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Claw4Science—生信人专属AI App Store

Claw4Science—生信人专属AI App Store

写在开头

上期推文,鼓捣好久终于是装好了Bioclaw——搭上Bioclaw晚班车了耶~!,也属实踩坑大王没错了!

那推文中也提到了超级厉害的师兄搭建了一个叫Claw4Science的网站,所以这期想给大家分享一下小谢探索Claw4Science网站的心得体会!

Claw4Science网址:https://claw4science.org/

hhh网站首页还可以感受到parper上线的小欣喜。

那结合文献和小谢一起来探索一下这个宝藏网站吧!

至于为什么说是宝藏网站,因为它收录整理了两千多个Skills,还提供检索功能以及对应的跳转链接,属实是非常之好使,一站式便捷找到我们需要的分析流程!

什么是 OpenClaw 和技能(Skill)?

因为小谢也是刚刚接触openclaw,所以很多东西也是不了解,所以了解了一下什么是Skill以及openclaw

  • 早期的科学 AI 智能体(如用于分析生物数据的工具)都是封闭的系统,各项功能被硬编码在源代码中,如果想修改工作流或增加新功能,必须懂软件工程并修改代码,门槛比较高。

  • OpenClaw 可以把它想象成电脑里的 Linux 或 Windows 操作系统。它本身是一个通用的、功能强大的“基座”,负责管理 AI 的长短期记忆、多线程对话和底层的工具调用机制。它最大的贡献是把“底层代码”和“上层的科研工作流”彻底剥离了开来。引入了“技能(Skill)”的概念。一个“技能”就是一个结构化的 Markdown 文本文件,里面用自然语言描述了分析步骤(也可包含代码块)。

  • 技能(Skill):给 AI 用的“标准化说明书(SOP), “技能”听起来很高级,但在物理层面上,它仅仅就是一个 Markdown 格式的纯文本文件(.md)。在这个文件里,你可以用自然语言(大白话)一步步写下具体的分析流程、触发条件,中间还可以穿插几段需要运行的 Python、R 或 Bash 代码块。

OpenClaw 相当于拥有执行能力的“聪明大脑”,而“技能(Skill)”是你塞进大脑里的“操作手册”。 这种设计让宝贵的科研经验和复杂的分析流水线,变成了一个个可以被轻松分享、下载和复用的纯文本文件,任何人都可以拿着别人的“技能”让自己的 AI 去干活。

Claw4Science 网站是用来干啥的?

因为写 Markdown 文件就像写实验记录一样简单,任何兼容的 AI 智能体都能直接读取并执行它,这导致了skill的快速爆发,导致项目分散在各个独立的 GitHub 代码库中,且质量参差不齐、命名混乱。

Claw4Science (claw4science.org) 网站正是为了“整理”这个生态而诞生的。

它的主要用途包括:

  • 1. 统一的目录与导航枢纽

网站将分布在各处的项目和技能资源汇聚到了一个统一的界面中,主要侧重于生物信息学和科学工作流,为研究人员提供了一个寻找可用 AI 工具的实用入口。

  • 2. 科学工作流(技能)的发现中心 (Skill Discovery)

聚合了 2230 个经过审核的科学技能,涵盖了从基因组学、药物发现到学术写作、文献检索等多个领域,可以通过检索在这里找到现成的分析流程文件。

那我们一起来探索一下这些不同页面的不同功能!

Claw4Science 网站不同界面及其功能

Projects页面

从全功能核心平台到超轻量级边缘智能体,从自我进化的研究系统到多组学流水线,汇总了基于 OpenClaw 架构或受其启发的各类 AI 智能体项目。

页面主要分为左侧的分类导航(Categories)和右侧的项目卡片(Project Cards)

左侧分类导航栏 (Categories)

这里列出了收集的所有项目的分类及其对应的项目数量,方便用户按需筛选:

  • Core Platform (核心平台): 14个项目
  • Team & Orchestration (团队与编排): 15个项目
  • Biomedicine & Omics (生物医学与组学): 共有26个项目,进一步细分为:
    • Medical & Clinical (医疗与临床): 9个
    • Bioinformatics & Omics (生物信息学与组学): 8个
    • Drug Discovery & Molecular (药物发现与分子层): 9个
  • General Research (通用研究): 共有40个项目,包括端到端自动研究、个人研究工作台、论文与文献工具等。
  • 其他小分类: 教育 (2)、基准测试与评估 (5)、安全 (1) 以及一个包含 29 个项目的关注列表 (Watching List)。

右侧主内容区:各类代表性项目

页面右侧按照分类展示了具体的开源项目卡片,每张卡片包含了项目名称、Star 数量(热度)、简介、使用的技术标签(如 Python, Rust, multi-agent 等)以及更新时间。

比如第一个Core Platform & Lightweight Variants (核心平台与轻量级变体),这一板块展示了用于构建 AI 智能体的底层基础框架:

  • OpenClaw (355K Stars): 支持接入 20 多种主流通讯软件(如 WhatsApp, Telegram, Slack 等),支持多端操作系统。
  • Hermes Agent (59.6K Stars): 带有一个“编辑推荐 (EDITOR’S PICK)”标签,这是一个能自我进化的 AI 智能体,关键优势在于支持本地模型解析。

页面通过清晰的分类和卡片式设计,可以帮助我们快速找到适合自己需求的开源 AI 系统。

🔍Skill Search页面

如果说“Projects”页面是帮忙找 AI 软件的,那么“Skill Search”页面就是找让 AI 干活的“指令包(Skill)”的搜索引擎。Skill Search可以提供语义搜索,不需要什么高深的搜索技巧 模糊地写关键词或者表达一下需求就可以搜索到想要的skills 

这是我最喜欢的功能(懒人小谢最爱hhh,就是不想找!),通过检索不用去 GitHub 大海捞针也不用在网站上面翻找,直接在搜索框输入需求即可!还非常贴心的给了提示词,生怕我不知道怎么问hhhh

比如我们需要检索单细胞分析相关的内容,就可以直接按照网站的提示输入:“analyze scRNA-seq data and find cell clusters”

系统会直接从 2200 多个 AI“技能(Skill)”库里,把基于 R (Seurat) 和 Python (Scanpy) 的现成标准分析流程找出来。还提供下载和跳转到Github页面的链接,简直不要太方便咯!

