夜雨聆风NUPACK是由加州理工学院开发的核酸结构分析与设计软件库。它被广泛认为是分子编程、核酸纳米技术和合成生物学领域的标准工具箱。但是网页有时候加载困难，并且现在也开始收费，因此在自己本地跑是最好的。这里介绍NUPACK本地的安装教程，从最开始的环境安装到代码。这里只介绍Windows11专业版（家庭版可能没有某些功能）下的安装。注意，由于网络原因，你可能需要会一点魔法，否则可能下载会非常慢。
1. 安装Linux子系统
Windows下搜索windows features（要搜英文，中文出不来），打开“启用或关闭windows功能”。
勾选适用于Linux的Windows子系统以及Hyper-V，点击确定。
安装完成后需要重启。
搜索并打开Windows商店
搜索Ubuntu，并下载（其他版本也可以，但是最好下这个，他会自动下载最新版本）。
下载完成后打开
如果提示需要更新，按下任意键更新下。
等待更新。
完成后按下任意键退出
重启Ubuntu，会开始安装，直到开始创建用户名，创建一个用户名（建议使用以小写字母开头的用户名，尽量只用小写字母、数字、下划线或短横线，避免空格、中文和特殊符号。且长度限制在32个字符以内，如果不按照规则会提示不通过）。
输入密码。（这里输入是不会显示的）
当看到如下绿色的用户名@机器名的时候，表示Linux安装成功。
2. 安装nupack
可以后台回复“NUPACK”获取安装包。或者自己手动下载，进入NUPACK的官网，点击Download，点击Go to standard license。
登录，确认信息，勾选协议，点击Submit
下载最新的nupack的安装包，放入一个文件夹。
在Ubuntu的命令行中依次复制以下命令，每次完成后就回车。
mkdir nupack-latest
这是创建一个nupack-latest的文件夹
cd nupack-latest
这是进入这个文件夹，回车后可以看到开头的路径变了
找到自己的nupack.zip文件。右键，复制文件地址。
比如我这里复制的地址是"D:\Downloads\nupack-4.0.2.0.zip"，那么下面的命令就是
cp /mnt/d/Downloads/nupack-4.0.2.0.zip ./
cp表示复制，后面空格，接上路径，其中mnt后面就是盘符，需要小写，然后所有的斜杠\要改成/。（这里很关键，请反复确认！）然后再一个空格，./的意思就是复制到当前路径
可以输入ls，查看当前目录，看是否有复制的zip文件。
接着复制
sudo apt install unzip
这是安装解压软件。这里需要输入密码。等待安装完成
继续复制下面的命令
unzip nupack-4.0.2.0.zip
这是解压，等待解压完成
复制
cd ..
这是回到上一级目录
接着复制
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这是下载miniconda最新版本，等待下载完成。
接着复制
/bin/bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b
这是运行安装脚本。
接着复制
miniconda3/bin/conda update -n base -c defaults conda
这是安装环境，提示后输入a回车接受安装条款，有两个
后续还需要输入y进行安装
安装完毕提示如下：
接着复制
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这是删除刚才下载的脚本
接着复制
export PATH=$HOME/miniconda3/bin:$PATH
这是添加环境变量
接着复制
echo 'export PATH=$HOME/miniconda3/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
这是输出一个添加环境变量的脚本
接着复制
conda install numpy scipy pip matplotlib pandas jupyterlab
这是安装nupack需要的包
输入y确认安装
等待下载
完成如下
接着复制
pip install -U nupack -f ./nupack-latest/nupack-4.0.2.0/package
这就是安装nupack了。
最后，复制
jupyter lab
这是启动jupyter。注意这里的网址。
接着，回到windows上，用浏览器打开这个网址，就可以进行编程了。
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关于NUPACK来分析DNA的结合能，查看结合的图像，后续再进行介绍。
如果有不懂的欢迎留言或者给我发私信，我会帮你解答。
