前沿组学与 AI 研究进展每日简报

日期：2026-09-21 ｜ 编者：BSK ｜ 覆盖：单细胞组学 · 空间转录组 · 三维基因组 · 虚拟细胞 · 数字孪生 · AI 智能体 · 生物信息数据库

---

🔥 今日重点

《3D 基因组架构主动驱动组织再生》（*Science Advances*，DOI 10.1126/sciadv.aea8281，2026-08-07 在线发表；巴塞罗那大学/CNAG 团队 2026-09-14~17 集中报道）

本期最具突破性的跨领域进展，落在三维基因组 × 发育与再生生物学 × 基因调控的交汇处。过去学界多把 3D 基因组视为基因表达的"包装层"，而巴塞罗那大学 Corominas 团队联合 CNAG 的 Martí-Renom、洛桑大学，以果蝇翅成虫盘（wing imaginal disc）再生为模型，首次给出功能性证据：3D 基因组成型并非再生的被动结果，而是主动必要环节。他们用 Hi-C 追踪再生全程，发现虽然 A/B 区室与 TAD 基本维持，但区室化减弱、边界绝缘下降，并锁定3 条长程染色质环（L1/L2/L3）在再生中接触频率显著升高；通过 CRISPR 靶向删除环的锚点证明——这 3 条环对再生不可或缺、却对正常翅膀发育基本无关紧要；删除任一条环都会引起基因表达与 H3K4me1 三维微环境趋同改变，提示其协同作用。其范式意义在于：把 3D 基因组从"结构描述"推进到"再生因果调控层"，与丁老师梨属 3D 基因组（组织原位折叠、环/锚点驱动性状）的研究哲学高度同构——只是对象从果蝇翅膀换成了梨的农艺性状；同时也为"以 3D 染色质环锚定候选调控元件"的可解释路线提供了跨物种佐证。

1. 单细胞组学（Single-cell omics）

本期焦点：从"人群尺度肿瘤单细胞图谱 → 临床可行动靶点"，到"人冠脉单细胞图谱揭示动脉粥样硬化驱动内皮亚群"，再到"全转录组统一编码/非编码"。主题关键词：恶性转录原型增殖正交轴FCRL2 靶点内皮祖细胞样重编程总 RNA 单细胞。

摘要：① 多发性骨髓瘤单细胞图谱（Weizmann Institute / Ido Amit 团队，*Nature Genetics* 2026-09-01，DOI 10.1038/s41588-026-02725-5，已核实）构建覆盖健康→MGUS→初诊→复发难治全病程的临床注释人群尺度图谱：341 名个体、427 份骨髓、52.5 万细胞（18.3 万浆细胞）。用重复 NMF 提取 5 个恶性转录原型（MM1–MM5），并把增殖程序作为正交轴单独刻画——避免把所有异质性硬塞进互斥亚型；在 910 例 CoMMpass bulk RNA 中迁移验证后，筛出浆细胞限制性表面靶点 FCRL2，其 CAR-T 在体外有抗原特异性活性、在小鼠异种移植中延长生存——是一条"候选优先级不断收窄"的可行动蓝图。② 人冠脉单细胞图谱（阜外医院团队，*Nature Cell Biology* 2026-07，来源已核实、精确 DOI 待官网核对）对 56 段人冠脉（正常/早/晚期病变）做 scRNA-seq，鉴定出此前未知的 EC5 SLCO4A1⁺ 内皮祖细胞样致病亚群，并用 CUT&Tag 锁定 master regulator PRDM15；配套临床血清队列验证 骨膜素 OGN 为可无创反映冠脉负荷的循环标志物，形成"机制→标志物"闭环。③ TotalX（Quake/Weissman 等，*Nature Biotechnology* 2026，DOI 10.1038/s41587-026-03068-6，已核实）用 Cas9 切割 rRNA 把总 RNA  profiling 适配到标准液滴平台，统一捕获编码与非编码 RNA，在人脑发育、PBMC、登革热感染肝细胞中揭示 miRNA/tRNA 动态——三者把单细胞组学从"分型"推向临床分层、血清标志物与全转录组调控。

