云平台组学小工具——MLST分析

分析意义：

基于全基因组系统发育分析可以展示不同ST型菌株之间的亲缘关系。结合SNP差异和患者科室信息的传播网络分析，则有助于评估不同ST型克隆的院内扩散能力，识别具有高传播风险的优势克隆。

本文结果：

图2A（系统发育树）显示菌株按ST型聚成不同的分支，ST11、ST15、ST23、ST5799这些主要ST型里都有不同年份的菌株，说明它们在医院里一直存在没有消失。把ST型和K血清型对应起来看，KL64、KL47、KL25基本只在ST11里出现，且ST11内部还发生了从KL47向KL64的转变；另外KL19主要在ST15（90.91%），KL1主要在ST23（90%）中发现。这说明同一ST型的菌株往往具有相似的血清型特征，不同ST型之间则沿着不同的进化路径分化。

图2B-D（最小生成树） 基于SNP差异构建ST11、ST15、ST23三个主要ST型的院内传播网络。以SNP差异<21作为判断克隆传播的标准，发现ST11和ST15中分别有85.71%和91.49%的传播对涉及跨病区传播，而ST23只有46.15%。这说明不同ST型的传播能力是不一样的——ST11和ST15更容易在不同病区之间扩散，这可能也解释了为什么hv-CRKP（主要是ST11）这几年成了主流。

Fig. 2 Phylogenetic trees of CRKP isolates. A Phylogenetic tree of 131 CRKP isolates in this study. Tips are labeled by strain name and colored according to ST. The shape of the tips represents different CRKP lineages: classical CRKP, CR-hvKP, and hv-CRKP. Strain characteristics are mapped on the tree from the inner to the outer circle, including the year of isolation, source of isolation, type of ward, K locus, O locus, carbapenemase gene, ICEKp, and hypervirulence marker. Clades representing STs with more than two strains are highlighted with a background color fill. B-D Minimum Spanning Trees (MSTs) of ST11, ST15, and ST23 lineages from our collection. Each node represents an isolate, with colors corresponding to the ward types and shapes representing the three different CRKP lineages. The SNP differences of each lineage are indicated on the connecting lines, and lines suggesting potential clonal transmission are marked in red.

分析意义：

把ST型和耐药基因、毒力基因的携带情况对应起来，可以看出不同克隆在基因层面有什么特点，帮助理解为什么有的菌株耐药强、有的毒力强。

本文结果：

图3A（基因热图） 按菌株排列，展示了每个菌株分别携带了哪些耐药基因和毒力基因。菌株分成三类——经典CRKP、CR-hvKP、hv-CRKP，这三类和ST型是高度对应的。从热图上能明显看出来，CR-hvKP（主要是ST23）带的毒力基因比另外两类多得多，尤其是在免疫调节基因、沙门菌素基因簇iro、产气菌素基因簇iuc、colibactin基因簇clb、黏液表型调节基因rmpA方面。

Fig. 3 Resistance gene and virulence profiles among different CRKP lineages. A Heatmap of chromosomal mutation, AMR genes and virulence genes in the CRKP lineages. Virulence genes showing a positive rate exceeding 85% across all three CRKP lineages were excluded from this figure.