Figtree 1.4.4软件安装教程(含Java环境配置)

做分子进化分析、构建系统发育树后，FigTree是论文配图最常用的可视化工具，1.4.4为稳定经典版本，适配Windows与Mac系统，本文分步讲解环境配置+软件安装全过程。私信回复：FigTree即可自动获取win版软件。

一、前置依赖：Java运行环境安装

FigTree基于Java开发，未配置环境会出现双击无响应、弹窗报错无法启动的问题。

Windows系统

下载适配JDK8（1.8版本兼容性最佳，高版本易出现兼容bug）；

运行安装包，全程默认下一步安装，记录安装路径（后面会用到，很重要）；

配置系统环境变量：打开高级系统设置，点击环境变量

1）新建JIVA_HOME:你的JDK安装路径

2）新建CLASSPATH:如图所示

3）找到Path，追加以下：%java_Home%\bin;%java_Home%\jre\bin

注意：切换英文输入法输入，不要用中文字符。

校验安装：按下Win+R输入cmd，输入java-version，输出版本号即配置成功。

注意：切换英文输入法输入，java -version中间有空格。

同样安装JDK8；打开终端输入：/usr/libexec/java_home-V

确认Java路径；

在.bash_profile或.zshrc内写入Java环境路径，保存后刷新终端配置。

前往FigTree官方站点（https://github.com/rambaut/figtree/releases）下载1.4.4压缩安装包，区分Windows（.zip）、Mac（.dmg）安装文件；

双击完全没反应：90%为Java版本不匹配，卸载高版本JDK重装JDK8；

弹窗提示“找不到Java”：回头核对环境变量拼写、路径有无多余空格；

打开树文件乱码/标签错位：导入的nwk/newick树文件路径、文件名全程使用英文，不要带中文字符。

支持导入MEGA、IQ-TREE、RAxML输出的 .nwk、.tree标准发育树文件；

打开首选 .contree文件，iqtree、treefile等格式也可以在figtree打开并进行编辑。

内置矩形/圆形/放射形三种树形布局，可一键修改分支、物种标签颜色，添加自举值、遗传距离标尺；

FigTree1.4.4稳定性强、操作轻量化，是植物、微生物、动物进化方向论文的标配绘图工具。配置好Java环境后基本无使用门槛，后续可结合MEGA、IQ-TREE完成从建树到出图全流程分析。