可视化工具PyMol下载、安装及其使用

友友留言五花八门，我整合了一下内容，希望学习后大家有所有获。（唉，忙死啦）

点击“Student/Teacher”，补充信息，下载并安装学术邮箱。

（5）项目面板：展示蛋白或小分子名称等，其中A、S、H、L和C分别用来编辑蛋白和小分子。

A-Action：执行各种操作，包括各种分析；

S-Show：将特定的图形效果用于残基/分子，比如说显示卡通图，蛋白即呈现卡通图；

H-Hide：与S相同，但隐藏了该图形效果，比如说隐藏卡通图，蛋白即隐藏卡通图；

L-Label：添加标签，比如氨基酸残基，链等；

C-Color：改变特定对象的配色方案，喜欢哪个颜色就选择哪个颜色。

右下角S：Sequence氨基酸序列开关按键；

右下角F：Full全屏切换按键。

（1）一种是控制面板操作：File>Open>选择分子的pdb文件

（2）另一种是命令行操作：在命令行中输入load D:\\Protein.pdb。

load：加载文件；该文件保存位置在D盘（如果是在D盘的一个文件夹中，则需要写文件夹的名称）；该文件的名字为“Protein.pdb”。

4.图像保存方法

（1）保存当前图像PNG格式。点击快捷键Ray或命令行输入ray，Enter。File>Export Image As>PNG。

（2）保存当前状态。File>Save Session As>pse。

File>Export Molecule>pdb。

三、认识蛋白分子的不同展示模型

点击菜单栏Wizard>Demo>Representations

• 设置以配体为中心旋转（ligand）：A>center

• 显示氢键。（ligand）：A>find>polar contacts>to other atomo in object

• 显示受体氨基酸残基棒状结构（protein):S>sticks

• 标记与受体连接的氨基酸残基位置

• （sele):A>Rename selecting>AA

• 隐藏受体的棒状结构。(protein):H>sticks

• 只显示连接氨基酸的棒状结构。(AA):S>sticks

• 调整结合氨基酸残基和受体的颜色。(AA):C>某颜色

• 受体的棒状结构着色。(protein):C>by rep>sticks>某颜色

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