乐于分享
好东西不私藏

OpenClaw Medical Skills:开源医疗智能体完整上手指南

OpenClaw Medical Skills:开源医疗智能体完整上手指南

医疗智能体 | 官网

官方链接:
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
OpenClaw-Medical-Skills 介绍
OpenClaw-Medical-Skills 是一个面向 OpenClaw 的开源医学 AI 技能库,定位为“最大的开源医学 AI skill library for OpenClaw。它目前收录 869 个 curated skills,目标是把通用 AI agent 提升为更专业的医学与科研助手,而不是只做泛泛的聊天问答。
核心设计是把能力拆成一个个独立 skill,每个 skill 本质上都是一个自包含模块,通常以 SKILL.md 的形式存在这些模块既能教 agent 某个专业领域的知识和工作流,也能连接真实数据库、API 和计算工具,并输出更符合临床或科研场景的结构化结果。

覆盖范围

它并不只是医学文献检索工具,而是覆盖了临床、基因组学、药物发现、生物信息学、医疗器械等完整生态。README 还专门强调,有了这套 skills 之后,agent 可以执行 PubMed、ClinicalTrials.gov、FDA 查询,也能支持 RNA-seq、scRNA-seq、GWAS、变异注释、药物情报、临床文书和合规分析等任务

大类
数量
主要内容
General & Core
10
通用搜索、浏览器、文档/PDF/表格/PPT、协作文档
Medical & Clinical
119
医学文献、临床研究、患者沟通、医疗AI、心理健康、医疗器械合规
Scientific Databases
43
基因、变异、肿瘤、蛋白、药物等数据库访问
Bioinformatics (gptomics)
239
变异分析、测序质控、差异分析、通路、单细胞、表观组、微生物组、多组学
Omics & Computational Biology
59
单细胞/空间组学、蛋白组、药物发现、蛋白设计、网络分析
ClawBio Pipelines
21
生信流程编排与代理化分析,偏“工作流 orchestration”
BioOS Extended Suite
285
肿瘤、精准医学、免疫、临床AI、液体活检、长读长、PRS 等代理
Data Science & Tools
93
统计分析、数据清洗、可视化、实验室自动化、科研写作
重点技能介绍
使用场景
推荐重点技能
能解决什么问题
医学文献检索
pubmed-search
medical-research-toolkitmedical-specialty-briefs
查 PubMed、整合临床试验/药物/通路/数据库信息、做专科快报
临床数据与患者沟通
medical-entity-extractor、clinical-nlp-extractor
抽取诊断/药物/检验指标,患者易懂解释,临床笔记摘要
药物与精准医学
clinpgx-database
pharmacogenomics-agenttrialgpt-matchingprecision-oncology-agent
药物基因组学、试验匹配、精准肿瘤学解释
单细胞基础分析
scanpy
anndatasingle-cell-rna-qcsingle-preprocessing
h5ad/10x 数据读取、QC、降维聚类、基础预处理
单细胞进阶分析
bio-single-cell-batch-integration
bio-single-cell-cell-communication
批次整合、注释、双细胞去除、细胞通讯
空间组学与映射
single-to-spatial-mapping
、相关 single-cell/spatial skills
单细胞到空间映射、空间组学辅助分析
变异与基因数据库
clinvar-database
cosmic-databasevcf-annotator
变异注释、肿瘤突变、ACMG 解释
生信流程自动化
bio-orchestrator
scrna-orchestratorseq-wranglerrepro-enforcer
自动路由分析、scRNA 流程编排、可复现导出
科研写作与出图
scientific-writing
scientific-critical-thinking
写作、批判性评估、科研图可视化
实验室自动化
opentrons-integration
pylabrobotbenchling-integration
机器人实验、ELN/LIMS/Benchling 对接

安装流程

温馨提示:OpenClaw Medical Skills 本身不能独立运行,它默认要配合 OpenClaw 使用
如果是 Windows 用户,官方建议使用 WSL2
第一步:安装 OpenClaw(本次教程在WSL的Ubuntu)
curl -fsSL https://openclaw.ai/install.sh | bash
如果安装遇到问题可以参考:OpenClaw:给科研人配一个真正能干活的AI智能体
需要输入密码,然后可以看到需要三个步骤

[1/3] Preparing environment

[2/3] Installing OpenClaw

[3/3] Finalizing setup

接下来会看到是否要配置 token
配置后的结果如下
第二步:启动 OpenClaw 的首次初始化向导,并且把 Gateway 安装成后台常驻服务
openclaw onboard --install-daemon
如果安装遇到问题可以参考:OpenClaw:给科研人配一个真正能干活的AI智能体
第三步:启动 OpenClaw
openclaw dashboard
第四步:克隆 GitHub 仓库
git clone --depth=1 --no-checkout https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills.git

