医学图像处理软件3dslicer之高效的AI分割插件TotalSegmentator安装避坑和快捷应用

医学图像处理软件3dslicer比itk-snap功能更强大，但操作也复杂，itk-snap目前只有一个AI插件，3dslicer的AI插件却有一大串，其中totalsegmentator和monai label以“分割效率极高、一次能分割上百个segment”而知名，CPU和GPU模式都可用，今天简单介绍一下totalsegmentator。

totalsegmentator是最为高效、易用的AI插件之一，其切割准确性并不是最高，但是一次性分割的segment数量确实很多，理论上应该是安装容易、使用简单，但是实际操作时还是有很多坑，其中最大的两个坑是：1、插件的模型权重文件weights（相当于AI大脑）在哪下载？怎么下载？2、下载的模型权重放到哪里？

totalsegmentator插件安装很简单，在3dslicer的扩展里面找到安装即可，使用时可以自动安装依赖和下载权重，但问题是依赖和权重都是从github下载，而国内因为网络问题上github网站太难了，国内镜像网站安装依赖速度还可以，但是权重文件却不行，而且文件很大，自动下载很容易失败，一旦断线往往又得从头开始，所以只好考虑手动下载模型权重，github的releases下载点有时候速度可以，多半时候慢得让人怀疑人生，使用firefox+下载插件会好一些，耐心一点还是可以搞成的；建立虚拟环境通过命令行从国内镜像下载大概可以，但是很多人不会，所以网站下载还是可行度较高的方法之一。

github releases下载页面有好几个版本，从1.6.0到2.5.0，下载最新的2.5.0其实根本不够用，实际尝试后发现至少需要2.0.0，最好2.0.0-2.5.0全部下载，或者2.0.0（处理total）+自己需要的部分(处理单项)，下载好后就解决了第一个坑。第二个坑：下载的模型权重放到哪里？查了好些资料，好多文章说的位置都不对，结合3dslicer的python控制台信息和尝试，发现应该放到如下路径的文件夹（可以自行创建）：C:\Users\username\.totalsegmentator\nnunet\results。做好这两步再执行AI操作就没有问题了。

一、打开3dslicer，导入图像系列数据，使用crop volume切割感兴趣部分（ROI），如果你的电脑配置够强，也可不切割。

二、切换到totalsegmentor模块，task项选total，speed项选normal，如果显卡不好就选fast，速度快一些但是质量会差一些，点击apply。

三、耐心等待一会儿，完成后可以看到很多个segment被切割分离，并且标注上不同的颜色，切割后的segment可以分别单独操作，切割效率非常之高。

四、点击shou 3d后four up界面右上格子显示3d视图，根据需要可以显示、隐藏、透明分割后的segment。

五、本例为右肾盂大结石患者，为了规划手术方式和穿刺路径，保留需要的segment（肋间隙、肝、肾、血管等），将右肾半透明，可以看到右侧肾盂大结石，以及结石与肝脏和肋间隙的关系（此图未显示与肠管关系），如果手术方式选择为穿刺碎石，那下一步就是根据毗邻关系设计损伤最小、安全度最高的穿刺路径。