一文读懂AI编程助手的“系统提示词”

写在前面

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今天为大家分享：如何设置全局系统提示词——让AI记住你的偏好，无需每次重复交代。使用过程中有任何问题欢迎联系：

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系统提示词：AI的入职手册

系统提示词是给AI的“入职手册”——把编码风格、工作规范、个人偏好写成文件，让AI永久记住，无需每次重复交代。Claude用CLAUDE.md和Memory，Codex用AGENTS.md，本质都是这个作用。

这两个文件都是系统提示词配置文件，作用是给AI设定固定的“行为规则”和“工作偏好”。

Claude Code记忆体系

Claude实际上有两套“记忆”机制，分工不同：

关键区别：# 是Memory系统的触发符。加 # 快速记个人偏好，不加 # 更新正式规范。

CLAUDE.md

Claude使用CLAUDE.md文件作为系统提示词，支持多级配置：

层级	位置	作用
用户级	`~/.claude/CLAUDE.md`	个人编码偏好，跨项目生效
项目级	`./CLAUDE.md`	团队共享的项目规范
本地级	`./CLAUDE.local.md`	个人项目专属，不共享
目录级	`./src/CLAUDE.md`	子目录特定规则

加载优先级：越具体的层级越优先

生效顺序（从基础到优先）：用户级 ~/.claude/CLAUDE.md    ↓项目级 ./CLAUDE.md → ./CLAUDE.local.md    ↓子目录级 ./src/CLAUDE.md → ./src/CLAUDE.local.md

1️⃣ CLAUDE.md示例

# 生信分析规范## 代码风格- Python脚本使用4空格缩进- 变量名用小写下划线(如'gene_count')- 函数必须添加docstring说明参数和返回值## 数据处理- 原始数据务必保留备份- 中间结果输出到'tmp/'目录- 最终结果输出到'results/'目录并记录版本## 常用工具- 序列处理：seqtk, seqkit- 比对：STAR, minimap2- 定量：featureCounts, Salmon## 交互规范- 分析前确认基因组版本（hg38/hg19/mm10）- 重要操作前告知可能的风险

2️⃣ 验证CLAUDE.md生效

启动Claude Code，输入：

“我要分析一批RNA-seq数据，帮我写个比对脚本”

Claude没有直接写代码，而是先弹出交互式选项询问基因组版本，这正是我们在规范里要求的。界面上还能看到“测序类型”和“比对工具”的待确认项，说明它确实在按“重要操作前告知风险”的规矩来。等这些都选完，它会输出符合我们代码风格的脚本，比如4空格缩进、变量用小写下划线、函数带上docstring等细节。

3️⃣ 更新CLAUDE.md

输入：

“以后所有脚本都要记录运行时间，把这个写入CLAUDE.md”

Claude会读取现有文件并询问是否确定添加和更新，执行Yes确认后会自动追加新规范

确认后可以看到CLAUDE.md文件已有新添加内容

Memory

1️⃣ 什么是Memory

除了正式的CLAUDE.md，Claude还提供了一个更轻量的记忆机制——Memory系统。你可以把它理解为你的“私人备忘录”：不需要经过确认流程，不用考虑团队规范，快速记下那些“我喜欢这样处理”的个人偏好。

Memory保存在项目专属的目录中，每个项目独立：

~/.claude/projects/{project-name}/memory/├── MEMORY.md              # 记忆索引，列出所有记忆├── fasta_preference.md    # 具体记忆文件 1├── scrna_preference.md    # 具体记忆文件 2└── ...

每个记忆文件采用YAML前置元数据+Markdown主体内容的标准格式：

---name: fasta-preferencedescription: FASTA文件处理的工具偏好type: feedback---# FASTA 处理偏好## 工具选择- 优先使用 `seqkit` 处理 FASTA 文件- 不再使用 `seqtk`## 常用命令- 统计序列数：`seqkit stats input.fa`- 提取长序列：`seqkit seq -m 1000 input.fa &gt; output.fa`- 格式转换：`seqkit fq2fa input.fq.gz -o output.fa`

索引文件MEMORY.md会自动维护，方便快速浏览：

# Memory Index- [FASTA Preference](fasta-preference.md) - FASTA文件处理的工具偏好- [Plotting Style](plotting-style.md) - 绘图风格和配色方案

查看记忆：

cat ~/.claude/projects/{project}/memory/MEMORY.md

删除记忆：

由于Memory设计为轻量级备忘，没有精细的管理界面，需要手动删除：

# 删除特定记忆文件rm ~/.claude/projects/{project}/memory/fasta-preference.md# 或清空整个记忆目录rm -rf ~/.claude/projects/{project}/memory/*

2️⃣ 什么时候用Memory

突然想到一个顺手的工具组合
发现某个参数设置特别适合你的数据
临时记住一个常用的分析流程
任何不想写进正式文档的小习惯

3️⃣ 如何使用Memory

方式一：# 前缀触发

只需在对话中以#开头：

# 以后处理fasta文件都用seqkit而不是seqtk

Claude会立即记录，没有确认对话框，不打断你的思路

方式二：/memory指令

输入/memory可以查看和管理记忆系统：

查看Auto-memory状态（on/off）
查看User memory和Project memory的保存位置
打开auto-memory文件夹快速浏览（终端无图形化界面时不支持打开）

双机制对比

Codex记忆体系

什么是AGENTS.md？

Codex使用AGENTS.md作为系统提示词文件，作用与Claude的CLAUDE.md类似。Codex在开始任何工作前都会读取AGENTS.md，通过分层配置确保每个任务都按统一规范执行。它采用的分层设计可以简单理解为：越靠近你当前位置的配置，优先级越高

Codex启动时会构建一条“指令链”，从两个层面收集规则：

全局层面：~/.codex/目录下的AGENTS.md，放你个人通用的习惯。如果临时想覆盖又不想删原文件，可以建一个AGENTS.override.md，Codex会优先读它。

项目层面：从项目根目录一路向下找到你当前的工作目录，每层都可能有配置。Codex会把沿途找到的文件拼在一起，后出现的内容覆盖前面的。

所以实际优先级是：

当前目录 > 父目录 > 项目根目录 > 全局配置 > Codex默认

每个目录里，Codex先看有没有AGENTS.override.md，没有再找AGENTS.md。override文件适合临时调整，删掉就恢复原来的规则。

文件结构：

~/.codex/├── AGENTS.md              # 全局个人指导├── config.toml            # 模型、提供商等配置└── skills/                # 项目级Skill（可选）你的项目/├── AGENTS.md              # 项目级规范（最优先）└── .codex/    └── AGENTS.md          # 替代位置

AGENTS.md示例：

## 生信分析规范### 代码风格- Python 脚本使用 4 空格缩进- 变量名用小写下划线（如 `gene_count`）- 函数必须添加 docstring 说明参数和返回值### 数据处理- 原始数据务必保留备份- 中间结果输出到 `tmp/` 目录- 最终结果输出到 `results/` 目录### 常用工具- 序列处理：seqtk, seqkit- 比对：STAR, minimap2- 定量：featureCounts, Salmon### 交互规范- 分析前确认基因组版本（hg38/hg19/mm10）- 重要操作前告知可能的风险- 提供命令时解释关键参数含义