连上服务器之后,第一个软件怎么装?给生信新手的 conda 教程

大家好，我是生信分析suun。

上一期我们聊了怎么连服务器。后台有一条留言是这样的：

“我连上服务器了，然后呢？师兄让我装个 conda，conda 是什么？”

这是一个分水岭式的时刻。连上服务器，只是你到了机房门口。装 conda，是你推开那扇门。

这篇文章，就是帮你推门的。不讲原理，不讲虚拟环境，不讲通道，只讲一件事：装好 conda，让服务器准备好跑生信分析。

一、conda 是什么？一个厨房的比喻

你新租了一个厨房。厨房是空的，什么都没有。

你想做饭。你需要锅、铲子、刀。你需要油盐酱醋。

在服务器上，conda 就是那个帮你一次买齐所有东西的管家。你跟它说一句“我要做转录组分析”，它就去仓库里帮你把 FastQC、STAR、featureCounts 全搬来，而且帮你摆好位置，互不打架。

在没有 conda 的年代，在服务器上装一个生信软件可能需要半小时到半天，中途会报错十几次，每次都告诉你缺一个叫“某某某”的依赖包。

conda 把这一切自动化了。一句话，装一个软件，连带它需要的所有依赖。

你现在只需要知道：conda 是服务器上的软件管家。你要装任何生信软件，第一个先把 conda 装好。

二、miniconda 和 anaconda，装哪个？

在 conda 的官网，你会看到两个下载选项：Anaconda 和 Miniconda。

Anaconda 是精装房，带全套家具。装完之后有几百个你永远用不到的 Python 包。

Miniconda 是毛坯房，只有最基础的结构。你之后需要什么，自己加。

装 Miniconda。 精装修的那几百个包，对于生信分析来说全是占用空间的装饰品。

三、安装步骤（复制粘贴就行）

第一步：下载 Miniconda

在你的服务器终端里（就是上次你连上去的那个黑色窗口），输入下面这行命令，然后按回车：

bash

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这行命令的意思是从 conda 官网下载最新版的安装包。

如果报错了，显示 wget: command not found，说明你的服务器没有 wget 这个工具。改用 curl：

bash

curl-O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

第二步：安装

下载完成后，同一个终端里输入：

bash

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按回车之后，安装程序会开始跑。你会看到一堆英文。

关键点来了：安装过程中会有几个需要你回应的步骤：

1. 会提示你按 Enter 继续，直接按回车。

2. 会出现一长串 License 协议，按住空格键一直往下翻，翻到底。

3. 会出现一句问话：Do you accept the license terms? [yes|no]，输入 yes 然后回车。

4. 会问你把 miniconda 装在哪里，直接按回车用默认路径，不要自己改。

5. 最后会问：Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init?，输入 yes 然后回车。

第三步：让安装生效

关掉当前终端窗口，重新打开一个新的 SSH 连接。

在新的终端里输入：

bash

conda --version

如果屏幕上跳出来一串版本号（比如 conda 24.x.x），恭喜你，装好了。

四、装完之后，第一个要做什么？

设置 conda 的下载通道。这决定了你以后装软件的时候，conda 去哪里找。

生信分析最重要的通道是 bioconda，它是全球生物信息学社区维护的软件仓库。把通道配置好：

bash

conda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forgeconda config --set channel_priority strict

这三行命令的意思是：以后我装软件，先去 bioconda 找，找不到再去 conda-forge 找，按这个顺序严格执行。

设置完之后，你才真正拥有了一个“为生信分析准备就绪”的 conda。

五、验证一下：试着装第一个生信软件

我们来装 FastQC——一个用来检查测序数据质量的工具。它是转录组分析的第一步。

bash

conda install-y fastqc

等它跑完。然后输入：

bash

fastqc --version

如果跳出来版本号，你的服务器现在已经可以跑生信分析了。

总结：你已经站在了起跑线上

从第一篇“导师让你做转录组分析，第一步该做什么”，到第二篇“电脑配置”，到第三篇“怎么连服务器”，到今天装好 conda——你已经走完了生信分析最容易被放弃的“环境搭建”阶段。

下一步是什么？是拿一个真实的测序数据，从头跑到尾。那部分的内容，我会在后续的文章里继续更新。

这是【生信入门指南】的第四篇。

前三篇如果你还没看，可以进我的公众号主页翻一下。从接到任务到装好 conda，这四篇连起来是一份完整的生信入门地图。

入门路上卡在哪里了，后台留言。你的一句话，可能就是下一篇的题目。

下一期预告：conda 装好了，怎么用它建一个独立的分析环境，避免软件冲突？