当然除了生信分析,咱们日常离不开的文献检索以及学术写作与润色也是包含了的:

文献检索(Literature Search)论文写作(Paper Writing)里面,咱们按照对应的提示词就可以使用

Literature Search(文献检索与管理)

“search PubMed and find relevant literature”(搜索 PubMed 并寻找相关文献)

  • pubmed-search-specialist : 用来构建复杂的布尔逻辑查询(Boolean query strings)。对于需要进行系统评价(Systematic Review)的人来说,它可以帮你自动映射 MeSH 主题词和高级过滤器。
  • fulltext-fetcher: 只要你给它 URL、DOI 或 PMID,它就能直接帮你抓取科学文献网页的原始 HTML 文本,方便后续的阅读和解析。

  • research-article-weekly : 像一个私人学术秘书,根据你的关键词每周自动检索、分类并生成最新的研究进展报告。

  • citation-management 的技能,它们可以连接 Google Scholar 和 PubMed,帮你提取准确的元数据,验证引文,并自动生成格式正确的 BibTeX 条目。
  • 除了 PubMed,还有专门针对预印本库的技能,如 biorxiv-database 和 **arxiv-database**。

Paper Writing(学术写作与润色)

输入的指令是:”write and polish academic research paper”(撰写并润色学术研究论文)。

  • polish : 包含 9 种编辑和校对技能的合集,专门用于调整学术语气(academic tone)、校对和翻译,确保写出简洁清晰的学术英语。

  • academic-paper: 这是一个极其复杂的“12 个智能体流水线(12-agent pipeline)”,它甚至包含了“风格校准(Style Calibration)”(从你过去的论文中学习你的写作语气)和写作质量检查。

  • ml-paper-writing: 专门为机器学习、AI 和系统领域的顶级会议(如 NeurIPS, ICML, ICLR)撰写可以直接发表的论文,甚至能从研究代码库中提取结构。

不过果然谁都不喜欢写文章,hhh这个模块的匹配度普遍都没有那么高!

skills页面

skills页面又分成了三个选项,让我们可以方便的查找

1. Skill Hubs(技能库/技能枢纽):汇聚了官方注册表和社区构建的整套技能合集。

页面的左侧边栏列出了这些“技能大仓库”的分类体系及数量:

  • Official Registries (官方注册表):4 个

  • Scientific & Research Skills (科学与研究技能):12 个

  • Medical & Biomedical Skills (医疗与生物医学技能):4 个

  • Research & Domain-Specific (研究与特定领域):5 个

  • General Collections (通用集合):9 个

2. Skill Survey(技能概览/调查) 页面:全局的“数据看板”和“技能全目录”,将技能进行了统计、分类和汇总。

3. Highlighted Skills(精选技能) 页面:选择困难症福音,直接展示每个类别中最好的那个!

如何使用 Claw4Science 网站?

小谢自己摸索了一下,结合文献整理了一下,欢迎大家指正和补充:

1. 查找适合的智能体框架 (Project Directory View)

  • 根据自己的需求,在“核心平台 (Core Platform)”、“团队与编排 (Team & Orchestration)”、“生物医学 (Biomedicine)”或“通用研究 (General Research)”等类别下挑选合适的 AI 智能体项目。

2. 检索并下载所需的“技能” (Skill Hub Interface)

  • 进入技能中心界面,按领域(如单细胞 RNA 测序、蛋白质工程、数据分析等)分类的技能库进行查找。
  • 找到需要的技能后,可以获取该 Markdown 文件,直接将其喂给自己的 OpenClaw 兼容智能体来执行特定的科学分析任务,无需自己从头编写代码。

3. 学习教程与跟踪动态 (Blog & Watching List)

  • 博客内容视图: 提供了关于生态系统的教程、更新资讯和深度见解,帮助新手快速了解如何配置和使用这些工具

收录整理了大量结构清晰、标题吸睛的保姆级教程:

  • 《scRNA-seq Skills: Complete Guide》:一份极其完整的单细胞 RNA 测序分析指南,覆盖了从早期的质量控制(QC)、细胞聚类,一直到下游的轨迹推断(Trajectory inference)全流程。
  • 《BioClaw or BloClaw? Same Name, Different Science》

正经结尾

体验下来感觉claw4science 就像是一个专门针对“AI 科学研究助手”的 App Store 或维基百科。不仅可以帮我们找到合适的 AI 软件(项目),更重要的是帮你找到让这些 AI 软件去干活的说明书(技能skill文件)。

当然小谢目前只是简单的探索了一下网站,因为还没有介入openclaw真正使用起来,所以这篇推文只是简单的分享网站,等真正用起来之后也会给大家分享更多的内容。

也欢迎大家和小谢一起探索使用claw4science 以及Bioclaw,然后一起探讨研究!