一款深受研究者好评的在线支持向量机分析神器
支持向量机
递归特征消除(RFE) 是一种包装式特征选择方法,通过递归地移除不重要的特征来寻找最优特征子集。结合SVM时,可以根据特征权重(线性SVM)或排列重要性排序特征移除最不重要的特征,最终找到性能最好的特征子集。
分析目的
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疾病生物标志物发现:通过分析高通量基因表达数据(如 RNA-seq、微阵列),区分癌症亚型或预测疾病状态,筛选关键基因作为诊断标志物;
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药物反应预测:基于患者基因组或转录组数据预测药物敏感性(如癌症药物筛选);
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药物靶点识别:准确预测化合物与靶点相互作用,加速新药研发进程。
掌上生信绘图平台
掌上生信绘图平台(handybioplot.cn)提供了在线 SVM-RFE 分析工具,无需编写代码,只需上传输入文件,并填写分析参数,即可一键提交分析,并自动绘制对应的结果图片。
除此之外,还提供了绘图参数用于修改图片样式,并且可以下载 pdf 无损图片。

使用说明
每个工具都提供了详细的使用说明文档,包括工具说明、参数说明、结果说明以及软件说明。

分析参数
根据使用说明上传输入文件并填写分析参数即可点击提交任务按钮进行分析。

准确率曲线图
分析完成自动绘制准确率曲线图。

特征重要性排序图
分析完成自动绘制特征重要性排序图。

ROC 曲线图
分析完成自动绘制 ROC 曲线图。

绘图参数
如果对图片的默认样式不满意,可以通过绘图参数进行调整。

图片缩放
图片右上角有缩放按钮,可以放大或缩小图片。
网页 png 图片经过压缩,有时候图片看上去比较模糊,可以通过该功能放大图片。
实际下载的 pdf 图片为无损格式,放大不会失真。

图片下载
图片右上角有下载按钮,可以下载图片。
宽度和高度用于指定下载图片的宽高比例。
修改图片属性,请先点击应用按钮更新图片效果,再点击确定进行下载。

任务列表
任务列表记录了已提交的所有任务信息。每个任务的分析参数和绘图参数互不影响。
点击任务 ID 切换任务将会显示对应任务的参数状态。

掌上生信绘图平台
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官方链接:https://handybioplot.cn;
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更多工具正在持续开发中,关注公众号以便获取最新信息;
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后续计划推出生信分析环境搭建教程与具体的分析和画图代码,敬请期待 ~
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