夜雨聆风
AutoRMA(自动反应机理分析软件)使用背景
AutoRMA
ReaxFF 模拟产物简介
基于 LAMMPS 的 ReaxFF（分子动力学）模拟通常需要力场文件、系统原子的力场参数文件（以下简称“参数文件”）以及原子坐标文件（以下简称“坐标文件”）等输入。ReaxFF 模拟会生成三类主要输出：包含原子键级信息的键序文件、记录原子坐标的轨迹文件，以及包含分子信息的分子（species）文件。本文档中的示例基于 PE 热解的模拟数据，仅展示部分截取内容；AutoRMA(自动反应机理分析软件) 并不限于 PE 热解，可用于各种 ReaxFF 模拟结果的分析与输入文件生成。
分析文件简介
AutoRMA(自动反应机理分析软件)支持三种类型的文件分析，不同版本对文件类型的支持有所区别：
01
物种文件（species.out）
物种文件记录了模拟过程中各时间步的物种（分子）信息。在 LAMMPS 中可以通过以下命令导出分子文件，详见 https://docs.lammps.org/fix_reaxff_species.html。
# Syntaxfix ID group-ID reaxff/species Nevery Nrepeat Nfreq filename keyword value ...# Example:fix 1 all reaxff/species 10 10 100 species.out
其格式示例如下：
02
键序文件（bonds.reaxc）
键序文件记录了原子间化学键的键序（bond order）信息，用于追踪化学键的形成与断裂过程。键序文件可通过以下命令导出，详见 https://docs.lammps.org/fix_reaxff_bonds.html。
# Syntaxfix ID group-ID reaxff/bonds Nevery filename# Example:fix 1 all reaxff/bonds 100 bonds.reaxc
其格式示例如下：
03
轨迹文件（dump.lammpstrj）
轨迹文件包含原子在每个时间步的坐标信息，用于3D可视化和区域追踪分析。轨迹文件可通过 dump 命令导出，详见 https://docs.lammps.org/dump.html。
# Syntaxdump ID group-ID style N file attribute1 attribute2 ...# Example:dump 1 all custom 100 dump.lammpstrj id xu yu zu
其格式示例如下：
备注：
-
AutoRMA-Lite 只支持物种文件（species.out）分析
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AutoRMA-Full 支持所有三种文件类型的分析
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轨迹文件（dump.lammpstrj）需要配合键序文件（bonds.reaxc）一起使用，主要用于三维可视化
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END