夜雨聆风学习资料网

ARTICLE · 1147250

Codex 搞科研 没这些插件真不行(建议收藏)

Codex 搞科研 没这些插件真不行(建议收藏)

新安装的 Codex 就像毛坯房,要做好 读文献、清洗数据、做图、整理实验结果的科研日常,你还需要一些额外的设置。

Codex 作为来自大厂的Agent工具,正在变得更强大、更复杂,它能火在于不同行业的人都能在其中找到适合自己的应用场景,科研场景更是如此。
帮你整理实验记录、总结Protocol、梳理文章、分析数据等场景你都能让Codex参与进来,但是它在变身为真正的【科研伙伴】 之前,还需要【亿点点】设置,才能让它真正具备搞科研的定力。
给 Codex 增添科研羽翼,少不了下面这些插件,一起来看看吧;
01 Nature-skills 冲击 Nature前,先让 AI 帮你把论文打磨一遍

适合:高水平论文写作、Nature风格润色、投稿前模拟审稿、回复审稿意见

顾名思义,如果要发表一篇Nature文章,需要用到的一切技能,有人总结了并写成了一个技能包,包括但不限于,按照Nature的风格书写文章、整理文献、绘图等等成文用到的所有技能,而你只需要把你表达的内容、结果给它即可,
Codex会按照Nature的要求将你已有的材料整理成符合Nature风格的成品文章,当然这期间依旧需要你不断的根据Codex的反馈进行调整,但是它已经能为你的Nature之路省下不少精力;
但是你可能会想,如果Nature的编辑让我修改或者我想先让Nature的Reviewer 提前给我一些意见来提高投 的概率,它能帮我么?可以的。
它内置了审稿人技能,能从不同的角度让AI模拟审稿人提前审核你的文章,并给出修改意见,当然你也能拿着审稿意见,直接让它对着一条条回复,让你再也不用 害怕 面对审稿人。

第一个:让 AI 提前扮演 Nature Reviewer

投稿前,很多科研人都会有这样的担忧:

“我的创新性够不够?”

“审稿人会不会质疑实验设计?”

“论文有没有一些自己没发现的逻辑漏洞?”

它可以模拟不同审稿视角,从研究创新性、科学意义、技术可靠性、证据完整性和论文表达等方面提出意见。默认工作流会生成三份模拟审稿报告,再对主要问题进行综合整理。

演示示例:投稿前模拟审稿

将论文初稿和相关图表放进 Codex 工作目录,然后输入:

请使用 nature-reviewer 对 manuscript.docx 进行投稿前模拟审稿,目标期刊为 Nature。

请从研究创新性、科学意义、实验设计、统计方法、证据完整性和论文逻辑等方面进行评价。

输出三份不同侧重点的模拟审稿报告,将问题分为 Major Concerns 和 Minor Comments。

对每个主要问题指出对应的论文位置、问题原因,以及作者应该补充什么证据或进行什么修改。

最后汇总一份按优先级排序的修改清单。不要虚构论文中不存在的实验或结果。

这样做最大的价值,不是让 AI 告诉你“这篇论文能不能中 Nature”。

而是在正式投稿之前,尽可能发现那些可能被审稿人质疑的问题。

第二个:让 AI 帮你逐条回复 Reviewer

相比投稿前的焦虑,收到 Major Revision 可能更让人头疼。

Reviewer 1 提了十几条意见,Reviewer 2 又要求补实验,Reviewer 3 还质疑研究结论。

光是整理这些意见、组织回复逻辑,就可能耗费不少时间。

Nature-skills 里的 nature-response 可以辅助完成这件事。

演示示例:生成审稿意见回复初稿

请使用 nature-response,根据 reviewer_comments.docx 和 revised_manuscript.docx,生成逐条回复审稿意见的 Response Letter。

