实用的在线基因功能分析工具分享

深度定制 让研究突破预期

当我们进行基因功能研究的时候，首先要查看这个基因的基本信息。接下来，分享10个实用的在线基因功能分析工具，希望对大家有帮助！

1. GeneCards

GeneCards是一个可搜索的综合数据库，提所有已注释的人类基因信息。该知识库以基因为中心自动整合来自大约200个数据库的数据，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、遗传学、临床学等信息。

工具链接：

https://www.genecards.org/

GeneCards的用法很简单，只需输入基因名称就可以查看相关基因的信息，例如输入AQP1可得到众多相关基因信息，甚至包括编码蛋白的3D结构信息。

2. NCBI Gene

上文介绍过使用GeneCards数据库可查找与人相关的基因信息。但如果想查找更多物种的基因功能信息，这里推荐大家使用Gene数据库。

工具链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

Gene数据库的使用方法很简单，我们只需在搜索框中输入基因相关的关键词，比如基因名(symbol)，我这里输入AQP1基因，然后点击Search按钮，得到的结果如下。

3. UniProt

UniProt是一个综合性的蛋白质数据库，提供了全球范围内已知的蛋白质序列和功能信息。其中，UniProtKB是最核心的组成部分，包含了经过注释和分类的蛋白质序列和功能信息。

工具链接：

https://www.uniprot.org/

同样，只需输入基因名称即可查到相关的信息，如下图，通过左侧导航栏可进行信息筛选。

4. ExPASy ProtParam

ExPASy ProtParam是一款蛋白质理化性质分析工具，可计算蛋白分子量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数、体外/体内半衰期、不稳定指数、脂肪族指数和亲水性平均值等参数。

工具链接：

https://web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam

ExPASy ProtParam支持两种输入方式：使用UniProtKB ID或直接粘贴原始序列。例如输入P05130，即可获得相关的理化信息。

5. STRING

STRING是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据库，收录手动和高通量实验验证的蛋白互作数据，支持多物种的蛋白互作分析。

工具链接：

https://string-db.org/

我们可通过输入单个或多个蛋白质名称或序列，生成互作网络图（如下图），并支持功能富集分析（GO、KEGG等）及结果导出，适用于挖掘蛋白功能与调控机制研究。

6. PDB

PDB (Protein Data Bank)是全球性的蛋白质三维结构数据库，专门收集蛋白质及其他重要生物大分子的三维结构数据。收录通过X射线晶体学、核磁共振等方法得到的实验数据，包含蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构信息。

工具链接：

https://www.rcsb.org/

同样，我们可以通过PDB ID、蛋白质名称、功能、来源物种等，高效地从PDB数据库中获取、分析和应用蛋白质结构数据，支持结构生物学、药物设计、蛋白质工程等领域的研究工作。

7. SignalP 

SignalP是目前应用最广泛的氨基酸序列信号肽在线预测工具。最新的版本是SignalP 6.0，预测方法基于多种人工神经网络算法，可预测细菌和真核生物氨基酸序列中的信号肽切割位点。

工具链接：

https://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-6.0/

8. MEME Suite

MEME Suite 是用于发现和分析生物序列中基序（motif）的工具集。它能在未对齐的 DNA、RNA 或蛋白质序列中识别新型基序，并支持多种基于基序的分析。核心工具包括 MEME、MAST等，广泛应用于基因表达调控等研究领域。

工具链接：

https://meme-suite.org/meme/

9. JASPAR

JASPAR是一个开放的转录因子结合模式预测数据库，结合位点以位置频率矩阵的形式呈现。共收集了脊椎动物，昆虫，线虫，真菌，植物和尾索动物六大类生物的相关数据。

工具链接：

https://jaspar.genereg.net/

通过搜索转录因子ID，可一键查看转录因子结合位点Logo图、PFM/PWM矩阵、结合偏好序列等。

10. ESPript

ESPript是一款免费的用于对位序列展示的在线工具，除了可以显示序列的保守区域，还可以添加蛋白的二级结构，除了支持高dpi的PNG和TIFF格式图片下载，还支持下载PDF格式的矢量图，重点是配色和样式非常漂亮！

工具链接：

https://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

配色方案选择Normal时绘图效果如下，你也可以尝试Flashy、thermal、B&W等其他配色方案。

好啦，本次实用的在线基因功能分析工具就分享到这里啦！

*未经许可，不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有，侵权必究。

Omicsmaster

让每一分科研投入

都物超所值