夜雨聆风之前已经完成了NUPACK的本地安装，以及计算方法，查看往期教程：
【科研软件】01｜NUPACK 安装教程：Windows 环境下本地部署全流程
具体原理可以参考NUPACK最新论文
这里做了一个本地Notebook模板（由ChatGPT辅助生成）。无需懂代码！无需懂代码！无需懂代码！只需要修改部分参数，就可以直接拿来使用！
这个模板适用于两条链的计算，可以是DNA/DNA，或者RNA/RNA。
1. 下载模板
下载对应的模板文件。
链接: https://pan.baidu.com/s/1gh3hUtbgVR4yiuRPB_EivQ?pwd=fcek
提取码: fcek
如果链接失效可以在后台回复“NUPACK模板“获取链接。
下载其中的“NUPACK环境检测“以及模板1。
2. 导入到项目，运行环境检测
打开Ubuntu，启动jypyter lab，新建一个文件夹。
点击上传按钮，上传下载的文件
先双击“NUPACK环境检测”的文件打开。
点击运行。
点击Restart
查看输出，如果确认包没问题则可以运行模板。如果缺少，会自动开始安装，这里使用清华源。
3. 使用模板
环境没问题后，双击模板打开。
修改需要的参数，在第一部分。后面的部分不用看。
这里可以看说明，网页的输入参数基本都有。
确认参数后点击运行所有单元格
等待运行（前面[ ]内有数字即表示运行完成）。
往下滑动可以看到
平衡浓度
复合物的结构和MFE能量
配对概率图
4. 实例1：两条部分互补的 DNA 链分析
需求：一条链40 nt，一条链30 nt，中间25 nt互补，各1 uM。温度25摄氏度，钠离子浓度1M。
只需要修改序列和温度即可。
然后运行，查看结果
5. 实例2：两条容易形成二聚体的 DNA 引物分析
需求：两条20 nt的引物，他们会形成二聚体。
这里修改温度、序列的名字、目标复合物的名字（选择要查看的复合物）。
运行后查看结果
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这个模板的使用就介绍到这里。这里面大部分代码是我和GPT完成的，能满足大部分双链的分析。当然肯定还有不足和有待完善的地方，但是这里只是介绍思路，如果有代码基础，可以根据代码再进行修改。后面还会更新一些其他的模板，有需要的也可以留言。