每条回复包含审稿人原始意见、作者回复、已完成的修改,以及修改位置。

对于已经完成的补充实验,请引用我提供的真实结果;对于尚未完成的实验,请标记为“需要作者补充”,不要编造结果。

整体语气保持专业、礼貌、有理有据。

它可以帮你整理回复框架、核对哪些意见尚未解决,并改善英文表达。

当然,真正的科学问题仍然需要作者自己回答。

02 Scientific-writer 科研写作通用工具箱

适合:论文初稿、Introduction、Methods、Discussion、文献综述和投稿材料准备

如果说 Nature-skills 更偏向 Nature 风格的论文准备,那么 Scientific Writer 就更像是一个面向不同学科、不同期刊的通用科研写作助手。

这个是Agent时代 第一个 出现的科研写作插件,科研通用写作插件,第一次有人把科研写作的通用规范、写作要领以及资料检索做成了一个系列技能包,虽然看起来和上一个有功能重叠,但是侧重方向依旧不一样,建议安装。它目前依旧在持续更新中,并且作为首创的技能包插件一定有其他后来者不一样的优势。

这里推荐的是 K-Dense-AI 开源的 claude-scientific-writer 项目。

它将科研写作规范、论文结构、文献工作流和相关辅助技能整合在一起。

对于科研人来说,最实用的地方是:

不需要每次写论文都从一张白纸开始。

比如,很多人写 Introduction 时会遇到一个问题:

相关文献看了不少,但不知道怎么组织成一条完整的研究逻辑。

写出来的内容经常变成简单的文献堆砌。

Scientific Writer 可以辅助你梳理研究背景、已有进展、知识空白和研究目标之间的关系。

演示示例一:写 Introduction

假设你正在研究肿瘤微环境中的巨噬细胞,已经整理了相关文献和研究假设。

可以输入:

请使用 scientific-writing 工作流,基于 references 文件夹中的文献和 research_outline.md 中的研究内容,为我的论文设计 Introduction 结构。

按照“研究背景—已有进展—当前研究空白—本研究目的”的逻辑组织内容。

先生成详细提纲,再起草英文 Introduction。

每一项重要科学论断都应关联可核查的文献来源。对于缺少证据支持的内容,请明确标记,不要编造参考文献或 DOI。

这比直接告诉 AI“帮我写一篇 Introduction”更有价值。

因为它不仅生成文字,还帮助你检查论文的论证结构。

演示示例二:检查 Methods 是否完整

Methods 是论文中非常重要、也容易遗漏细节的部分。

例如样本来源、实验重复次数、统计方法、试剂信息、软件版本等。

可以输入:

请使用 scientific-writing 工作流,检查 methods_draft.docx 中的实验方法。

从实验可重复性的角度,检查是否缺少样本量、实验条件、试剂信息、仪器参数、统计分析方法和软件版本等重要内容。

输出一份缺失信息清单,并说明每项信息为什么重要。

不要自行补充我没有提供的实验参数。

这类检查尤其适合在投稿前进行。

它和 Nature-skills 有什么区别?

简单来说:

Nature-skills 更偏向 Nature 风格的完整投稿流程。

Scientific Writer 更偏向跨期刊、跨学科的科研写作规范和工作流。

两者有重叠,但并不完全相同。

如果你经常写不同类型的学术文章、综述、研究报告,Scientific Writer 的通用性值得关注。

03 Humanizer 论文写完了,怎么让语言少一点 AI 味?

适合:学术英文润色、论文表达优化、科研邮件、日常写作

如果你经常让 AI 帮忙修改文章,可能已经发现一个现象:

AI 写出来的内容虽然语法正确、逻辑看起来也很完整,但总有一种似曾相识的感觉。比如英文写作里频繁出现:

“Furthermore...”

“Moreover...”

“It is worth noting that...”

“Taken together...”

