DIA-NN 引擎源码考古 · 1.7.12 · 第二回

质谱仪吐出来的原始数据格式五花八门，各家厂商互不买账。DIA-NN 1.7.12 版只认 .raw、.wiff、.tdf 和 .mzML 四种。

其中 .raw 得自备 Thermo 的 reader，.wiff 更折腾——必须装进 ProteoWizard 的文件夹里跟它挤一块儿。好在 .tdf 是自带读取器的。不过 timsTOF 招牌的离子淌度数据，这版只是收进来存着，打分过滤一概不用。

接下来是备查清单，有谱库直接递单，没谱库就靠引擎把 FASTA 炼成名单。无库模式最容易踩坑的是酶切规则：默认叫 Trypsin/P，意思是哪怕后面跟着脯氨酸也照切不误。想恢复经典的“后跟脯氨酸不剪”，得手动改成 Trypsin。

另外，可变修饰默认一条都不挂。一旦放开枚举，候选清单会瞬间爆仓。所以引擎死死踩住刹车：长度卡在 7 到 30，漏切最多 1 刀，可变修饰默认最多挂 1 个位点。

这套组合拳下来，就是为了把爆炸摁死在检索前。