Olex2的叠合工具的使用
以Olex2中自带的ZP2文件为例进行叠合,此时不对称单元内的两个分子较分散,使用Tools->Overlays->Match All Fragments进行自动叠合。
如果对自动叠合的结果不满意,有两种方法可进行手动叠合。
方法一:Tools->Overlays-> Mode Match进入Mode状态进行手动叠合。
进入Mode状态后选择第一个分子中的一个原子(如C11),再选择第二个分子中的一个原子(如C21),依次选择两个分子即可将两个分子进行叠合,如下图所示。
若对叠合程度不满意,重复上一步骤继续按顺序在两个分子中选择两个原子进行进一步叠合,如下图所示。
方法二: Tools->Overlays->Match Selected Atoms自动叠合,也可选择需要叠合的第一个分子里的3个原子,再按相同顺序选择第二个分子里的3个原子后点击Match Selected Atoms叠合。需注意,选择与不选择原子,叠合的部分会存在差异。
三:如果需要叠合多个分子可以先使用Tools->Overlays->verlay Structure打开新的结构,再按照一二中的步骤进行叠合。
四:如果要取消叠合选择Tools->Overlays->Unmatch即可。关闭打开的结构可以选择Tools->Overlays->Remove Overlay.
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