--depth=1 这是浅克隆:只下载最近一次提交附近的最新历史,不下载完整提交历史

--no-checkout:克隆仓库,但暂时不要把具体文件真正“检出”到工作区
进入刚才 clone 下来的仓库目录
cd OpenClaw-Medical-Skills
第五步:启用稀疏检出(sparse-checkout)模式
git sparse-checkout init --cone
只检出仓库里的 skills 目录
git sparse-checkout set skills
切换到 main 分支,并把该分支内容检出到工作区
git checkout main
第六步:只安装部分 skills

虽然仓库里有 869 个 skills,第一次没必要一股脑全装,先装一个最小可用组合。只安装部分 skills”的示例,比如临床 + 药物发现组合:clinical-reportstooluniverse-drug-researchtooluniverse-pharmacovigilanceclinicaltrials-databasebiomedical-searchtooluniverse-drug-drug-interaction

mkdir -p ~/.openclaw/skillsSKILLS=(  "clinical-reports"  "tooluniverse-drug-research"  "tooluniverse-pharmacovigilance"  "clinicaltrials-database"  "biomedical-search"  "tooluniverse-drug-drug-interaction")for skill in "${SKILLS[@]}"do  cp -r OpenClaw-Medical-Skills/skills/$skill ~/.openclaw/skills/done
第七步:安装完验证是否安装成功
openclaw skills list
如果安装遇到问题可以参考:OpenClaw:给科研人配一个真正能干活的AI智能体

实操

场景 1:医学文献和临床试验检索
首先要安装 biomedical-searchclinicaltrials-database 这类 skill,在龙虾的对话框中可以直接给出如下指令:

请帮我检索最近 3 年胃癌免疫治疗相关的高质量文献,优先 PubMed 和临床试验数据库,并给我一个中文总结。

或者:

请查询 HER2 阳性胃癌相关的正在招募中的临床试验,整理出 NCT 编号、研究阶段、干预药物和主要纳入条件。

之所以这样问,是因为 README 里对这些 skill 的定位就是临床数据库、药物研究、医学检索这类任务。

场景 2:单细胞分析流程指导

如果你安装了 scanpy 或 bio-single-cell-preprocessing,可以直接给 agent 下这样的任务:

我有一个 10x 的 filtered_feature_bc_matrix 目录,请给我一个完整的 Scanpy 预处理流程,包括 QC、过滤、归一化、HVG、PCA、UMAP、Leiden 聚类,并解释每一步为什么这样做。

因为 scanpy 这个 skill 里面本来就写了从 10x / h5ad 数据读入,到 QC、normalize、HVG、PCA、neighbors、UMAP、Leiden、marker gene 和 cell type annotation 的完整流程;而 bio-single-cell-preprocessing 则更偏向预处理和版本兼容提醒。

场景 3:多步骤组合任务

真正体现 skill 价值的,往往不是单一步骤,而是串联多个技能。比如你可以这样问:

我现在有 4 个 scRNA-seq 样本,想先做双细胞去除,再做批次整合,然后聚类注释,最后对 T 细胞做伪时序分析。请先给我一套完整分析方案,再分别给出 Scanpy 和 Seurat 的代码模板。

因为仓库本身就把双细胞去除、批次整合、注释、轨迹分析拆成了不同 skill,这种组合式提问通常比泛泛问一句怎么做单细胞分析更容易得到成体系的回答。

欢迎加入CNS生信交流群一起讨论与研究时下热门CNS文章各类生信分析方法(若二维码过期可以添加微信:huagesx
孟德尔+单细胞全文复现
孟德尔+单细胞全文复现(纯生信公共数据挖掘)

零基础想学生信,看👇这个文章

零基础也能学的AI生信课(AI助力生信入门班即将开始)

想学机器学习,看👇这个文章

AI助力多组学与机器学习联合分析(机器学习分析代谢组、蛋白组、宏基因组、网络药理学、转录组)

想系统学单细胞,看👇这个文章

CNS文章单细胞数据分析内容汇总(基础--进阶--python分析)

想系统学空间转录组,看👇这个文章

Nature单细胞空间组学1:1复现训练营
跟着CNS文章学空间转录组分析线上直播课(Visium HD、Xenium、Stereo-seq)

欢迎关注 | 华哥科研平台

亲,写的这么辛苦,记得关注、点赞、转发哟!