让每一个细胞，都拥有清晰边界

Cell Segmentation Studio：从显微图像到可编辑细胞轮廓的一站式分割工作台

面对复杂的显微图像，真正耗时的往往不只是“完成一次分割”，而是在不同模型、不同参数和不同尺度之间反复尝试，再把结果整理成可继续分析的数据。

Cell Segmentation Studio将图像导入、模型选择、参数对比、结果检查和轮廓导出集中到同一个桌面界面中。无需编写代码，研究人员即可直观比较多组分割结果，更快找到适合当前样本的参数组合。

真实软件界面：左侧完成模型与参数设置，右侧同步查看原图和多组分割结果。

一：双引擎加持，让不同样本各得其所

不同组织、染色方式和成像条件，对分割算法的要求并不相同。Cell Segmentation Studio 同时集成两类常用分割方法：

• Cellpose：适合细胞、细胞质、膜结构以及形态不规则的目标，可选 nuclei 与 cyto3 模型。
• StarDist：适合荧光细胞核、HE 图像细胞核等近似星凸形目标，可选荧光核与 HE 核模型。用户可以根据样本特点自由切换方法，不必在多个脚本和工具之间来回迁移。

二：不再一次次试参数：一键生成多组对比结果

一次参数只能得到一张结果图，往往很难判断当前设置是否最优。Cell Segmentation Studio 支持直接设置参数范围：

• Cellpose 可批量遍历不同的 diameter；
• StarDist 可组合测试不同的 prob 与 nms 阈值；
• 图像金字塔层级可按需选择，在细节与处理规模之间灵活平衡。

三：看得清，才能选得准

Cell Segmentation Studio 为结果判断提供了更直观的交互方式：

• 原图与分割结果分区显示；
• 鼠标滚轮缩放，左键拖动查看局部细节；
• mask 透明度可实时调节，无需重新运行模型；
• 原图区域可一键收起，为结果对比释放更多空间；
• 运行过程中可取消任务，并保留已经完成的结果。

四：从“看起来不错”到“可以交付”

分割结果不仅要能看，还要能进入后续分析流程。软件为每组结果提供：

1. 轮廓自检：自动检查 GeoJSON 几何轮廓的有效性，异常轮廓以红色高亮；
2. 轮廓修复：尝试修复无效几何，并以绿色标记已修复对象；
3. 结果导出：输出 QuPath 兼容的 GeoJSON Annotation 对象，便于继续编辑、核验和统计。

五：本地桌面运行，让研究流程更专注

Cell Segmentation Studio 采用本地桌面 GUI，无需把实验图像提交到网页界面。软件支持优先加载本地 Cellpose 与 StarDist 模型，也可打包为 Windows 应用，适合实验室工作站和日常图像分析环境。

它尤其适用于：

• 荧光显微图像中的细胞或细胞核分割；
• HE 图像中的细胞核识别；
• 细胞膜、细胞质及不规则目标提取；
• 空间组学图像分析前的细胞边界准备；
• QuPath 标注对象生成与后续人工校正；
• 教学、方法评估及多参数结果展示。

六：把时间留给研究，把重复交给工具

从选择图像，到比较多组模型参数；从检查轮廓，到导出 QuPath 可编辑对象——Cell Segmentation Studio 将原本分散的步骤整合为一条清晰、可视、可复核的工作链路。

少写脚本，少做重复尝试，更快获得可信、可用、可继续分析的细胞分割结果。

Cell Segmentation Studio让显微图像中的每一个细胞，都更清晰可见。