技术路线：① 临床注释 scRNA（MARS-seq）+ scVI 整合 + inferCNV 分恶性/正常 + 重复 NMF 双轴（骨髓瘤）/ 人冠脉分段 scRNA + CUT&Tag + 临床血清 ELISA（冠脉）/ 总 RNA + Cas9-rRNA 酶切 + 液滴统一流程（TotalX）→ ② 恶性原型+增殖轴 / 致病内皮亚群+PRDM15 / 编码+非编码统一图谱 → ③ 独立队列迁移 + 靶点提名（FCRL2 CAR-T）/ OGN 标志物 / 非编码调控 → ④ 患者分层与精准靶向。

English Summary: A population-scale single-cell atlas of multiple myeloma (*Nature Genetics* 2026-09-01, DOI 10.1038/s41588-026-02725-5) defines five malignant transcriptional archetypes plus an orthogonal proliferative axis across 341 individuals and nominates the plasma-restricted FCRL2 surface target (validated in vitro and in vivo); a human coronary single-cell atlas (*Nature Cell Biology* 2026) identifies a pathogenic EC5 SLCO4A1⁺ endothelial subtype driven by PRDM15 with osteoglycin (OGN) as a serum biomarker; TotalX (*Nature Biotechnology* 2026, DOI 10.1038/s41587-026-03068-6) unifies coding and noncoding transcriptomics on droplet platforms — single-cell omics is advancing toward clinical stratification, blood biomarkers and full-transcriptome regulation.

2. 空间转录组（Spatial transcriptomics）

本期焦点：从"时空视频式动力学重建"到"灵长类脑全长空间异构体"，再到"单细胞分辨率空间异构体"。主题关键词：时空动力学重建全长空间转录本空间异构体非平衡最优传输亚细胞分辨率。

摘要：① stVCR（北京大学李铁军/周沛劼团队，*Nature Methods* 2026，DOI 10.1038/s41592-026-03010-3，已核实）针对"测序破坏性使时空转录组只有静态快照"的难题，提出生成式深度学习框架整合动态最优传输（DOT）、刚体变换不变密度匹配、不平衡最优传输，端到端重建细胞的连续分化、物理空间迁移与增殖/凋亡，并在蝾螈脑再生与 3D 果蝇胚胎发育中验证——把空转从"照片"变成可播放的"电影"。② Fullscope-seq（临港实验室魏武团队，*Nature Methods* 2026，DOI 10.1038/s41592-026-03174-y，已核实）在 ~5cm×3cm 食蟹猴脑切片上实现 500nm 空间坐标 + 单细胞分辨率的全长转录本捕获，切片覆盖较既有方案扩大约 35 倍、空间条形码多样性提高约 120 万倍，鉴定出 6434 个新注释异构体，揭示皮层浅/深层可变剪接差异（如 DDRGK1-FS1 浅层 63.0% vs 深层 39.7%）——把"基因"这一分析单元推进到"特定细胞特定位置的具体转录本版本"。③ Spl-ISO-Seq2（*Nature Methods* 2026，DOI 10.1038/s41592-026-03211-w，已核实）把单分子长读长与空间条形码结合，在单细胞分辨率下原位解析 RNA 全长异构体——三者标志空转进入时空可重建、全长可捕、异构体可辨的新阶段。

技术路线：① 非平衡 DOT + 刚体不变对齐 + 生物先验（stVCR）/ 原位全长 cDNA + 生物素辅助富集 + 程序化串联（Fullscope-seq）/ 长读长 + 空间条形码（Spl-ISO-Seq2）→ ② 连续时空动态 / 脑区全长转录本地图 / 单细胞分辨率异构体 → ③ 再生与发育机制 / 神经疾病异构体地理 / 细胞-区位特异性剪接 → ④ 发育建模、脑疾病与精准医学。

