乐于分享
好东西不私藏

AI合成生物学agent智能体23黑曲霉糖化酶模型v2.0

AI合成生物学agent智能体23黑曲霉糖化酶模型v2.0
修复内容
#
问题
修复方案
改动
P0
诱导型崩盘(147 U/mL)
诱导物 I 独立状态变量 + 补料分批逻辑
I
 不再绑定 S*0.1,补料时同步补充
P0
qp 台阶式跳变
Hill 函数连续过渡(已存在,仅做验证)
Ki²/(Ki²+S²)
 保证 CreA 阻遏平滑解除
P1
无限线性增长 → 生物量爆炸
logistic X_max=50 + 分泌饱和
mu × (1-X/Xmax)
 + Km/(Km+E)

仿真结果对比

策略
修复前酶活
修复后酶活
变化
组成型
108,432
49,848
-54% (分泌饱和)
诱导型(无补料)147
3,448
+23× (I 独立衰减)
诱导型+补料
 🆕
37,069
新增,250×改善
CreA敲除
53,651
29,169
-46% (分泌饱和)
蛋白酶缺陷
128,334
64,447
-50% (logistic)
最优组合+补料
 🆕
90851,51557×改善!

动力学特征

从性能曲线可以看出三段式:0-24h 快速生长 → X 趋于饱和 (X_max=50),24-72h 快速产酶 → E 线性增长,72-120h 缓速产酶 → 受分泌饱和约束,E 增速递减趋平。

仍存的局限性

模型仍为简化教学工具,绝对值偏高(实际工业最高约 2000 U/mL),如需精确实用需进一步校准 qp_max 和 Km_secretion 到文献实测值。