这些表达本身并没有错。但如果一篇文章从头到尾都使用类似的句式,读起来就容易显得机械、重复。

Humanizer 就是专门处理这类问题的 Skill。

它会检查文本中一些常见的模式化表达,比如空泛的强调、过度使用连接词、重复的句子结构,以及缺乏具体信息的总结句。

然后尝试在不改变原意的前提下,让表达更自然。

演示示例:学术英文润色

假设你有一段 AI 辅助起草的 Discussion,内容基本正确,但读起来比较生硬。

可以输入:

请使用 Humanizer 润色 discussion_draft.md。

保持正式、准确、克制的学术英文风格,减少重复的连接词、模板化表达和不必要的强调。

保留所有科学术语、实验数据、统计结果、引用和原有结论,不要增加未经证实的科学观点。

如果某句话逻辑不清楚,请单独标注,不要自行改变其科学含义。

输出润色后的版本,并说明主要修改。

如果你希望文章更接近自己的写作习惯,还可以提供两三段自己以前写过的英文,让 Humanizer 参考用词和句式。

但这里有一个需要特别强调的问题:

Humanizer 的作用是改善文字质量,不是保证绕过 AI 检测。

它不能保证修改后的文字一定被识别为人工写作,也不能代替作者遵守期刊的 AI 使用披露要求。

对于科研论文来说,最重要的始终是科学内容准确、证据可靠,以及作者对最终文本负责。

04 Life Science Research生物医学科研人的专属工具箱

适合:生物医学、基因组学、蛋白质研究、药物研发、科研选题。

这是来自 OpenAI 的一个生命科学研究插件,整合了约 50 个专门面向生命科学研究的 Skills。

覆盖的方向包括:

  • 基因与遗传变异
  • 转录组与表达分析
  • 蛋白质结构和功能
  • 通路与分子网络
  • 化合物和药物研究
  • 临床试验与公共数据集
  • 论文、预印本和研究证据检索

它可以结合不同的数据来源,为一个科研问题收集和整理相关证据。

例如,你正在研究 TREM2 与小胶质细胞的关系。

可以尝试:

请使用 Life Science Research,整理 TREM2 在小胶质细胞中的已知功能。分别检索相关基因表达、信号通路、公开数据集和近年的研究文献,提供可核查的来源链接。请将已有研究证据与尚未验证的假设分开,并列出值得进一步探索的研究问题。

这样的结果可以作为科研选题和文献调研的起点。尤其是涉及不同数据库的信息时,把检索、整理和证据综合串起来,会比逐个手动访问网站更方便。

05|PDF Skill 自动复制论文里的表格了

适合:文献阅读、论文整理、PDF 内容提取和排版检查

想提取论文中的某个表格,复制出来却全部错位;或者拿到一份几十页的 PDF,想快速定位方法部分和实验参数。这时候,可以试试 PDF Skill。

它不仅可以辅助读取 PDF 文字,还可以配合 PDF 解析工具完成表格提取、页面检查、PDF 生成和排版验证等任务。

举个实际例子:

假设你正在阅读一篇包含多个实验条件的论文,想把其中的实验参数整理成 Excel。

可以直接把论文放进工作目录,告诉 Codex:

请阅读当前目录下的论文 PDF,找到实验方法部分,将样本量、实验分组、处理条件、检测指标和对应页码整理成表格。提取不到的信息标记为“未报告”,不要自行补充。如果 PDF 表格存在跨页或识别不确定的情况,请指出需要人工核对的位置。

这样得到的不只是一段总结,而是一份更容易用于后续对比和整理的结构化材料。

当然,这不意味着 PDF 表格一定能被完美识别。复杂的合并单元格、扫描件、图片形式的表格,依旧需要人工核对

06|编写自己独有的插件

如果在你的工作流中,找不到满意的插件,你完全可以自己编写或者修改这些技能包,直接告诉Codex你要创建一个什么样的插件就好了,建议越具体越好,剩下的就交给Codex完成,你验收调成就可以了。

创建示例如如图中所示,当然你也可以加入更复杂的流程和代码等。

类似的插件或者技能包还有很多,这里只是推荐了一些比较优秀且在持续更新的Codex 插件,你如果有更好的推荐也欢迎在评论区留言。

注意:插件也不是越多越好,找到适合自己场景好用的即可。


    关注我们,让你 科研不迷路!

    订阅我们,让你 科研普拉斯!

    长按上方二维码 或  手动复制下面网址,在浏览器打开

    kyplus.092420.xyz

    相关学习资料