DIA-NN 引擎源码考古 · 1.7.12 · 第三回

一条候选肽段进了 DIA-NN，第一步不是打分，而是找它可能露面的扫描。

每张 MS2 扫描只覆盖一段 m/z。候选的 m/z 落进窗口，这张扫描才进清单；落在范围外，后面提曲线、找峰全是空转。半径 S 定的是往两边看几张扫描，W=2S+1 才是一窗盖住的总数。

曲线取完，认峰只看一件事：几条碎片是不是一起涨落。中心扫描至少得有一条信号，前后邻扫描凑够两条冒过门槛，才算有资格当候选。相关和得过 0.5，峰顶也得是附近最高点。

最后把证据折成分数。引擎给每个峰填了 110 维特征，再跟权重做点积。这 110 格里，85 格都在看峰里的证据——共洗脱、参考谱相似度、质量偏差和出峰时间；剩下 25 格是氨基酸组成这类先验信息，不看峰。

峰只挖一遍，后面多轮校准只是换套权重重新算分。至于权重怎么学、q 值怎么算，下回接着拆。