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我用AI助手Biomni Lab完成了RNA-seq分析

我用AI助手Biomni Lab完成了RNA-seq分析
生信小白,使用AI助手完成了一次转录组差异分析。
文末附报告文件,供大家对比体会。
最近拿到了RNA-seq的raw数据,目的是看实验组和对照组的转录组差异,算是个简单的需求。
本来还在B站看了一段视频学习RNA-seq的视频,学习技能,终究还是AI更省时、便捷。
Biomni Lab上线,已经3月初的事儿了,开了个号,创始人Kexin还邮件联系了反馈。
Biomni Lab是Phylo Bio的一款AI产品,创始人和站台大佬,都认识哈。
真正做task,转眼就快3个月之后了。
交互界面中英可选。
该助手已经嵌入了57个数据库(我目前常用主要是genomics和structure类别),79个工具(我目前主要用Structure Prediction和genomics分析的几种),107个软件包(我感觉这个是根据自己给助手设置的workflow设置自动调取执行的),对于分析过程用了什么,基本可以从trace记录回溯到。
给指令时,可以上传需要分析的seq数据包、选定skills。
其中调用的skills:
Run differential expression analysis between treatment and control groups in my bulk RNA-seq dataset. Identify significantly upregulated and downregulated genes. 
可以从交互页面看到整体workflow的执行进程、调用等。
本次试用,上传了2个样品的RNA-seq数据包,因为是双端测序,共有4个fastq.gz文件。
任务报告包含分析、火山图、GO图等,同时也有csv文件,可满足后续自由作图需求。基本和绝大部分测序公司提供的生信服务相当。
叠加中间部分指令选项,总耗时近2小时,不太好比长或是短,因为以前的确没跑过。
从Biomni的分析看,硬件和软件都会影响。
耗时分析:
感觉可能是自己电脑的硬件空间中间影响了部分代码和任务的执行,AI只能自动找备选方案。
对硬件的需求:
HPC
目前free版,简单任务应该是满足的,但每天有使用限制,这目前也是AI助手普遍的设置,培养你尽快充钱升级plus会员。
100美刀一个月,对生物学研究人高了,因为工资低啊!!!
AI人不懂生物人的money痛!
20260515-Biomni Lab-RNA seq.pdf

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