English Summary: stVCR (*Nature Methods* 2026, DOI 10.1038/s41592-026-03010-3) is a generative deep-learning framework that reconstructs continuous spatiotemporal cell dynamics from snapshot spatial transcriptomics via unbalanced dynamical optimal transport; Fullscope-seq (*Nature Methods* 2026, DOI 10.1038/s41592-026-03174-y) captures full-length transcripts in situ across primate brain at 500 nm resolution; Spl-ISO-Seq2 (*Nature Methods* 2026, DOI 10.1038/s41592-026-03211-w) resolves full-length isoforms at single-cell spatial resolution — spatial transcriptomics is becoming temporally reconstructable, full-length and isoform-aware.

3. 三维基因组（3D genomics / genome architecture）

本期焦点（含今日重点）：揭示"3 条长程染色质环主动驱动组织再生"的功能机制，配套生物学引导的高分辨率 3D 重建方法 HiC-LEGO与组织原位 3D 基因组 + 可及性平台。主题关键词：长程染色质环再生 3D 调控层HiC-LEGO 高分辨率重建原位 3D 基因组Hi-C 基础模型。

摘要：① 3D 基因组驱动再生（今日重点，巴塞罗那大学/CNAG，*Science Advances*，DOI 10.1126/sciadv.aea8281，已核实）如上"今日重点"所述：再生中 A/B 区室与 TAD 大体维持，但区室化减弱、边界绝缘下降，并出现 3 条接触频率升高的长程环；锚点删除证明其对再生必需、对发育非必需，且各环扰动引起表达与 H3K4me1 三维环境趋同改变——首次把 3D 基因组定为再生的主动调控层。② HiC-LEGO（bioRxiv 2026，方法已核实、精确 DOI 待核实）提出域感知分层框架，把 ensemble 染色质域、图结构学习与染色体渐进组装结合，在 5 个人细胞系 5kb 分辨率下比 SOTA 更高重建一致性并更好保留域结构；1kb 下重建完整 GM12878 8 号染色体并恢复表观支持的远端 MYC 增强子-启动子近距离接触，在乳腺癌中维持健康/原发/肝转移的稳定 TAD 结构——为跨物种/跨细胞类型高分辨率 3D 重建提供新工具。③ Spatial-ATAC-Hi-C（岳峰/樊荣，*Nature Methods* 2026-09-01，DOI 10.1038/s41592-026-03217-4，已核实）在组织切片上以全基因组、空间分辨方式同步剖析 3D 染色质互作与可及性，在胶质母细胞瘤中检出空间分辨的 CNV 与结构变异——是组织原位 3D 基因组旗舰平台，与丁老师梨属 3D 基因组组织原位折叠工作高度互补。三者从"再生功能机制"到"高分辨重建方法"再到"原位技术平台"，把 3D 基因组推进到机理可解释、分辨率可达 kb、原位可定位。

技术路线：① Hi-C 再生时序 + 锚点 CRISPR 删除功能验证（再生研究）/ ensemble 域 + 图学习 + 渐进组装（HiC-LEGO）/ 组织切片交联→酶切→连接→空间条形码（Spatial-ATAC-Hi-C）→ ② 3 条长程环功能注释（再生）/ 5kb–1kb 高分辨重建（HiC-LEGO）/ 原位 3D 互作 + 可及性 + CNV/SV（Spatial-ATAC-Hi-C）→ ③ 再生因果 3D 层 / kb 级结构一致性 / 肿瘤克隆空间异质性 → ④ 作物/组织 3D 结构可解释解析（借鉴）。

English Summary: A *Science Advances* paper (DOI 10.1126/sciadv.aea8281, verified) provides the first functional evidence that 3D genome architecture actively drives tissue regeneration: three long-range chromatin loops are essential for Drosophila wing disc regeneration but dispensable for development; HiC-LEGO (bioRxiv 2026) is a domain-aware hierarchical framework reconstructing 3D genomes at 5-kb/1-kb resolution while preserving domain organization; Spatial-ATAC-Hi-C (*Nature Methods* 2026, DOI 10.1038/s41592-026-03217-4) co-profiles 3D genome and accessibility in situ — 3D genomics is becoming mechanistically interpretable, kilobase-resolvable and in-situ localizable.

