夜雨聆风
网络毒理学该用什么思路？做到什么深度？需要多大工作量？怎么做性价比更高？
这些问题，云生信-燕博这边几乎每天都会遇到，今天就用一篇很标准的网毒模版文章来实例演示下：
首先思路上的话多热点整合分析仍是主力，深度上想冲高分的话就是把分子和细胞机制多做一些，不差钱的朋友可以参考网药的来时路，把组学测序（比如转录组、代谢组）加上；但从性价比角度来看，燕博更建议大家用单细胞+虚拟敲除（scTenifoldKnk），敲除靶点后可以看到下游基因变化以及富集通路，既可以初步找到下游机制，又带来了技术buff，一举两得，再加上一步实验验证，效果不比组学测序差，所以咱们这边近期设计的高分网毒方案中虚拟敲除几乎是标配了，因为客户都清楚，这是实打实的省时省力途径！另外，研究目标上也尽量保持高创新性，这是事半功倍拿高分的最简单方式，如果是临床医生的话建议选择药物类目标，贴近临床又新颖~
1.研究目标虽然还是环境污染物大类，但选的‘diPAP’在网毒中的研究比较小，创新性在线，再搭配高创新思路的话发8分+还是很轻松的~
2.思路设计是本文最大的亮点，既保留了网毒分析与标志物分析联合的基本框架，又加入了新技术，稳稳当当冲高分！先做斑马鱼表型实验分析，再用网毒+转录组+机器学习筛靶点，然后单细胞分析核心靶点表达和功能，利用scTenifoldKnk虚拟敲除探索调控机制，最后分子对接+MDS验证结合。有多个热点方法撑场子，也有验证实验，还用虚拟敲除技术拓展到了下游分子机制，逻辑闭环很完整，研究深度和文章质量都相当不错，这种配置冲高分自然更有竞争力！
这篇文章的选题和思路创新性双高，2个月成功拿到8分+，当然思路的普适性很强，并且实操难度中等，很值得复现！不确定自己能不能复现这个思路？【生信鸟】团队时刻在线，菜单栏【转人工】先评估下看看吧~
研究思路解构
1.数据：多个化合物和疾病相关公共数据库、bulk、单细胞数据
2.思路方法：
1）斑马鱼胚胎在发育期暴露于不同剂量 6:2 diPAP，28 dpf时评估肝组织病理及代谢表型；
2）网络毒理学分析6:2 diPAP诱导NAFLD相关靶点，进行功能富集分析，构建PPI网络识别核心靶点；
3）将转录组来源差异基因与6:2 diPAP-NAFLD靶标取交集，利用3种ML算法识别关键基因，构建多变量逻辑回归模型，对关键基因进行RT-qPCR和免疫荧光验证；
4）单细胞分析识别细胞群，根据标记基因将肝细胞分层为不同疾病相关转录状态，分析SQSTM1在所有肝内细胞谱系及肝细胞亚群中的差异表达；
5）使用Monocle3包进行伪时序分析，计算SQSTM1-p62模块评分，并将其与SQSTM1表达、临床疾病阶段及肝细胞状态注释共同投射到肝细胞拟时序轨迹上，评估SQSTM1相关转录程序是否随细胞状态进展变化；
6）在NASH肝细胞亚群中利用scTenifoldKnk虚拟敲除SQSTM1，对扰动基因进行富集分析；
7）利用分子对接分子动力学模拟及结合自由能分析评估6:2 diPAP与SQSTM1的结合作用。
主要结果展示
1. 早期暴露于环境相关浓度6:2 diPAP可能增加幼体斑马鱼NAFLD样肝脂肪变性表型的风险
2. 网络毒理学揭示6:2 diPAP相关肝毒性集中于整合的代谢-炎症应激网络，且SQSTM1是NAFLD样损伤潜在的调控节点
3. 转录组和机器学习分析确定了SQSTM1作为与病理性肝细胞重塑相关的关键应激反应枢纽
4. 单细胞分析和伪时间分析显示，在 NAFLD 进展过程中，SQSTM1 高表达的肝细胞富集于损伤相关和衰老相关状态，表明 SQSTM1 激活与肝细胞状态恶化之间存在联系
5. NASH 肝细胞中的虚拟 SQSTM1 敲除影响了氧化应激、异物代谢和炎症重编程
6.分子对接、动力学及结合自由能分析支持预测的6:2 diPAP-SQSTM1复合物的结构合理性
云生信-燕博点评
这篇文章做的很丰富，有高创新研究目标、有多热点联合思路、有虚拟敲除新技术来探索机制、还有验证实验，创新性和质量兼备，妥妥的高分模版文，速抄！想复现这个思路又担心虚拟敲除实操有难度？这些【生信鸟】团队都能实现，放心用！这里最值得借鉴的地方一个是是在多热点分析基础上，利用虚拟敲除把研究深度拓展到了下游分子机制，直接就把文章推进高分行列了，比做组学测序可省力多了，非常推荐使用！