全公共数据+巨噬细胞,12+高端套路模板!

单细胞+空转+实验验证，国自然前期基础首选！

文章信息

标题：The CEBPB+ glioblastoma subcluster specifically drives the formation of M2 tumor-associated macrophages to promote malignancy growth

期刊：Theranostics

影响因子：12.4

中科院分区：1区

发表时间：2024年7月2日（Published: 2024-7-2）

研究疾病为胶质瘤，表型为M2巨噬细胞。通过单细胞联合空间转录组分析，识别了M2巨噬显著相关的特异性恶性亚群，后续锁定关键转录因子CEBPB，通过体内外实验验证其对M2极化的调控，再通过细胞通讯探索下游SPP1信号通路。

核心亮点：全公共数据+国自然热点巨噬细胞，高端套路模板！

一、M2型巨噬细胞富集与胶质瘤恶性进展的相关性

展示胶质瘤单细胞图谱，饼图显示不同患者的非肿瘤细胞分布。14名患者中M2型TAM在非肿瘤细胞中占一定比例。TCGA GBMLGG队列数据显示，M2型巨噬细胞浸润评分与胶质瘤恶性进展显著相关。

二、GBM亚簇6与M2型TAM分布高度相关

分析所有胶质瘤细胞得到13个细胞簇，展示标记基因表达模式。在51个肿瘤区域内，计算各胶质瘤亚簇与M2型TAM的Spearman相关性。空间转录组分析证实，M2评分与胶质瘤亚簇富集评分呈正相关。

三、GBM亚簇6的生物功能学分析

对各簇前50个标记基因进行GO、KEGG及通路富集分析。发育推断分析展示细胞状态动态变化，拟时序分析展示从根到簇1和簇6的轨迹。簇6基因模块富集于特定功能通路。

四、揭示CEBPB是GBM簇6的特异性转录因子

基于二元调控子活性的t-SNE分析，展示不同胶质瘤簇中的主调控转录因子。簇6中22个转录因子调控组的ssGSEA富集评分显示，CEBPB是关键转录因子。TCGA和Gravendeel队列中CEBPB高表达与生存期缩短相关。

五、CEBPB体外招募TAM并诱导M2极化

qPCR和WB验证CEBPB在GBM细胞中高表达。敲低CEBPB后CCL2表达下降。体外迁移实验显示，敲低CEBPB的GBM条件培养基吸引巨噬细胞数量显著减少。WB和qPCR证实，CEBPB高表达的GBM条件培养基促进M2标志物（CD206、CD163）上调。

六、CEBPB体内促使TAM向M2极化促进肿瘤生长

免疫荧光显示，敲低CEBPB的异种移植瘤中M2标志物（CD206、CD163）表达下降。体内肿瘤生长实验显示，敲低CEBPB显著抑制肿瘤生长。

七、CEBPB通过SPP1-整合素αvβ1-Akt通路诱导M2极化

细胞通讯分析显示CEBPB+ GBM亚群与M2型TAMs之间存在SPP1配体-受体相互作用。SPP1在GBM簇6中高表达，高表达与生存期缩短相关。

单细胞图谱 → 13个恶性亚簇 → 与M2评分相关性分析 → 锁定亚簇6 → 空间转录组验证 → 功能富集分析 → 拟时序分析 → 转录因子筛选 → 锁定CEBPB → 体外功能（迁移+M2极化） → 体内验证（免疫荧光+肿瘤生长） → 通讯分析 → 下游SPP1通路

全公共数据：Bulk + 单细胞 + 空间转录组，数据量大、工作量足

国自然热点：M2巨噬细胞极化，表型热门且机制清晰

干湿结合完美：生信发现→体外验证→体内验证，逻辑闭环

转录因子切入：从CEBPB调控入手，机制深度够

通讯分析收尾：SPP1信号通路，衔接上下游

肺癌：M2 TAM + 恶性亚群 + 转录因子 + 免疫耐药

肝癌：TAM极化 + 空间定位 + 靶向治疗

乳腺癌：M2巨噬 + 转移亚群 + 趋化因子通路

胃癌：TAM招募 + EMT + TGF-β信号

胰腺癌：M2极化 + 基质互作 + 化疗耐药

这篇文章是高端生信的经典模板：单细胞发现→空转验证→转录因子锁定→体外体内功能→通讯机制。

全公共数据+国自然热点，12+名副其实，非常适合作为国自然前期基础！