4. 虚拟细胞（Virtual cell / AI cell model）

本期焦点：呈现虚拟细胞的两条张力线——可运行扰动蛋白组旗舰 ProteinTalks持续领跑，而VCBench 基准"泼冷水"：简单线性基线在 5 个基础模型中 4/5 维度匹配或超越，提示"虚拟细胞"仍需严谨验证；生成式细胞世界模型 Lingshu-Cell / AIDO Cell提供替代路线。主题关键词：扰动蛋白组虚拟细胞基础模型基准警示生成式细胞世界模型数据污染不可检零样本泛化。

摘要：① VCBench（Weidener 等，bioRxiv 2026-06，DOI 10.64898/2026.06.18.733146，已核实）把 4 个独立"虚拟细胞"框架综合为 7 个能力维度（扰动响应、跨物种、GRN、模态整合、时序、多尺度、in silico 实验），用预注册线性/最近邻基线评测 5 个基础模型（Geneformer、scGPT、UCE、TranscriptFormer、Arc State），得出三点发人深省结论：基线在 5 个可测维度中 4 个匹配或超越所有基础模型；仅 TranscriptFormer 在 RNA→蛋白跨模态预测上超最强基线（但有谱崩溃代价）；没有任何基础模型公开完整细胞级训练清单，数据污染对用户不可检。并发布污染报告 schema——为"虚拟细胞热"装上校准器。② ProteinTalks（西湖大学郭天南等，*Nature* 2026-09-09，DOI 10.1038/s41586-026-11001-9，已核实）仍是"AI/数据驱动可运行虚拟细胞"旗舰：>3800 万时间分辨蛋白测量监督 Neural ODE，以约千分之一于转录组模型的参数取得 AUROC 0.95，可迁移至患者/PDX/类器官并验证 AKR1C3 耐药。③ Lingshu-Cell（达摩院，arXiv:2603.25240，已核实）用掩码离散扩散在 ~1.8 万基因离散 token 空间建模转录组状态分布，在 Virtual Cell Challenge H1 领先——三路线（基准校准 / 扰动蛋白监督 / 生成式扩散）共同把虚拟细胞推向可评测、可因果、可生成，但也警示"排行榜分数 ≠ 科研可用"。

技术路线：① 4 框架→7 维度统一基准 + 预注册基线（VCBench）/ 大规模扰动蛋白组→Neural ODE（ProteinTalks）/ 单细胞转录组→离散 token 扩散（Lingshu-Cell）→ ② 基线对比暴露鸿沟 + 污染 schema（VCBench）/ 反事实药效–协同–耐药（ProteinTalks）/ 条件扰动生成式模拟（Lingshu-Cell）→ ③ 可信评测 / 实验验证 / 状态分布复现 → ④ 药物发现与精准用药。

English Summary: VCBench (bioRxiv 2026, DOI 10.64898/2026.06.18.733146) benchmarks five single-cell foundation models as virtual cells across seven capability dimensions and finds linear/nearest-neighbor baselines match or beat them on four of five testable dimensions, while no model publishes a complete training manifest — a needed calibration for virtual-cell hype; ProteinTalks (*Nature* 2026, DOI 10.1038/s41586-026-11001-9) remains the perturbation-proteomics operational benchmark; Lingshu-Cell (arXiv:2603.25240) is a masked discrete-diffusion generative cellular world model — the field is converging on evaluable, causal and generative cell models, with rigor now front and center.

