如何进行蛋白多序列比对(二):常用软件

前面的文章已经介绍常用的多序列比对工具，并针对在线版进行了演示 [如何进行蛋白多序列比对（一）：常用网站]。除此之外，为了便于作图和展示，部分软件也可以使用这些工具进行序列比对，本文将介绍几个多序列比对软件，后续我们将介绍如何对结果进行作图。

🌟 Jalview

在下方方框中粘贴需要比对的序列：

选择“New Window”，进入新的界面：

2. 多序列比对：有多种模式可以选择，这里选择“Web Service-Alignment-Clustal-with defaults”

比对结束后可以看到结果：

3. 着色：选择“Colour-Clustal”

最后可以得到如下结果，从下图可以直观看出氨基酸的保守性情况。

🌟 MEGA

选择“Protein”进行比对

直接粘贴序列

同时删除“Sequence 1”

2. 序列比对：全部选中想要比对的序列，点击“Alignment-Align by ClustalW”

选择OK，

此时即可以看到比对的结果：

后续我们将介绍如何将比对结果进行作图。

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