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单菌基因组圈图工具-3 | Proksee解析gbk文件

单菌基因组圈图工具-3 | Proksee解析gbk文件

直接上传Prokka注释后的gbk文件
例如”三代测序组装+NGS校正”后的注释文件
易生信单菌基因组课程,教学服务器
https://proksee.ca/
若是二代测序组装后的结果,需简单处理LOCUS与Contig序列名称,避免Proksee解析时报错
Proksee解析 (用其自身的Prokka分析结果)时的报错
id=MtMa1cd ${result}/annotation/gene_prediction_Prokka/${id}_annotation/head -n 1 ${id}.gbk# LOCUS NODE_3_length_156741_cov_14.628051156741 bp DNA linearsed 's/_cov_/ bp cov_/g' ${id}.gbk > ${id}.Proksee.gbk
易生信单菌基因组课程,教学服务器
也可:直接上传组装好的fasta文件,在Proksee上进行基因注释
基因检索
若某基因未显示 (因展示空间有限),可尝试检索
局部放大
添加GC含量分布
图谱选项卡
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2026-3-27 | 单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源
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