5. 数字孪生（Digital twin，生物医学与生命科学）

本期焦点：本期以国际医学数字孪生联盟（ICDT-HM）基础设施路线图与AI 原生多智能体眼科诊所 AI-TEC为代表，数字孪生正从"概念验证"走向注册级临床证据与个体化医疗操作层；配套离体肺灌注（EVLP）数字孪生预测移植适宜性。主题关键词：医学数字孪生基础设施AI 原生多智能体诊所EVLP 肺数字孪生联邦学习监管可接受证据。

摘要：① ICDT-HM（国际医学与健康数字孪生联盟，*Nature Medicine* 2026-09-11，DOI 10.1038/s41591-026-04621-1，已核实）把医学数字孪生定位为精准健康新基础设施，提出联邦式全球运行体系（亚太/欧洲/北美区域中心 + 机构节点），以联邦学习/隐私计算在保留数据主权下共建模型，并强调外部验证、不确定性表达与全球人群代表性。② AI-TEC（清华大学相关团队，*Nature Medicine* 2026-09，DOI 10.1038/s41591-026-04631-z，已核实）是AI 原生（AI-native）眼科诊所框架：多专用智能体嵌入就诊全流程（采集症状→建议检查→问诊辅助→随访），用 Qwen3.5-35B 处理文本、RETFound 读眼底图；经 4 名专家精选 1426 张图像微调后 AUROC 从 0.7996 升至 0.9383，第二队列再升至 0.9482，可识别青光眼、糖网、AMD 与病理性近视——是数字孪生/多智能体在真实临床工作流落地的范本。③ 离体肺灌注数字孪生（*Nature Medicine* 2026-05-29，DOI 10.1038/d41591-026-00029-z，已核实）聚合数百供体肺 EVLP 的多模态（血流动力学/通气/分子）数据，构建可模拟药理干预与生理应激的高保真数字孪生，在移植前预测肺功能与治疗有效性——将器官选择从"观察评估"推进到"预测建模"。三者共同把数字孪生推向注册级临床证据与个体化医疗操作层。

技术路线：① 多源临床数据（文本/影像/纵向 EHR）→ ② 多智能体协同 + 基础模型（AI-TEC）/ 联邦式全球模型 + 隐私计算（ICDT-HM）/ EVLP 多模态 → 个体健康轨迹推断（数字孪生）→ ③ 诊断/风险预警 + 个体治疗模拟 → ④ 真实医院部署、外部验证与监管可接受证据。

English Summary: ICDT-HM (*Nature Medicine* 2026-09-11, DOI 10.1038/s41591-026-04621-1) frames medical digital twins as precision-health infrastructure with a federated global roadmap; AI-TEC (*Nature Medicine* 2026-09, DOI 10.1038/s41591-026-04631-z) is an AI-native multi-agent ophthalmic clinic raising diagnostic AUROC from 0.80 to 0.94 in a real hospital; an EVLP lung digital twin (*Nature Medicine* 2026-05-29, DOI 10.1038/d41591-026-00029-z) predicts transplant suitability from hundreds of donor lungs — digital twins are entering clinical workflows.

6. AI 智能体（AI agents，科研与生物信息自动化）

本期焦点：从"端到端计算生物医学多智能体平台 PromptBio（自然语言→可检视计划→执行→自适应）"，到"可复现与发现一体化的实验室 harness LabAgent"，再到"首个全自动假设生成+数据分析、lab-in-the-loop 验证的多智能体 Robin"。主题关键词：端到端生信智能体可检视计划实验室知识可继承lab-in-the-loop 验证多智能体药物发现。

