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生信不是你的科研信仰,它只是顺水推舟的工具

生信不是你的科研信仰,它只是顺水推舟的工具

王书叔已持续日更109天!

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前段时间有个保研的学生问我:老师,生信分析软件这些您有什么建议吗?我之前没接触过。

我没有直接回答,先反问了一句:这个是你的老板、你的老师给你的要求吗?

她说是。

那我大概知道他要做什么了。但在推荐任何软件之前,我想先说清楚一个底层逻辑。

做基础研究的人,其实不太喜欢生信

先解释一下,生信就是生物信息学,简单说就是用计算机手段去分析生物数据。现在这个东西特别火,公众号在推,课程在卖,搞得很多学生觉得不会生信就做不了科研。

说实话,我们做基础研究的,不是很喜欢生信这个东西。为什么?因为它做的永远都是预测,都是模型。它没有一个实质性的东西。

我知道这话在现在这个环境下听起来像是逆流。但你仔细想——做基础研究的核心是什么?是验证。你提出一个想法,你到实验室里亲手去验证它,你得到的结果是真实的、可重复的、别人也能做出来的。这才是基础研究的根基。

生信做的是什么?是拿着已有的数据在电脑上跑分析、做推测。推测完了,你还是得回到实验台上去验证。它帮你缩小了范围,但它替代不了实验本身。

如果你把生信当成科研的核心,那你搞反了。

你再反过来想一下

我在论文辅导课上问过学生一个问题:你做实验研究,手里有最直接的样本,为什么不直接拿去分析,非要绕一圈用电脑去预测?

这就好比你手里有病人的检查报告,你不看报告,偏要用一个软件去”猜”病人可能是什么情况。猜完了你还是得回来看报告验证。那你一开始为什么不直接看报告?

当然,生信不是没用。但它的角色是辅助,不是主角。你花大量时间去学生信,不如花同样的时间把你的实验技术磨精。

我的建议很明确:生信只是一个手段,不要把它当成你科研生涯的核心理念。

什么是核心理念?是你对科学问题的思考能力,是你设计实验去验证想法的能力,是你在实验失败后能找到原因并调整的能力。

生信只是顺水推舟的事情。水都没有,你推什么舟?

那生信到底怎么用才对

我不是说生信完全不重要,而是它的优先级没有你想的那么高。

在我的研究领域里,生信的实际定位是什么?就是你先把实验做好,拿到样本之后送去做数据分析。而且这些分析工作,很多时候是交给专业的技术公司去完成的。

所以你真正需要掌握的不是整套分析技术,而是两件事:第一,知道什么时候该用它,该用哪种分析方式。第二,能看懂分析结果,知道结果在告诉你什么。

你不需要成为生信专家,你需要成为一个会用工具的科研人。前者意味着花大量时间学编程学算法,后者只需要理解原理、会看结果就够了。

导师要求了,怎么办

回到那个学生的问题。她的导师要求她学生信,那她该怎么办?

我的判断是:导师要求你学,不代表要你成为专家。他可能只是需要你在某个环节具备基本操作能力——能跑一个简单的分析,能看懂一张结果图,能理解分析报告在说什么。这种程度的能力,几周就可以入门。

你不需要因此改变科研重心。真正值得你花时间的是:理解你的实验体系,练好你的实验技术,建立你对科学问题的思考方式。

生信可以辅助你的研究,但不能定义你的研究。

你在实验台前花的每一个小时,比你在电脑前学生信花的每一个小时,对你的科研生涯更重要。至少在你做基础研究的阶段,是这样的。

-End-

学弟学妹,大家好,我是王书叔,保过研,申过博,科研路上曾经淋过雨,现在想为他人撑把伞,专注一对一科研论文辅导,包括毕业大论文期刊小论文,今年是第8个年头。

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