AI时代,科研还容易踩哪些坑

最近，科研辅助AI用得越来越多。我的真实感受就是AI在指出细节问题上真的是一把好刀，但是在文章思路和研究逻辑上仍然需要人力操刀，或者需要更深化、细入的提示词。

下面这些，都是我自己在做文章、返修、复现分析、整理实验数据时踩过的坑，希望大家避雷~

1.公共数据库分析

2.湿实验数据整理

3.论文写作格式

一、公共数据库分析

1. 多个GEO数据集合并

- 先确认平台是否一致：GPL平台、芯片类型、RNA-seq与芯片数据不能直接混在一起分析。

- 联合数据集分析时必须考虑批次效应，常用方法包括ComBat、sva、limma等。不做批次效应容易被审稿人质疑

- 适合做差异表达的数据集，不一定适合做生存分析。差异分析通常只要求有正常样本和肿瘤样本，而生存分析还需要完整的随访时间、结局状态、分期等临床信息。

- 如果一个数据集既拿来做差异分析，又拿来做生存分析，生存分析时一定要只保留肿瘤患者样本（非常重要），正常组织不能混进去。

- TCGA中某些癌种肿瘤样本和正常样本数量差异较大，可以考虑结合GTEx增加正常组织。

2. 生存分析：

常见方法：

- 中位数分组：High 50% vs Low 50%。

- Q1分组：最低25% vs 其余75%。

- Q3分组：最高25% vs 其余75%。

- 极端四分位数：最低25% vs 最高25%，中间50%剔除。（这种方法丢失样本量会比较多）

- 最佳cutoff：通过统计程序寻找最优截点，但容易产生过拟合，必须谨慎，最好做外部验证。

比如这张图要注意什么：

1.横纵坐标首字母大写，Overall Survival的O和S均大写；

2.要在图里标注具体P值

怎么选：

- 样本量不大：优先考虑中位数或连续变量Cox，避免再损失样本。

- 想比较极端高表达和极端低表达：可以考虑极端四分位数，但必须明确说明中间50%样本没有进入分析。

- 探索性分析使用最佳cutoff：正文必须说明方法，并尽量独立队列验证。

- 不要先试median，再试Q1、Q3、最佳cutoff，最后只报告显著的那个。容易被审稿人质疑

3. 免疫浸润分析常见坑

- ssGSEA、CIBERSORT、xCell、TIMER等是计算推断，不是直接测到的细胞数。

- 不能因为与免疫细胞相关，就直接推断“免疫治疗敏感/不敏感”。

- 一次分析几十种免疫细胞时，要做多重检验校正，常用BH-FDR。

- 不能只挑原始P<0.05的结果写，忽略FDR。

- 要特别注意MSI/MMR、分期、肿瘤纯度等混杂因素。

- 肿瘤纯度高低会影响bulk转录组推断结果，解释时要保守。

二、湿实验数据整理

1. ΔCt

- ΔCt = Ct(target) − Ct(reference)。

- ΔCt越小，目标基因相对表达越高。

- ΔCt越大，目标基因相对表达越低。

- 常规相对定量qPCR：优先用ΔCt做统计！。

- 2^-ΔΔCt主要用于图形展示！和fold change解释。

- 多组比较必须考虑多重比较校正。

2. 指标名称要区分，这类问题可以交给ai检查，自己平时注意积累

以IL-10为例：

如果做的是qPCR：

- 检测的是IL10基因的mRNA水平，可以写IL10 mRNA。

如果做的是ELISA、Western blot、IF、IHC等蛋白检测：

- 检测的是IL-10蛋白，写IL-10。

以TGF-β1为例：

核酸层面：TGFB1 mRNA。

蛋白层面：TGF-β1。

三、论文写作格式

1.基因检测的是蛋白还是核酸要写清

2. IL-10、TGF-β等写法

- qPCR检测：IL10、TGFB1。

- ELISA/WB/IF检测：IL-10、TGF-β1。

- 不要实验方法是qPCR，作图画IL-10。

3. 菌名大小写和斜体

以Fusobacterium nucleatum为例：

正确规则：

- 属名首字母大写：Fusobacterium

- 种名全部小写：nucleatum

- 种名要斜体。

- 第一次出现写全称：Fusobacterium nucleatum

- 后文可缩写属名：F. nucleatum

- 缩写后仍然斜体。

- “P.”中的P大写，是因为它代表属名。

- 种名goldsteinii始终小写。

4. 缩写：中英文写法和全角半角

中文正文中首次出现：中文全称（英文全称，英文缩写）

例如：荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization，FISH）

注意：

- 中文正文外层括号使用中文全角括号（）。

- 括号中的中文逗号“，”也用中文全角标点。

- 英文缩写FISH本身使用英文半角字母。

5. 英文大小写

- Figure/Fig.统一。

- Supplementary Figure/Figure S1统一。

- Western blot不要一会儿WB一会儿Western Blot。

四. AI生成图形摘要通用提示词

① 图的用途“生成一张用于《期刊》论文投稿的graphical abstract。② 版式“横版构图，16:9或适合期刊横向图形摘要的比例；整体从左到右展示研究逻辑。”③ 主线结构“严格按照以下顺序布局：[研究对象/疾病背景]→ [核心变量]→ [关键机制]→ [靶细胞/靶器官]→ [下游分子变化]→ [最终疾病表型]。”④ 视觉风格“整体简洁、低饱和、专业、医学插画风格，富有设计感；白色或浅色背景；避免卡通感、3D夸张光效和过度装饰。”⑤ 元素规范“器官、细胞、分子、细菌等使用标准化科研图标；器官位置符合真实解剖关系；肿瘤灶、转移灶等应符合医学形态，不要画成完全对称或装饰性图案。”⑥ 机制约束“所有箭头只表示我明确提供的实验关系；不得自动增加新的受体、通路、因果关系或治疗结论；不确定的关系不得擅自补充。”⑦ 基因/蛋白命名“严格区分基因、mRNA和蛋白名称；基因和蛋白采用规范命名；细菌学名按标准大小写及斜体逻辑设计。”⑧ 文本要求“尽量减少文字，仅保留关键节点；所有英文拼写必须准确；不得生成乱码、伪单词或重复标签。”⑨ 图中统计信息“不要自动添加P值、星号、样本量、百分比或未提供的实验数据。”⑩ 后期可编辑性“构图尽量模块化，元素之间留出空白，方便后续在BioRender、Illustrator或PowerPoint中重绘和修改。”

AI做的图有哪些特点：1.颜色有点过饱和；2.肿瘤组织画的很抽象，经常画在肠子外面，且仅用圆圈表示；3.喜欢分板块；4.文字多。

注意！大家在网上找人代画的时候一定要擦亮眼睛，找准好的机构。糟糕的画师，幼稚的机构会让自己体验感非常差！