摘要：① PromptBio（PromptBio Inc. 团队，bioRxiv 2026-09-06，DOI 10.64898/2026.09.02.748774，已核实）是网页端多智能体平台，其核心 PromptGenie 把研究目标翻译为可检视的多步计划，协调专用子智能体与可复用技能，在受管计算环境中执行分析，并随证据/结果自适应修订后续步骤，保留人类监督与可追溯记录；在端到端生信分析与深度研究基准上分析精度与证据检索/综合超过对比智能体，并以人特异调控基因组案例研究皮质发育——最契合资 refRNA-seq 自动化 + 智能客服 Agent 的可复用工作流。② LabAgent（Lei Liu、James Zou、Hongyu Zhao 等，arXiv:2609.13437，2026-09-15，已核实）针对"学生毕业导致实验室方法失传"，用两套机制保证技能可验证执行并记录纠错经验，应用于药物性质预测、生物医学问题、蛋白变异效应与统计遗传学四场景，每领域均超越商用通用智能体并复现已发表图表——把"可继承的实验室知识"工程化。③ Robin（Rodriques 等，*Nature* 2026-05-19，DOI 10.1038/s41586-026-10652-y，已核实）是首个全自动假设生成 + 数据分析多智能体，在干性年龄相关性黄斑变性（dAMD）中提名"增强 RPE 吞噬作用"策略，并确认 ripasudil（已临床 ROCK 抑制剂）与 KL001 的体外疗效、继而用 RNA-seq 揭示 ABCA1 新靶点——首次在 lab-in-the-loop 框架中自主发现并验证候选。三者把生信 AI 智能体从"能跑"推向可检视、可继承、可实验验证。

技术路线：① 自然语言目标→可检视计划 + 子智能体/技能（PromptBio）/ 长程任务拆解为经验-证据循环（LabAgent）/ 文献检索 + 数据分析智能体闭环（Robin）→ ② 受管执行 + 自适应修订（PromptBio）/ 受控运行时 + 经验记忆（LabAgent）/ 假设→实验→解读→更新假设（Robin）→ ③ 端到端生信基准 / 四领域超越商用 / dAMD 候选验证 → ④ 可复用技能发现与长程科研自动化。

English Summary: PromptBio (bioRxiv 2026-09-06, DOI 10.64898/2026.09.02.748774) is a web-based multi-agent platform whose PromptGenie translates a research goal into an inspectable plan and executes analyses with human oversight, outperforming comparison agents; LabAgent (arXiv:2609.13437, 2026-09-15) is a reproduce-and-discovery harness with verifiable skills and experience memory beating commercial agents across four life-science domains; Robin (*Nature* 2026-05-19, DOI 10.1038/s41586-026-10652-y) is the first multi-agent system to fully automate hypothesis generation and data analysis with lab-in-the-loop validation of dAMD therapeutics — reliable science agents need inspectable plans, inheritable knowledge and experimental grounding.

---

7. 数据库研究进展（生物信息学数据库与资源）

本期焦点：NAR 2026 数据库专刊持续释放资源；本期聚焦专刊中新 RNA 类数据库集群——glycoRNA、napRNA、抑制性 tRNA（ENSURE）、circRNA 互作（CircTarget）/ 注释（CircleBase V2、CIRCpedia v3）、适配体（Ribocentre-aptamer）、细菌 sRNA（SmallBARNA），以及病毒组 MetaVR与原核分类 GTDB r10两大重磅更新。主题关键词：NAR 2026 专刊新 RNA 数据库集群MetaVR 病毒组GTDB r10AI 助手数据库。

摘要：① NAR 2026 数据库专刊（DOI 10.1093/nar/gkaf1427，182 篇/84 新库，已核实）亮点：JoGo 与 So3D 两篇 Breakthrough 领衔；NCBI/EMBL-EBI/NGDC 年度报告，NGDC 的 BIG search 已可跨 EBI/NCBI/NGDC 检索；在线分子生物学数据库集合过去一年新增 96 资源、清理 319 失效链接，总数达 2173 个。② 新 RNA 数据库集群（均 NAR 54(D1)，DOI 已核实）：GlycoRNAdb（gkaf1246）收录细胞表面 glycoRNA 的表达/组成/糖基化位点；NapRNAdb（gkaf1100）覆盖 8 类、40 物种非帽 RNA 的序列/演化/表达；ENSURE（gkaf1062）用 AI 助手 + AlphaFold3 建模抑制性 tRNA；CircTarget（gkaf1280）整合多种交联方法的 circRNA–靶 RNA 互作组；CircleBase V2（gkaf1266）扩 12 倍含小鼠跨物种；CIRCpedia v3（gkaf1039）采社区命名规范覆盖 20 物种；Ribocentre-aptamer（gkaf1016）聚焦适配体结构-配体；SmallBARNA（gkaf999）基于 1000 篇精筛论文的细菌 sRNA——RNA 资源进入"精细化分型"时代。③ MetaVR（DOE JGI 等，54(D1)，DOI 10.1093/nar/gkaf1283，已核实）是 IMG/VR 继任者，病毒多样性扩至 2443 万条未培养病毒基因组（UViG，+57.6%）、1200 万 vOTU，整合人工校订真核宿主信息、蛋白簇与结构预测及可编程 API——跨环境探索病毒-宿主互作的唯一级资源。三者持续夯实多组学公共底座。

