Desmond—高性能分子动力学(MD)引擎,具有高可扩展性、高通量和高科学准确性。

利用快速准确的分子动力学,理解和预测材料的关键性质
Desmond 是一款基于 GPU 加速的高性能分子动力学(MD)引擎,用于预测材料的体相性质,如热物理性质、弹性常数、应力/应变关系、扩散系数、粘度、持久长度、溶剂化自由能等。Desmond 还能表征涉及非平衡系统以及界面或自组装结构等复杂体系的结构与性能。
全面的分子动力学功能
1、卓越的性能:在配备常规或高速网络的通用 Linux 集群上实现卓越的吞吐量。与单 CPU 相比,在通用 GPU(GPGPU)上将计算速度提升 100 倍。
2、卓越的精度:在构建时专注于数值精度、稳定性和严谨性。能够在皮秒至微秒的时间尺度上模拟纳米至微米尺度的大尺度特征。
3、可靠的能量计算:为原子级和粗粒化力场模型的能量及作用力计算提供了稳健的框架。兼容生物分子与凝聚态研究中常用的各类化学体系。
4、真实模拟:使用立方体、正交晶系、截角八面体、菱形十二面体以及任意三斜晶系等周期性边界条件模拟盒,进行显式溶剂模拟,同时注重长程静电相互作用的高效与精确计算。该功能还可用于模拟各种条件下的显式膜系统、复杂混合物、聚合物及界面体系。
5、易于使用的界面:支持自动化模拟设置,包括内置模拟协议的多阶段MD模拟、多温度下状态方程(EOS)的预测,以及非平衡动力学和增强采样等高级技术。直观的界面提供智能默认参数,并支持快速设置计算实验。
6、强大的分析工具:可在同一 MS Maestro 建模环境中可视化和检视计算结果,该环境连接了从量子力学到机器学习的全面建模工具套件。


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