GEO数据集下载及差异基因筛查(三)

    通过前面两节代码，我们已经完成了R包下载和工作路径的建立，现在可以开始下载geo数据集了，选取三个卵巢癌geo数据集进行下载。

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#调用"01_params.R脚本工作环境

source("01_params.R")

suppressPackageStartupMessages({

library(GEOquery)

library(Biobase)

})

#定义要下载的数据集名称

GSE_mrna <- c("GSE14407", "GSE38666", "GSE52037")

#下载过程设置

download_gse <- function(gse_id) {

out_rds <- file.path(DIR_GEO, paste0(gse_id, "_GSEMatrix_list.rds")) #矩阵文件保存名称和位置

#如果文件存在，自动终止运行

if (file.exists(out_rds)) {

message("\n--- ", gse_id, " already exists. Skipping download. ---")

return(NULL)}

#下载矩阵和平台文件

gse_list <- getGEO(gse_id, GSEMatrix = TRUE, AnnotGPL = TRUE)

#将geo数据保存在GEO文件夹下

saveRDS(gse_list, out_rds)

#读取表型文件

eset1 <- gse_list[[1]]

pheno <- pData(eset1)

#保存表型文件在META文件夹下

out_csv <- file.path(DIR_META, paste0(gse_id, "_pData_eset1.csv"))

write.csv(pheno, out_csv, row.names = TRUE)

#过程消息

message("Saved: ", out_rds)

message("Saved: ", out_csv)

message("Platforms in this GSE: ", paste(annotation(eset1), collapse = ", "))

message("Samples in eset1: ", ncol(eset1))

}

#执行下载命令

for (id in GSE_mrna) {

download_gse(id)

}

message("\nAll GEO downloads completed successfully.")

成功下载好后，基因表达矩阵以及表型文件就自动保存在相应的文件夹下了