分割 计数 测面积 一个免费软件完成细胞分析

分割、计数、测面积

显微图像分析中，细胞分割往往只是第一步。

真正需要整理的，通常还包括：

·图像里有多少个细胞；

·每个细胞的面积是多少；

·哪些细胞接触了图像边界；

·分割结果能否叠加回原图检查；

·最终数据能否导出为表格，图像能否用于论文展示。

如果这些步骤分散在不同软件和脚本中，处理过程就很容易变得繁琐。

这次视频展示的是一条更直接的流程：

导入图像 → 说明处理需求 → 运行 Cellpose-SAM → 复核分割结果 → 统计数量与面积 → 导出数据和论文图。

01｜先把需求说清楚

在 FluorAI 中，用户可以直接描述任务：

分割细胞，统计数量和每个细胞的面积，导出统计表和论文图。

系统随后根据任务调用图像处理工具，完成分割、结果叠加与数据整理。

导入图片并描述处理需求

这一步的重点不是“输入一句话就得到绝对正确的答案”，而是让任务目标先被明确下来：

分割什么、统计什么、导出什么。

02｜运行后，先看分割结果

视频中的示例使用 Cellpose-SAM 对细胞图像进行分割。

运行完成后，界面同时展示输入图像、彩色分割结果和 Agent 任务回执。每个候选细胞都被赋予独立的颜色和轮廓，便于观察彼此之间是否被正确分开。

本次完整执行约 61 秒。

Cellpose-SAM 分割结果

图：输入图像与分割叠加结果在同一视野下对照显示。

分割完成并不意味着分析结束。下一步需要重点检查：

·是否漏掉了低对比度细胞；

·是否把相邻细胞错误合并；

·是否把噪声或碎片误判为细胞；

·边界附近的细胞是否被截断。

03｜放大同一位置，检查相邻细胞

对于相互接触的细胞，整体缩小查看很容易忽略边界问题。

因此，视频中特别放大同一局部区域，将原图与分割叠加结果并排比较。黄色框标记了需要重点检查的相邻细胞区域。

放大检查相邻细胞

分割结果需要同时关注“有没有分出来”和“边界画得对不对”。

尤其是贴近、重叠或轮廓不完整的细胞，即使软件已经输出了颜色标记，也仍然建议人工复核。

04｜从分割轮廓，到数量和面积

分割之后，结果可以进一步转换为可统计的数据。

本次案例中，软件整理出了：

·22 个候选实例；

·面积中位数为 481 px²；

·4 个实例接触图像边缘。

同时，系统生成了逐个实例的统计表，包括实例 ID、面积、等效直径和是否接触边缘等字段。

细胞数量和面积统计

图：统计卡片与逐实例数据表。当前案例未提供物理标定，因此面积单位为 px²。

这里的“22 个候选实例”不是对样本生物学数量的最终判断，而是当前图像、当前模型和当前参数下得到的分割对象数量。

05｜把统计结果画出来

表格适合查看具体数值，图表则更适合观察整体分布。

视频中将每个实例的面积绘制成散点图，并区分内部实例与接触图像边缘的实例。

这样可以快速看出：

·面积分布是否集中；

·是否存在明显偏大的异常实例；

·边界实例是否与内部实例存在系统差异。

面积分布图

图：每个实例面积的分布展示，实心点和空心点分别表示内部实例与接触边界实例。

06｜统计表和论文图，一起导出

分析结果不仅可以停留在软件界面中。

视频展示了从萤析中导出两类结果：

1. PDF / SVG 论文图：保留原图、分割边界、面积分布和文字说明，方便后续编辑；

2. CSV 统计表：保存每个实例的面积、等效直径、边界状态等数据。

统计表和论文图导出

导出后，图像结果和数值结果可以分别进入后续流程：

·在矢量软件中继续调整图形和文字；

·在表格软件或统计软件中进行分析；

·保留原图、分割结果和统计表，便于复核。

07｜一次完整的免费使用流程

这段视频展示的处理链可以概括为：

导入一张图像 → 描述任务 → 调用 Cellpose-SAM → 叠加查看分割结果 → 放大复核 → 统计数量和面积 → 导出 PDF、SVG 和 CSV。

萤析免费使用与细胞分割

本次使用的是 Cellpose-SAM，示例数据来自 microSAM 作者公开测试图。具体模型效果会受到图像质量、细胞形态、成像方式和参数设置影响。

写在最后

细胞分割的价值，不只是给图像加上彩色轮廓。

更完整的分析应该让结果继续向下游流动：

从轮廓，到数量；从数量，到面积；从面积，到可复核、可编辑、可导出的数据。

对于每一个分割结果，仍然建议保留人工检查环节，特别关注相邻细胞、边缘细胞和低对比度区域。

当软件把分割、统计、可视化和导出放在同一条流程里，显微图像分析就不必再停留在“看图”阶段，而可以更快进入可验证的数据分析阶段。

参考文献与数据说明

1. Cellpose-SAM，doi:10.1101/2025.04.28.651001。

2. 示例数据：microSAM 作者公开测试图。

说明：本文中的 22 个候选实例、481 px² 面积中位数、4 个边界实例和约 61 秒执行时间，均来自视频中的具体案例，不代表所有图像和实验条件下的普遍性能。面积单位未进行物理标定时为 px²；分割结果需人工复核。