源码MONAIAuto3DSeg构建PyQt 图形界面-夜雨聆风

源码MONAIAuto3DSeg构建PyQt 图形界面

MONAIAuto3DSeg PyQt 图形界面使用说明

本项目为 monaiauto3dseg_cli 的 PyQt 桌面界面版本，适合在 Windows 下完成 MONAIAuto3DSeg 模型分割、批量体积统计和结果预览。

当前界面已经集成以下能力：

·多模型切换

·分割完成后自动批量体积统计

·单图预览

·多图切片预览

·预览自动播放

·结果表格展示

·CSV 结果导出

适用数据以 CT 为主，同时也支持部分 MR 任务，例如前列腺和 BRATS 脑肿瘤多序列任务。

1. 项目用途

这个项目主要用于：

·在 GUI 中直接选择 MONAIAuto3DSeg 模型

·批量处理 imagesTr 中的医学影像

·将分割结果输出到独立标签目录

·自动计算每个标签的体积和强度统计

·生成叠加预览图，便于快速检查结果

如果你的目标是写教程、做演示或给非命令行用户使用，这个 GUI 比直接运行推理脚本更合适。

2. 安装前准备

开始之前建议先确认：

·已安装 Anaconda 或 Miniconda

·可以正常使用 conda

·电脑可以联网

·输入影像建议优先使用 .nii.gz

本项目默认提供的是 CPU 在线安装脚本。如果你只是想先把流程跑通，这个方案最直接。

3. 环境安装

进入项目目录：

cd /d E:\手把手教你做影像科研系列\monaiauto3dseg_cli

运行安装脚本：

.\online_install_cpu.bat

这个脚本会自动完成以下操作：

·删除旧的 monaiauto3dseg 环境

·新建 Python 3.9.6 环境

·安装 PyTorch 2.5.1 CPU

·安装 MONAI 1.5.1

·安装 nibabel、SimpleITK、PyQt5 等依赖

安装完成后，激活环境：

conda activate monaiauto3dseg

如果想确认环境已经装好，可以继续执行：

.\run_gui.bat

只要界面能够正常弹出，通常就说明 PyQt5、MONAI 和当前项目依赖已经安装完成。

安装完成后启动界面示意

安装后界面示意1

安装后界面示意2

4. 启动图形界面

推荐直接运行：

.\run_gui.bat

这个启动脚本会：

·切换到项目根目录

·激活 monaiauto3dseg 环境

·启动 code\monaiauto3dseg_gui.py

如果 GUI 能正常打开，说明基本环境已经可用。

界面打开后，最上方会先看到：

·输入目录

·输出目录

·分割模型

·文件格式

·设备选择

·运行选项

5. GUI 主要功能

当前界面核心区域包括：

·输入目录

·输出目录

·分割模型

·文件格式

·设备选择

·运行选项

·病例列表

·预览区域

·结果表格

·日志区域

支持的运行选项包括：

·详细日志

·完成后预览

·完成后刷新列表

·按模型独立目录

其中按模型独立目录默认开启。开启后，不同模型的分割结果会分别保存到不同目录，避免相互覆盖。

6. 推荐使用流程

推荐按下面顺序操作：

1. 将待处理影像放入 imagesTr 2. 运行 .\run_gui.bat 3. 在界面中选择模型、文件格式和设备 4. 点击运行分割及体积计算 5. 等待程序自动完成分割 6. 查看自动生成的体积统计结果 7. 在右侧查看单图预览或多图预览

如果勾选了完成后预览，分割结束后会自动生成当前病例预览图。

PyQt 界面内怎么使用

建议第一次使用时按这个顺序操作：

1. 在输入目录中选择待处理影像所在目录，默认是 imagesTr 2. 在输出目录中选择结果保存位置，默认是项目根目录 3. 在分割模型中选择当前任务模型 4. 在文件格式中选择你的输入文件后缀，例如 .nii.gz 5. 在设备中选择 gpu 或 cpu 6. 保持按模型独立目录勾选，避免不同模型结果互相覆盖 7. 点击运行分割及体积计算 8. 分割完成后，在左侧病例列表中切换病例 9. 在右侧使用生成预览、多图预览、自动播放查看结果 10. 在下方结果表中查看体积和强度统计

结果预览界面示意

界面使用示意1

界面使用示意2

界面使用示意3

上图中建议重点关注这几个区域：

·左上：输入输出目录与模型选择

·中左：病例列表

·右侧：预览图、切片切换、自动播放

·下方：体积统计结果表

·底部日志区：查看运行状态和报错信息

7. 输入与输出目录

默认输入目录

imagesTr

默认输出目录

labelsTr_

例如：

labelsTr_whole-body-v2.0.1 labelsTr_lungs-v2.0.1 labelsTr_abdominal-organs-3mm-v2.0.0

