PrimiGenius 新插件发布|本地使用BLAST+

无论是核酸序列鉴定、蛋白质同源搜索、基因功能初步注释，还是远缘同源蛋白挖掘，都离不开 BLAST。但对于许多使用者来说，BLAST+ 的本地安装、数据库构建、程序选择、参数配置和结果格式转换，仍然具有一定的使用门槛。

现在，PrimiGenius 正式推出全新的序列比对插件：

支持程序

无需手动编写命令，即可完成：

✓查询序列输入

✓本地数据库构建

✓BLAST 程序选择

✓比对参数设置

✓多种格式结果导出

✓实际运行参数自动记录

下载安装：可在插件商店直接点击下载；也可下载插件包后，使用 PrimiGenius 的“安装插件”功能完成安装。

PrimiGenius入门及插件安装教程：PrimiGenius | 一款全能的本地数据分析和可视化框架

适用于：

· DNA 序列同源性搜索

· 基因片段鉴定

· 克隆测序结果比对

· 引物或短序列匹配

· 不同物种核酸序列比较

blastn 提供四种任务模式：

适用于：

· 蛋白质同源序列搜索

· 蛋白质功能初步预测

· 保守结构域相关序列筛选

· 不同物种蛋白质序列比较

支持的蛋白质打分矩阵：

BLOSUM62BLOSUM80BLOSUM45PAM30PAM70

BLOSUM62 是默认选择。

BLOSUM80 更适合近缘序列，BLOSUM45 更适合搜索较远同源序列；PAM30 和 PAM70 通常适合较短或相似程度较高的蛋白质序列。

blastx 会将输入的核酸序列进行六框翻译，再与蛋白质数据库进行比较。

适用于：

· 未注释核酸序列的蛋白编码潜力分析

· 转录本功能初步预测

· 核酸序列中潜在蛋白质同源区域搜索

· DNA 或 RNA 序列的蛋白水平功能鉴定

用户可以设置查询序列使用的翻译密码表，默认使用编号 1，即标准遗传密码表。

tblastn 会将核酸数据库进行六框翻译，再使用蛋白质查询序列进行搜索。

适用于：

· 使用已知蛋白寻找基因组中的潜在编码区域

· 搜索尚未完成注释的同源基因

· 在基因组或转录组序列中定位蛋白质同源区域

· 辅助发现可能遗漏的基因模型

数据库序列的翻译密码表可以在插件中单独设置，默认使用标准遗传密码表。

tblastx 会同时翻译查询核酸序列和数据库核酸序列，并在蛋白质水平完成比较。

适用于：

· 编码区核酸序列的远缘同源搜索

· 跨物种转录本比较

· 核酸相似性较低、但编码蛋白仍具有保守性的序列分析

查询序列和数据库序列可以分别设置翻译密码表。

PSI-BLAST 会根据每一轮搜索结果构建位置特异性评分矩阵，也就是 PSSM，并将其用于下一轮搜索。

适用于：

· 远缘同源蛋白搜索

· 蛋白质家族成员挖掘

· 常规 blastp 难以发现的弱同源序列筛选

插件支持设置：

· PSI-BLAST 迭代次数

· 序列进入下一轮 PSSM 的 E-value 阈值

· 蛋白质打分矩阵

· 最终结果的 E-value 阈值

方式一上传文件

查询序列支持：

.fa.fasta.fna.ffn.faa.txt

数据库除了支持常见的 FASTA 和 TXT 文件，还支持普通的预构建 BLAST 数据库索引文件。

上传 FASTA 数据库后，插件会自动调用 makeblastdb 完成数据库构建，无需提前在命令行中手动建库。

使用已有 BLAST 数据库时，只需选择其中一个索引文件，并确保其配套索引文件位于同一目录。

方式二直接粘贴序列

不想准备文件时，也可以直接粘贴序列。

支持标准 FASTA 格式：

>seq1 ATCGATCGATCGATCG

也支持直接粘贴裸序列：

ATCGATCGATCGATCG

如果输入内容没有 FASTA 标题行，插件会自动补充序列名称，并对空格、制表符和换行进行规范化处理。

对于少量序列或临时测试，这种方式更加快捷。

01E-value

E-value 用于衡量在当前数据库规模下，随机获得相同比对结果的预期次数。

插件默认值为：

1e-5

这一数值可作为常规同源搜索中相对严格的起始阈值。

· E-value 越小，筛选越严格

· E-value 越大，可能保留更多弱相似结果

· 是否具有生物学意义，还需要结合序列覆盖度、序列同一性和研究目的综合判断

02最多保留目标序列数

对应 BLAST+ 参数：

-max_target_seqs

插件默认值为：

500

该参数控制结果中最多保留多少条目标序列。

当输出格式仅选择成对比对文本，也就是 outfmt 0 时，插件不会额外应用这一参数；选择其他结果格式时，该参数会参与结果限制。

03种子词长

对应参数：

-word_size

插件默认设置为：

auto

选择 auto 时，插件不会向 BLAST 程序传递自定义词长，而是使用所选程序和任务模式对应的官方默认值。

也可以根据分析需求填写具体整数。插件会检查填写范围：

· blastn：4—64

· blastp、blastx、tblastn、tblastx 和 PSI-BLAST：2—7

04最低序列同一性

对应参数：

-perc_identity

该参数仅对 blastn 生效，默认值为：

0

设置为 0 表示不额外使用序列同一性阈值进行筛选。例如设置为 90，表示低于 90% 序列同一性的比对结果不会被保留。

05蛋白质打分矩阵

蛋白质相关程序支持以下矩阵：

BLOSUM62BLOSUM80BLOSUM45PAM30PAM70

默认使用 BLOSUM62。

该参数适用于：

· blastp

· blastx

· tblastn

· tblastx

· PSI-BLAST

blastn 不使用蛋白质打分矩阵。

好啦，今天的分享到此结束，水平有限，才疏学浅，如有问题，请多指教，青山不改，绿水长流，山高路远，顶峰相见。

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