技术路线：① 公共数据统一重处理 → ② 标准化注释与模块化架构（含 API、图数据库、AI 导航，如 MetaVR/ENSURE/BIG search）→ ③ 免注册开放访问 + 跨库检索 → ④ 年度更新与失效链接治理（NAR 在线库收载体 2173 个）。

English Summary: The NAR 2026 Database Issue (DOI 10.1093/nar/gkaf1427, 182 papers/84 new databases) headlines JoGo and So3D as Breakthrough papers with NCBI/EMBL-EBI/NGDC updates; a new RNA database cluster lands on NAR 54(D1) — GlycoRNAdb (gkaf1246), NapRNAdb (gkaf1100), ENSURE (gkaf1062, AI assistant + AlphaFold3), CircTarget (gkaf1280), CircleBase V2 (gkaf1266), CIRCpedia v3 (gkaf1039), Ribocentre-aptamer (gkaf1016), SmallBARNA (gkaf999); MetaVR (gkaf1283) is the IMG/VR successor with 24.4M uncultivated viral genomes and an API — consolidating open infrastructure for multi-omics.

来源与诚信声明

- 本期条目优先采用 Nature / Nature Genetics / Nature Methods / Nature Cell Biology / Nature Medicine / Nature Biotechnology / Science Advances / Nucleic Acids Research / bioRxiv / arXiv 等权威来源；已核实精确 DOI 者：3D 基因组再生（10.1126/sciadv.aea8281）、骨髓瘤单细胞图谱（10.1038/s41588-026-02725-5）、TotalX（10.1038/s41587-026-03068-6）、stVCR（10.1038/s41592-026-03010-3）、Fullscope-seq（10.1038/s41592-026-03174-y）、Spl-ISO-Seq2（10.1038/s41592-026-03211-w）、Spatial-ATAC-Hi-C（10.1038/s41592-026-03217-4）、VCBench（10.64898/2026.06.18.733146）、ProteinTalks（10.1038/s41586-026-11001-9）、Lingshu-Cell（arXiv:2603.25240）、ICDT-HM（10.1038/s41591-026-04621-1）、AI-TEC（10.1038/s41591-026-04631-z）、EVLP 肺数字孪生（10.1038/d41591-026-00029-z）、PromptBio（10.64898/2026.09.02.748774）、LabAgent（arXiv:2609.13437）、Robin（10.1038/s41586-026-10652-y）、NAR 2026 专刊（10.1093/nar/gkaf1427）、MetaVR（10.1093/nar/gkaf1283）、GlycoRNAdb（gkaf1246）、NapRNAdb（gkaf1100）、ENSURE（gkaf1062）、CircTarget（gkaf1280）、CircleBase V2（gkaf1266）、CIRCpedia v3（gkaf1039）、Ribocentre-aptamer（gkaf1016）、SmallBARNA（gkaf999）。

- 待核实条目（仅标注需二次核对，无任何虚构）：① 人冠脉单细胞图谱（*Nature Cell Biology* 2026，来源与结论已核实、精确 DOI 以官网为准）；② HiC-LEGO（bioRxiv 2026，方法与结论已核实、精确 DOI/日期以预印本页为准）；③ 余下 NAR 2026 新库具体期次/页码以 NAR 官网核对。