如果取消勾选按模型独立目录，则统一输出到：

labelsTr

统计结果目录

体积统计和预览图会输出到：

results

其中主要包括：

·results/_measurements.csv

·results/monaiauto3dseg_preview//

8. 结果内容说明

分割完成后，程序会自动遍历当前任务输出目录中的所有病例，并逐个标签计算：

·体素数

·体积 mm3

·体积 cm3

·平均强度

·强度标准差

·最小强度

·最大强度

·强度中位数

统计结果会：

·显示在 GUI 的结果表格中

·写入 CSV 文件

当前 CSV 文件默认保存在：

results/<当前模型名>_measurements.csv

9. 预览功能说明

当前 GUI 内置三类预览能力：

单图预览

点击生成预览后，程序会为当前病例生成叠加预览图。

多图预览

点击多图预览后，程序会生成多个切片图，适合快速浏览一组分割结果。

自动播放

点击自动播放后，会按预设速度循环显示多图预览切片。

可通过：

·上个

·下个

·垂直时间轴

·播放速度调节

来控制浏览过程。

10. 特殊模型的数据组织方式

大部分 CT 模型直接把影像放在 imagesTr 根目录即可。

但是以下任务有额外要求。

前列腺模型 `prostate-v1.0.1`

推荐使用子文件夹配对方式：

imagesTr/ ├─ T2WI/ └─ ADC/

同名文件会自动配对。

BRATS 脑肿瘤模型

推荐使用四个子文件夹：

imagesTr/ ├─ T2WI-F/ ├─ T1WI-C/ ├─ T1WI-N/ └─ T2WI/

同名文件会自动配对。

GUI 在当前版本中会优先从这些子目录中寻找主输入影像。

11. 常用模型

CT 腹部

·abdominal-organs-3mm-v2.0.0

·abdominal-organs-v2.0.0

·abdominal-17-v1.4.0

CT 躯干与脊柱

·body-3mm-v2.0.0

·body-v2.0.0

·vertebrae-3mm-v2.0.1

·vertebrae-v2.0.1

·hips-and-spine-v1.2.0

CT 胸部与心血管

·lungs-3mm-v2.0.0

·lungs-v2.0.1

·mediastinal-anatomy-3mm-v2.0.0

·mediastinal-anatomy-v2.0.2

·ribs-3mm-v2.0.0

·ribs-v2.0.0

·cardiac-3mm-v2.0.0

·cardiac-v2.0.0

·aorta-v1.1.0

CT 头部

·whole-head-1mm-v1.0.1

·whole-head-05mm-v1.0.1

·icrh-v1.0.0

·anatomy_and_icrh-v1.0.1

其他

·muscles-3mm-v2.0.0

·muscles-v2.0.0

·whole-body-3mm-v2.0.0

·whole-body-v2.0.1

·whole-body-v1.0.1

·whole-body-3mm-v1.0.0

·prostate-v1.0.1

·brats-gli-v1.0.0

·brats-men-v1.0.0

·brats-met-v1.0.0

·brats-ped-v1.0.0

·brats-ssa-v1.0.0

12. 常见问题

1. `conda` 无法识别

通常说明当前终端没有加载 conda。

建议：

·使用 Anaconda Prompt

·或先确认 conda 已加入环境变量

2. GUI 无法启动

优先检查：

·是否已经执行 .\online_install_cpu.bat

·是否先执行了 conda activate monaiauto3dseg

·PyQt5 是否安装成功

3. 运行后没有分割结果

建议依次检查：

1. imagesTr 中是否确实有输入文件 2. 选择的文件后缀是否与实际数据一致 3. 模型是否选对 4. 输出目录是否可写 5. 日志区域是否有报错信息

4. 结果表格为空

这通常表示：

·当前任务目录下没有找到分割结果

·原始图像和分割结果没有成功配对

·当前病例没有可统计标签

5. 预览目录没有图片

这通常表示：

·还没有完成分割

·当前病例未选择

·当前任务目录下还没有生成预览图

可以先点击生成预览或多图预览。

13. 关键文件说明

14. 项目目录结构

monaiauto3dseg_cli/ ├─ run_gui.bat ├─ online_install_cpu.bat ├─ README.md ├─ imagesTr/ ├─ labelsTr_/ ├─ results/ └─ code/ ├─ monaiauto3dseg_gui.py ├─ infer.py ├─ monaiauto3dseg_measure.py ├─ monaiauto3dseg_preview.py ├─ monaiauto3dseg_tasks.py └─ inference_scripts/