHIT/DZsig阳性高分级特征，而部分DH双重打击细胞反而是中间特征，提示分子表达特征不能完全由FISH重排结果替代。

图3 DLBCL各遗传亚型ssGSEA通路活性全景解析

ssGSEA通路打分热图，按MCD、EZB/MYC+、EZB、ST2、BN2/N1分组展示淋巴瘤相关通路活性。MCD亚型显著富集NF‑κB、STAT、TNF通路；EZB/MYC+高富集MYC靶基因、E2F细胞周期、糖代谢增殖通路，同时NF‑κB/JAK‑STAT通路被抑制。分组统计箱图标注组间差异显著性；PCA降维显示MCD细胞转录聚类明显独立于其他亚型。从通路层面解释不同遗传亚型生物学行为差异。

图4 DHIT/DZsig阳性与阴性细胞系通路GSEA对比

火山‑NES富集图对比DHIT‑pos与DHIT‑neg细胞系通路差异。DHIT阳性样本显著上调MYC靶标、核糖体、细胞周期增殖相关信号；显著下调NF‑κB、JAK‑STAT、B细胞生发中心相关通路。该转录模式和临床患者DHITsig阳性肿瘤高度吻合，证明细胞系可以复现患者组织的分子特征，同时提示仅靠FISH检测基因重排会漏掉部分高分级生物学细胞模型。

图5 DoRothEA转录因子调控子活性与亚型特异性TF网络

TF活性热图展示全部细胞系转录因子推断活性；条形图展示MCD组、EZB/MYC+组差异TF得分。MCD亚型NFKB1/RELA/STAT家族TF显著激活；EZB/MYC+亚型E2F1/E2F4增殖相关TF上调，NF‑κB家族转录因子活性下降。调控网络图展示核心TF及其靶基因；文末汇总研究结论，同时发布交互式Shiny网页DLBCL Cell Line Explorer资源，写明细胞系FISH、突变检测的技术局限性。

易选团队总结

1. 三区完整多模态闭环：TMA‑FISH‑IHC表型→靶向DNA突变全景→三套分型交叉校验→COO+DHIT转录特征→通路富集+转录因子调控网络五层递进，完全匹配Hematological Oncology三区收稿偏好；
2. 差异化创新：系统完成29株常用DLBCL体外细胞系多组学标准化注释；证实FISH重排结果与DHIT/DZsig表达特征并不完全一一对应；横向对比2‑S / LymphGen / DLBclass三套主流分型工具的一致性与优缺点；产出可公开浏览交互式网页资源，给同行模型选择提供参考。
3. 复刻门槛适中：常规淋巴瘤细胞系，构建细胞沉淀TMA芯片；FISH、IHC、靶向panel NGS、3'RNA‑seq；生信全部开源工具，不需要动物体内实验，适合血液基础、临床医生开展体外预实验背景研究。
4. 癌种通用性：滤泡、套细胞、原发纵隔B细胞淋巴瘤，可直接复用“FISH+IHC+靶向DNA+RNA‑seq+多工具分型+TF调控”整套多组注释管线。
5. 科研转化提示：DLBCL体外功能实验前，不能直接引用文献旧注释，需要重新完成FISH+测序校验；DHIT/DZsig转录特征可以辅助筛选真正高分级细胞模型，避免错用细胞系造成实验结论偏差。

仅简单几株细胞做PCR+IHC的短文仅2‑3分，叠加FISH断裂探针基因重排检测、TMA组织芯片免疫表型判读、靶向panel DNA突变谱、3'‑RNA转录组、三套主流DLBCL分型工具交叉比对、DHIT/DZsig特征打分、ssGSEA通路富集、DoRothEA转录因子调控子解析八大三区标配模块，稳定达到IF4.1收稿标准。ComplexHeatmap、DoRothEA、ssGSEA均为开源R工具；仅需要细胞系建TMA、FISH、NGS，不需要动物模型。 不会生信分析的科研人员可一站式承接；整套生信统计绘图、TMA/FISH实验方案可快速落地，快来找小编聊聊吧！