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ScoMAP|增强子分析软件

发布时间：2026-10-31 18:10:52 最近访问：2026-10-31 18:10:52

ScoMAP|增强子分析软件

今天是第311篇。

ScoMAP

Single-Cell Omics Mapping into spatial Axes using Pseudotemporal ordering

R包，简言之整合单细胞转录组与表观组空间信息，识别基因组增强子。

基于拟时序将单细胞组学映射至空间坐标轴，用于将单细胞组学数据进行空间整合，构建虚拟细胞。这些虚拟细胞可以排布在复刻真实组织形态的模板中（例如果蝇经典发育组织-眼触角盘），也可以排布在抽象空间内（适用于细胞类型本身无固定空间位置的场景）。当同时将单细胞转录组与表观组数据映射到虚拟细胞上时，ScoMAP 还具备从该虚拟模板推导增强子 - 基因调控关联的功能。

软件地址

https://github.com/aertslab/ScoMAP

参考文献

Bravo González-Blas, Carmen, et al. "Identification of genomic enhancers through spatial integration of single-cell transcriptomics and epigenomics." Molecular Systems Biology (2020).

使用范围

开发于果蝇(眼触角盘)，但方法本身不依赖物种——只要能提供该物种的基因注释(TxDb + org.db),理论上任何物种都可用，包括人、小鼠。

适用场景

细胞状态沿空间梯度连续变化的 2D 组织(如发育中的器官盘、上皮)；若细胞类型没有空间结构，也可以用“抽象空间”模式(无模板、随机映射)，此时效果取决于细胞类型间表达/可及性的差异幅度。

前提条件

同一组织分别做scRNA-seq 和 scATAC-seq(不需要配对同细胞)，且细胞类型注释要能对应到模板的空间域。

安装及使用

安装(R 包,依赖较多)devtools::install_github("aertslab/ScoMAP")BiocManager::install(c("destiny","Seurat","cicero","org.Dm.eg.db","TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene"))devtools::install_github("aertslab/cisTopic")library(ScoMAP)VM <- readTemplate("EAD_VirtualMap.jpg", k=8)VM <- addClusterAnnotation(VM, clusterAnnotation)VM <- selectLandmark(VM, reference_group='Antenna_A3_Arista',type='centroid', landmark_name='Antenna')VM_RNA <- mapCells(VM, RM_RNA, nr_bin=10)VM_ATAC <- mapCells(VM, RM_ATAC, nr_bin=10)VM_DGEM <- getVirtualFeatureMatrix(VM_RNA, DGEM)VM_PRTM <- getVirtualFeatureMatrix(VM_ATAC, PRTM)searchSpace <- getSearchSpace(txdb, org.db, genes=c('sens','dac'))RF_links <- enhancerToGene(VM_DGEM, VM_PRTM, searchSpace, method='RF')Cor_links <- enhancerToGene(VM_DGEM, VM_PRTM, searchSpace, method='Correlation')pruned <- pruneLinks(RF_links=RF_links, Cor_links=Cor_links)plotLinks(RF_links, Cor_links, ...) #或exportBB() 导出 UCSC 可视化文件