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别再到处找R包安装教程!WGCNA、DESeq2、Seurat全部已经装好了

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如果大家有接触过生信相关分析,一定对单细胞又爱又恨,从肿瘤微环境到发育谱系,几乎现在前沿的研究都绕不开这项分析,但动辄上百GB的测序数据、十几个步骤的分析流程、一跑好几天的计算任务,分分钟能把实验室或者自己手里的电脑会卡到崩溃...

这个时候,很多人第一反应是上云服务器来加速分析,想法没错,但是怎么错又犯难了不是?参数太多看花眼,好不容易选了个高配,结果只是跑了一个小分析,有点小题大做的既视感,选了低配又跑不动大样本。。。这些问题放在生信光这里都不是事儿!根据大家的分析场景,再评估对应的配置,独享or共享统统能安排,真正做到既省心又不浪费米~

单细胞分析的计算需求差异极大,从原始数据下机到最终出图,不同阶段对算力、内存、存储的要求天差地别,生信光直接拿这一篇举例子,做的是乳腺癌综合图谱,跟着晨光咱们边看数据量边说服务器的配置,这样才能更直观!

刚接触单细胞,我们可能会做一些基础分析,或者是做标准化的分析,这种一般样本量不大,10例左右就能分析,只需要跑CellRanger、Seurat、Scanpy这些,进行质控、降维、聚类、标记基因识别这些标准步骤。大多是跟着protocol走,对分析环境的要求比较简单,就是稳定,能跑通就行。

到后面要开始升级进阶了,对数据量要求也更多了,会增加到50个样本左右,除了标准分析之外,还要做细胞通讯、轨迹分析、多组学整合跑批量任务。这时候不仅要算力跟得上,还要能灵活安装自定义工具,支持批量任务调度,最好能有预装好的常用流程,不用自己从零开始搭环境,而这些生信光团队的云服务器都已安装好、做到位,大家即开即用,非常省心!

再往后,有实力的老师就要开始进行大规模的队列研究了,样本量超过50个,细胞数动不动就上百个,还要做跨队列整合、深度学习建模,甚至需要同时跑十几个任务并行分析。在跑这种分析的时候,核心需求就是算力要足够弹性,不会出现高峰期不够用、低峰期闲置的情况,同时存储要能支持大规模数据的快速读写,最好还有项目协作功能,方便多人同时处理数据。是不是猜到大侠要说什么了?没错云生信光团队都已经把应用场景考虑到了,配备专业团队提供技术支持,包括R包安装、代码报错这些都能快速对接解决!

很多云服务器它只是通用型的,大家之后还要自己装系统、装R、Python,还要配置各种生信工具,是不是想想就觉得麻烦了?光是把Cell Ranger、Seurat这些工具装齐,没个两三天根本搞不定,还容易出现版本冲突,比如R版本太高,有些旧的分析包装不上,版本太低新的功能用不了。更麻烦的是换个任务又要重新配环境,时间全浪费在搭环境上,根本没精力做分析。但是!生信光团队的云服务器已经预先安装了上千款R包,不用大家再到处找安装包,省时省力的同时,就算代码报错,也有专人老师实时响应解决,整个一套闭环,各个场景不同配置,晨光都能评估后给出选项!

我们有专人负责调试流程,数据存储符合科研合规要求,且安全保密。毕竟做科研最重要的是效率,省下来的时间多做几个分析,多出几篇成果,这难道不香吗!你在单细胞分析的时候还遇到过哪些算力问题?欢迎在评论区分享

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